src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23
  24 /**
  25  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  26  *
  27  * @author Lauren Michelle Lui
  28  *
  29  */
  30 public class RfamSeed extends Rfam
  31 {
  32   public RfamSeed()
  33   {
  34     super();
  35   }
  36
  37   /*
  38    * (non-Javadoc)
  39    *
  40    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  41    */
  42   @Override
  43   protected String getXFAMURL()
  44   {
  45     return "http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  46     // Janelia Farms url
  47     // "http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getalignment?type=seed&fmt=stockholm&acc=";
  48   }
  49
  50   /*
  51    * (non-Javadoc)
  52    *
  53    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  54    */
  55   @Override
  56   public String getDbName()
  57   {
  58     return "RFAM (Seed)";
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public String getDbSource()
  63   {
  64     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public String getTestQuery()
  69   {
  70     return "RF00014";
  71   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  72
  73   @Override
  74   public String getDbVersion()
  75   {
  76     return null;
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public int getTier()
  81   {
  82     return 0;
  83   }
  84 }