src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  22 \r
  23 /**\r
  24  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM\r
  25  * @author JimP\r
  26  *\r
  27  */\r
  28 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy\r
  29 {\r
  30   public PfamSeed()\r
  31   {\r
  32     super();\r
  33   }\r
  34 \r
  35   /* (non-Javadoc)\r
  36    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()\r
  37    */\r
  38   protected String getPFAMURL()\r
  39   {\r
  40     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";\r
  41   }\r
  42 \r
  43   /* (non-Javadoc)\r
  44    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()\r
  45    */\r
  46   public String getDbName()\r
  47   {\r
  48     return "PFAM (Seed)";\r
  49   }\r
  50   public String getDbSource()\r
  51   {\r
  52     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source\r
  53   }\r
  54   public String getTestQuery()\r
  55   {\r
  56     return "PF03760";\r
  57   }\r
  58 \r
  59 }\r