src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  24
  25 /**
  26  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  27  *
  28  * @author Lauren Michelle Lui
  29  *
  30  */
  31 public class RfamSeed extends Rfam implements DbSourceProxy
  32 {
  33   public RfamSeed()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   /*
  39    * (non-Javadoc)
  40    *
  41    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  42    */
  43   @Override
  44   protected String getXFAMURL()
  45   {
  46     return "http://rfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=seed&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  47     // Janelia Farms url
  48     // "http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getalignment?type=seed&fmt=stockholm&acc=";
  49   }
  50
  51   /*
  52    * (non-Javadoc)
  53    *
  54    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  55    */
  56   @Override
  57   public String getDbName()
  58   {
  59     return "RFAM (Seed)";
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public String getDbSource()
  64   {
  65     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public String getTestQuery()
  70   {
  71     return "RF00014";
  72   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  73
  74   @Override
  75   public String getDbVersion()
  76   {
  77     return null;
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public int getTier()
  82   {
  83     return 0;
  84   }
  85 }