src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 /**
  19  *
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25
  26 import java.util.HashSet;
  27 import java.util.Set;
  28
  29 import compbio.data.msa.Category;
  30 import compbio.data.msa.JABAService;
  31 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  32 import compbio.ws.client.Services;
  33
  34 /**
  35  * @author JimP
  36  *
  37  */
  38 public class JabaWsServerQuery implements Runnable
  39 {
  40
  41   Jws2Discoverer jws2Discoverer = null;
  42
  43   String jwsservers = null;
  44
  45   boolean quit = false, running = false;
  46
  47   /**
  48    * @return the running
  49    */
  50   public boolean isRunning()
  51   {
  52     return running;
  53   }
  54
  55   /**
  56    * @param quit
  57    *          the quit to set
  58    */
  59   public void setQuit(boolean quit)
  60   {
  61     this.quit = quit;
  62   }
  63
  64   public JabaWsServerQuery(Jws2Discoverer jws2Discoverer, String jwsservers)
  65   {
  66     this.jws2Discoverer = jws2Discoverer;
  67     this.jwsservers = jwsservers;
  68   }
  69   Services[] JABAWS1SERVERS=new Services[]
  70           { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  71           Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS };
  72   /*
  73    * (non-Javadoc)
  74    *
  75    * @see java.lang.Runnable#run()
  76    */
  77   @Override
  78   public void run()
  79   {
  80     running = true;
  81     try
  82     {
  83       if (Jws2Client.validURL(jwsservers))
  84       {
  85         compbio.data.msa.RegistryWS registry = null;
  86         Set svccategories = null;
  87         boolean noservices = true;
  88         // look for services
  89         boolean jabasws2 = false;
  90         // If we are dealing with a JABAWS2 service, then just go and ask the
  91         // JABAWS 2 service registry
  92         Set<Services> srv_set = new HashSet<Services>();
  93
  94         Set<Category> categories = Category.getCategories();
  95         String svc_cat;
  96
  97         try
  98         {
  99           // JBPNote: why is RegistryWS in compbio.data.msa ?
 100           registry = Jws2Client.connectToRegistry(jwsservers);
 101           if (registry != null)
 102           {
 103             // System.err.println("Test Services Output\n"
 104             // + registry.testAllServices());
 105             // TODO: enumerate services and test those that haven't been tested
 106             // in the last n-days/hours/etc.
 107
 108             jabasws2 = true;
 109             srv_set = registry.getSupportedServices();
 110             svccategories = registry.getServiceCategories();
 111
 112           }
 113         } catch (Exception ex)
 114         {
 115           System.err.println("Exception whilst trying to get at registry:");
 116           ex.printStackTrace();
 117           // if that failed, then we are probably working with a JABAWS1 server.
 118           // in that case, look for each service endpoint
 119           System.err.println("JWS2 Discoverer: " + jwsservers
 120                   + " is a JABAWS1 server. Using hardwired list.");
 121           for (Services srv : JABAWS1SERVERS)
 122           {
 123             srv_set.add(srv);
 124           }
 125         }
 126         for (Category cat : categories)
 127         {
 128           for (Services srv : cat.getServices())
 129           {
 130             if (quit)
 131             {
 132               running = false;
 133               return;
 134             }
 135             if (!srv_set.contains(srv))
 136             {
 137               continue;
 138             }
 139             JABAService service = null;
 140             try
 141             {
 142               service = Jws2Client.connect(jwsservers, srv);
 143             } catch (Exception e)
 144             {
 145               System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem on "
 146                       + jwsservers + " with service " + srv + ":\n"
 147                       + e.getMessage());
 148               if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException))
 149               {
 150                 e.printStackTrace();
 151               }
 152               // For moment, report service as a problem.
 153               jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 154             }
 155             ;
 156             if (service != null)
 157             {
 158               noservices = false;
 159               Jws2Instance svc = null;
 160               if (registry != null)
 161               {
 162
 163                 String description = registry.getServiceDescription(srv);
 164
 165                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 166                         cat.name, description, service);
 167               }
 168               if (svc == null)
 169               {
 170                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(), cat.name,
 171                         "JABAWS 1 Alignment Service", service);
 172               }
 173               jws2Discoverer.addService(jwsservers, svc);
 174             }
 175
 176           }
 177         }
 178
 179         if (noservices)
 180         {
 181           jws2Discoverer.addUrlwithnoservices(jwsservers);
 182         }
 183       }
 184       else
 185       {
 186         jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 187         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 188       }
 189     } catch (Exception e)
 190     {
 191       e.printStackTrace();
 192       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 193       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 194     } catch (Error e)
 195     {
 196       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 197       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 198     }
 199     running = false;
 200   }
 201
 202 }