src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
   2
   3 import java.text.ParseException;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Date;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;
   9 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;
  10 import org.biodas.jdas.dassources.utils.RegistrySourceAdapter;
  11 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  12 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  13 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;
  14 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  15 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;
  16 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  17
  18 import sun.plugin2.message.GetNameSpaceMessage;
  19
  20 import jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource;
  21 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  22 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  23
  24 public class JalviewSource implements jalviewSourceI
  25 {
  26   SOURCE source;
  27
  28   public JalviewSource(SOURCE local2, boolean local)
  29   {
  30     this.local = local;
  31     source = local2;
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public String getTitle()
  36   {
  37     return source.getTitle();
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public VERSION getVersion()
  42   {
  43
  44     return getVersionFor(source);
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public String getDocHref()
  49   {
  50     return source.getDocHref();
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public String getDescription()
  55   {
  56     return source.getDescription();
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String getUri()
  61   {
  62     return source.getUri();
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public MAINTAINER getMAINTAINER()
  67   {
  68     return source.getMAINTAINER();
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getEmail()
  73   {
  74     return (local) ? null: source.getMAINTAINER().getEmail();
  75   }
  76
  77   boolean local = false;
  78
  79   @Override
  80   public boolean isLocal()
  81   {
  82     return local;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public boolean isSequenceSource()
  87   {
  88     String seqcap = "das1:" + Capabilities.SEQUENCE.getName();
  89     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
  90     {
  91       if (cp.equals(seqcap))
  92       {
  93         return true;
  94
  95       }
  96     }
  97     return false;
  98   }
  99   @Override
 100   public boolean isFeatureSource()
 101   {
 102     String seqcap = "das1:" + Capabilities.FEATURES.getName();
 103     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
 104     {
 105       if (cp.equals(seqcap))
 106       {
 107         return true;
 108
 109       }
 110     }
 111     return false;
 112   }
 113
 114   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)
 115   {
 116     VERSION latest = null;
 117     for (VERSION v : ds.getVERSION())
 118     {
 119       if (latest == null
 120               || isLaterThan(latest.getCreated(), v.getCreated()))
 121       {
 122         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other
 123         // versions since not specified how to construct URL from version's URI
 124         // + source URI
 125         latest = v;
 126       }
 127     }
 128     return latest;
 129   }
 130
 131   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)
 132   {
 133     Date refdate = null, newdate = null;
 134     try
 135     {
 136       refdate = DasTimeFormat.fromDASString(ref);
 137
 138     } catch (ParseException x)
 139     {
 140       return false;
 141     }
 142     try
 143     {
 144       newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);
 145     } catch (ParseException e)
 146     {
 147       // TODO: handle exception
 148     }
 149     if (refdate != null)
 150     {
 151       if (newdate != null)
 152       {
 153         return refdate.before(newdate);
 154       }
 155       return false;
 156     }
 157     if (newdate != null)
 158     {
 159       return true;
 160     }
 161     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if
 162     // natural ordering of source versions is newest first or oldest first
 163     return false;
 164   }
 165
 166   public String[] getLabelsFor(VERSION v)
 167   {
 168     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 169     for (PROP p : v.getPROP())
 170     {
 171       if (p.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 172       {
 173         labels.add(p.getValue());
 174       }
 175     }
 176     return labels.toArray(new String[0]);
 177   }
 178
 179   private CAPABILITY getCapability(Capabilities capability) {
 180     for (CAPABILITY p: getVersion().getCAPABILITY()) {
 181       if (p.getType().equalsIgnoreCase(capability.getName()) || p.getType().equalsIgnoreCase("das1:"+capability.getName()))
 182       {
 183         return p;
 184       }
 185     }
 186     return null;
 187   }
 188   public String[] getCapabilityList(VERSION v)
 189   {
 190
 191     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 192     for (CAPABILITY p : v.getCAPABILITY())
 193     {
 194       // TODO: work out what to do with namespace prefix
 195       // does SEQUENCE == das1:SEQUENCE and das2:SEQUENCE ?
 196       // for moment, just show all capabilities...
 197       if (p.getType().startsWith("das1:"))
 198       {
 199         labels.add(p.getType());
 200       }
 201     }
 202     return labels.toArray(new String[0]);
 203   }
 204
 205   @Override
 206   public List<DbSourceProxy> getSequenceSourceProxies()
 207   {
 208     if (!isSequenceSource())
 209     {
 210       return null;
 211     }
 212     ArrayList<DbSourceProxy> seqsources = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 213     if (!local)
 214     {
 215     VERSION v = getVersion();
 216     for (COORDINATES cs : v.getCOORDINATES())
 217     {
 218
 219       /*
 220        * if (css == null || css.length == 0) { // TODO: query das source
 221        * directly to identify coordinate system... or // have to make up a
 222        * coordinate system css = new DasCoordinateSystem[] { new
 223        * DasCoordinateSystem() }; css[0].setName(d1s.getNickname());
 224        * css[0].setUniqueId(d1s.getNickname()); } for (int c = 0; c <
 225        * css.length; c++) {
 226        */
 227       try
 228       {
 229         seqsources.add(new DasSequenceSource("das:" + getTitle() + " ("
 230                 + cs.getContent() + ")", cs.getContent(), source, v, cs));
 231       } catch (Exception e)
 232       {
 233         System.err.println("Ignoring sequence coord system " + cs + " ("
 234                 + cs.getContent() + ") for source " + getTitle()
 235                 + "- threw exception when constructing fetcher.\n");
 236         e.printStackTrace();
 237       }
 238     }
 239     } else {
 240       try
 241       {
 242         seqsources.add(new DasSequenceSource("das:"+getTitle(), getTitle(), source, getVersion(), null));
 243       } catch (Exception e)
 244       {
 245         // TODO Auto-generated catch block
 246         e.printStackTrace();
 247       }
 248
 249     }
 250     return seqsources;
 251   }
 252   @Override
 253   public String getSourceURL()
 254   {
 255     try {
 256     String url = new RegistrySourceAdapter(source).getOriginalDataSourceUri();
 257     return url;
 258     }
 259     catch (Exception x)
 260     {
 261       System.err.println("Serious: Couldn't get the URL for source "+source.getTitle());
 262       x.printStackTrace();
 263     }
 264     return null;
 265   }
 266 }