src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws1;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  22 import jalview.io.FileParse;
  23 import jalview.io.FormatAdapter;
  24 import jalview.io.InputStreamParser;
  25
  26 import java.io.BufferedReader;
  27 import java.io.FileReader;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.Reader;
  31 import java.net.MalformedURLException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLEncoder;
  34
  35 public class Annotate3D
  36 {
  37   // protected BufferedReader in;
  38   // protected BufferedWriter out;
  39
  40   public Annotate3D()
  41   {
  42     System.out.println("Annotate3D");
  43     // try {
  44     // Create a URL for the desired page
  45     // String id = "1HR2";
  46     // URL url = new
  47     // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?pdbid="+id);
  48     // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
  49     // String str;
  50     // OutputStream out1 = null;
  51     // out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1, "temp.rnaml"));
  52     // while ((str = in.readLine()) != null) {
  53     // System.out.println(str);
  54     // out.write(str);
  55     // }
  56     // in.close();
  57     // out.close();
  58     // } catch (MalformedURLException e) {
  59     // } catch (IOException e) {
  60     // }
  61   }
  62   public Annotate3D(String path) throws InterruptedException
  63   {
  64     System.out.println("Annotate3D");
  65     try
  66     {
  67       // //URL url = new
  68       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+inFile);
  69       // System.out.println("Step1");
  70       // FileReader r = new FileReader(inFile);
  71       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
  72       // StringBuffer content = new StringBuffer();
  73       // System.out.println("Step2");
  74       // while(in.readLine()!=null){
  75       // content.append(in.readLine());
  76       // //System.out.println("Step3"+in.readLine());
  77       // }
  78       //
  79       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
  80       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
  81       // for (int i=0;i<data.length();i++)
  82       // {
  83       // System.out.print(data.charAt(i));
  84       // }
  85
  86       // String data = "width=50&height=100";
  87
  88       // // Send the request
  89       // FileReader r = new FileReader(path);
  90       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
  91       // StringBuffer content = new StringBuffer();
  92       // System.out.println("Step1");
  93       // while(in.readLine()!=null){
  94       // content.append(in.readLine());
  95       //
  96       // }
  97       // System.out.println("Step2");
  98       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
  99       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 100       // System.out.println("Step2");
 101       // URL url = new
 102       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 103       // DataInputStream is = new DataInputStream(url.openStream());
 104       // String str;
 105       // while ((str = is.readLine()) != null) {
 106       // System.out.println(str);
 107       // //out.write(str);
 108       // }
 109       FileReader r = new FileReader(path);
 110       BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 111       String content = "";
 112       String str;
 113
 114       while ((str = in.readLine()) != null)
 115       {
 116         // System.out.println(str);
 117
 118         content = content + str;
 119       }
 120       System.out.println("pdbfile=" + content.toString());
 121       System.out.println("capacité=" + content.length());
 122       String paramfile = URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 123       System.out.println("param=" + paramfile);
 124       URL url = new URL(
 125               "http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="
 126                       + content);
 127       BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 128               url.openStream()));
 129       String str4;
 130       while ((str4 = is.readLine()) != null)
 131       {
 132         System.out.println(str4);
 133         // out.write(str);
 134       }
 135       in.close();
 136       is.close();
 137
 138       // HttpURLConnection connection = (HttpURLConnection)url.openConnection();
 139       // connection.setRequestMethod("POST" );
 140       // connection.setRequestProperty("data", path );
 141       // //connection.setRequestProperty("nomDuChamp2", "valeurDuChamp2" );
 142       // BufferedReader input = new BufferedReader(new
 143       // InputStreamReader(connection.getInputStream()));
 144       // //DataInputStream input = new
 145       // DataInputStream(connection.getInputStream());
 146       // String c;
 147       // while((c=input.readLine())!=null){
 148       // System.out.print(c);
 149       // }
 150       // input.close();
 151       // BufferedReader in1 = new BufferedReader(is);
 152
 153       // OutputStream out1 = null;
 154       // System.out.println("Step3");
 155       // BufferedWriter out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1,
 156       // "temp.rnaml"));
 157       //
 158       // in.close();
 159       // out.close();
 160
 161       // return;
 162
 163       // System.out.println(data.length());
 164       // System.out.println("step2");
 165       // URL url = new
 166       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 167       // System.out.println("step3");
 168       // URLConnection conn = url.openConnection();
 169       // conn.setDoOutput(true);
 170       // OutputStreamWriter writer = new
 171       // OutputStreamWriter(conn.getOutputStream());
 172
 173       // write parameters
 174       // writer.write(data);
 175       // writer.flush();
 176
 177       // Get the response
 178       // StringBuffer answer = new StringBuffer();
 179       // //BufferedReader reader = new BufferedReader(new
 180       // InputStreamReader(conn.getInputStream()));
 181       // //String line;
 182       // while ((line = reader.readLine()) != null) {
 183       // answer.append(line);
 184       // System.out.println(line);
 185       // }
 186       // writer.close();
 187       // reader.close();
 188
 189       // Output the response
 190
 191     } catch (MalformedURLException ex)
 192     {
 193       ex.printStackTrace();
 194     } catch (IOException ex)
 195     {
 196       ex.printStackTrace();
 197     }
 198   }
 199
 200   // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 201
 202   // String str;
 203
 204   // out = new FileOutputStream("temp.rnaml");
 205   // out = new BufferedWriter(new FileWriter("temp.rnaml"));
 206
 207   // while ((str = in.readLine()) != null) {
 208   // System.out.println(str);
 209   // out.write(str);
 210   // System.out.println(str);
 211   // in.close();
 212
 213   // out.close();
 214   // } catch (MalformedURLException e) {
 215   // } catch (IOException e) {
 216   // }
 217   //
 218   // }
 219
 220   // public BufferedWriter getReader()
 221   // {
 222   // System.out.println("The buffer");
 223
 224   // return out;
 225
 226   // }
 227
 228 }