src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
   2
   3 import java.text.ParseException;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Date;
   6 import java.util.Hashtable;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Map;
   9
  10 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;
  11 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;
  12 import org.biodas.jdas.dassources.utils.RegistrySourceAdapter;
  13 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  14 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  15 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;
  16 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  17 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;
  18 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  19
  20 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  21 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  22
  23 public class JalviewSource implements jalviewSourceI
  24 {
  25   SOURCE source;
  26
  27   public JalviewSource(SOURCE local2, boolean local)
  28   {
  29     this.local = local;
  30     source = local2;
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public String getTitle()
  35   {
  36     return source.getTitle();
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public VERSION getVersion()
  41   {
  42
  43     return getVersionFor(source);
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public String getDocHref()
  48   {
  49     return source.getDocHref();
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public String getDescription()
  54   {
  55     return source.getDescription();
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public String getUri()
  60   {
  61     return source.getUri();
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public MAINTAINER getMAINTAINER()
  66   {
  67     return source.getMAINTAINER();
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public String getEmail()
  72   {
  73     return (local) ? null : source.getMAINTAINER().getEmail();
  74   }
  75
  76   boolean local = false;
  77
  78   @Override
  79   public boolean isLocal()
  80   {
  81     return local;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public boolean isSequenceSource()
  86   {
  87     String seqcap = "das1:" + Capabilities.SEQUENCE.getName();
  88     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
  89     {
  90       if (cp.equals(seqcap))
  91       {
  92         return true;
  93
  94       }
  95     }
  96     return false;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public boolean isFeatureSource()
 101   {
 102     String seqcap = "das1:" + Capabilities.FEATURES.getName();
 103     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
 104     {
 105       if (cp.equals(seqcap))
 106       {
 107         return true;
 108
 109       }
 110     }
 111     return false;
 112   }
 113
 114   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)
 115   {
 116     VERSION latest = null;
 117     for (VERSION v : ds.getVERSION())
 118     {
 119       if (latest == null
 120               || isLaterThan(latest.getCreated(), v.getCreated()))
 121       {
 122         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other
 123         // versions since not specified how to construct URL from version's URI
 124         // + source URI
 125         latest = v;
 126       }
 127     }
 128     return latest;
 129   }
 130
 131   /**
 132    * compare date strings. null or unparseable dates are assumed to be oldest
 133    *
 134    * @param ref
 135    * @param newer
 136    * @return true iff ref comes before newer
 137    */
 138   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)
 139   {
 140     Date refdate = null, newdate = null;
 141     if (ref != null && ref.trim().length() > 0)
 142     {
 143       try
 144       {
 145         refdate = DasTimeFormat.fromDASString(ref.trim());
 146
 147       } catch (ParseException x)
 148       {
 149       }
 150     }
 151     if (newer != null && newer.trim().length() > 0)
 152     {
 153       try
 154       {
 155         newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);
 156       } catch (ParseException e)
 157       {
 158       }
 159     }
 160     if (refdate != null)
 161     {
 162       if (newdate != null)
 163       {
 164         return refdate.before(newdate);
 165       }
 166       return false;
 167     }
 168     if (newdate != null)
 169     {
 170       return true;
 171     }
 172     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if
 173     // natural ordering of source versions is newest first or oldest first
 174     return false;
 175   }
 176
 177   public String[] getLabelsFor(VERSION v)
 178   {
 179     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 180     for (PROP p : v.getPROP())
 181     {
 182       if (p.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 183       {
 184         labels.add(p.getValue());
 185       }
 186     }
 187     return labels.toArray(new String[0]);
 188   }
 189
 190   private CAPABILITY getCapability(Capabilities capability)
 191   {
 192     for (CAPABILITY p : getVersion().getCAPABILITY())
 193     {
 194       if (p.getType().equalsIgnoreCase(capability.getName())
 195               || p.getType().equalsIgnoreCase(
 196                       "das1:" + capability.getName()))
 197       {
 198         return p;
 199       }
 200     }
 201     return null;
 202   }
 203
 204   public String[] getCapabilityList(VERSION v)
 205   {
 206
 207     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 208     for (CAPABILITY p : v.getCAPABILITY())
 209     {
 210       // TODO: work out what to do with namespace prefix
 211       // does SEQUENCE == das1:SEQUENCE and das2:SEQUENCE ?
