src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import jalview.api.AlignViewportI;
  21 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  22 import jalview.gui.AlignFrame;
  23 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  26
  27 import java.util.List;
  28
  29 import compbio.metadata.Argument;
  30
  31 public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends JabawsCalcWorker
  32 {
  33
  34   public JabawsAlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  35           AlignmentViewPanel alignPanel)
  36   {
  37     super(alignViewport, alignPanel);
  38   }
  39
  40
  41
  42
  43   public JabawsAlignCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  44           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  45   {
  46     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Recover any existing parameters for this service
  51    */
  52   protected void initViewportParams()
  53   {
  54     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  55             getCalcId(),
  56             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  57                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  58                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  59   }
  60
  61   /**
  62    *
  63    * @return
  64    */
  65   public abstract String getCalcId();
  66
  67
  68
  69
  70   @Override
  71   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset, java.util.List<Argument> newarguments)
  72   {
  73     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  74     initViewportParams();
  75   }
  76 }