src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package jalview.ws.dbsources;\r
   5 \r
   6 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
   7 \r
   8 /**\r
   9  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM\r
  10  * @author JimP\r
  11  *\r
  12  */\r
  13 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy\r
  14 {\r
  15   public PfamSeed()\r
  16   {\r
  17     super();\r
  18   }\r
  19 \r
  20   /* (non-Javadoc)\r
  21    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()\r
  22    */\r
  23   protected String getPFAMURL()\r
  24   {\r
  25     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";\r
  26   }\r
  27 \r
  28   /* (non-Javadoc)\r
  29    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()\r
  30    */\r
  31   public String getDbName()\r
  32   {\r
  33     return "PFAM (Seed)";\r
  34   }\r
  35   public String getDbSource()\r
  36   {\r
  37     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source\r
  38   }\r
  39   public String getTestQuery()\r
  40   {\r
  41     return "PF00535";\r
  42   }\r
  43 \r
  44 }\r