 212       // for moment, just show all capabilities...
 213       if (p.getType().startsWith("das1:"))
 214       {
 215         labels.add(p.getType());
 216       }
 217     }
 218     return labels.toArray(new String[0]);
 219   }
 220
 221   @Override
 222   public List<DbSourceProxy> getSequenceSourceProxies()
 223   {
 224     if (!isSequenceSource())
 225     {
 226       return null;
 227     }
 228     ArrayList<DbSourceProxy> seqsources = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 229     if (!local)
 230     {
 231       VERSION v = getVersion();
 232       Map<String, COORDINATES> latestc = new Hashtable<String, COORDINATES>();
 233       for (COORDINATES cs : v.getCOORDINATES())
 234       {
 235         COORDINATES ltst = latestc.get(cs.getUri());
 236         if (ltst == null
 237                 || ltst.getVersion() == null
 238                 || (ltst.getVersion() != null && cs.getVersion() != null && isLaterThan(
 239                         ltst.getVersion(), cs.getVersion())))
 240         {
 241           latestc.put(cs.getUri(), cs);
 242         }
 243       }
 244       for (COORDINATES cs : latestc.values())
 245       {
 246         DasSequenceSource ds;
 247         /*
 248          * if (css == null || css.length == 0) { // TODO: query das source
 249          * directly to identify coordinate system... or // have to make up a
 250          * coordinate system css = new DasCoordinateSystem[] { new
 251          * DasCoordinateSystem() }; css[0].setName(d1s.getNickname());
 252          * css[0].setUniqueId(d1s.getNickname()); } for (int c = 0; c <
 253          * css.length; c++) {
 254          */
 255         try
 256         {
 257           seqsources.add(ds = new DasSequenceSource(getTitle() + " ("
 258                   + cs.getAuthority() + " " + cs.getSource()
 259                   + (cs.getVersion() != null ? " " + cs.getVersion() : "")
 260                   + ")", cs.getAuthority(), source, v, cs));
 261           if (seqsources.size() > 1)
 262           {
 263             System.err.println("Added another sequence DB source for "
 264                     + getTitle() + " (" + ds.getDbName() + ")");
 265           }
 266         } catch (Exception e)
 267         {
 268           System.err.println("Ignoring sequence coord system " + cs + " ("
 269                   + cs.getContent() + ") for source " + getTitle()
 270                   + "- threw exception when constructing fetcher.\n");
 271           e.printStackTrace();
 272         }
 273       }
 274     }
 275     else
 276     {
 277       try
 278       {
 279         seqsources.add(new DasSequenceSource(getTitle(), getTitle(),
 280                 source, getVersion(), null));
 281       } catch (Exception e)
 282       {
 283         // TODO Auto-generated catch block
 284         e.printStackTrace();
 285       }
 286
 287     }
 288     if (seqsources.size() > 1)
 289     {
 290       // sort by name
 291       DbSourceProxy[] tsort = seqsources.toArray(new DasSequenceSource[0]);
 292       String[] nm = new String[tsort.length];
 293       for (int i = 0; i < nm.length; i++)
 294       {
 295         nm[i] = tsort[i].getDbName().toLowerCase();
 296       }
 297       jalview.util.QuickSort.sort(nm, tsort);
 298       seqsources.clear();
 299       for (DbSourceProxy ssrc : tsort)
 300       {
 301         seqsources.add(ssrc);
 302       }
 303     }
 304     return seqsources;
 305   }
 306
 307   @Override
 308   public String getSourceURL()
 309   {
 310     try
 311     {
 312       String url = new RegistrySourceAdapter(source)
 313               .getOriginalDataSourceUri();
 314       return url;
 315     } catch (Exception x)
 316     {
 317       System.err.println("Serious: Couldn't get the URL for source "
 318               + source.getTitle());
 319       x.printStackTrace();
 320     }
 321     return null;
 322   }
 323
 324   @Override
 325   public boolean isNewerThan(jalviewSourceI other)
 326   {
 327     return isLaterThan(getVersion().getCreated(), other.getVersion()
 328             .getCreated());
 329   }
 330 }