src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2.dm;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import compbio.metadata.Argument;
  24 import compbio.metadata.Option;
  25 import compbio.metadata.Preset;
  26
  27 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  28 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  29 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  30 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  31 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  32 import jalview.ws.params.ParamManager;
  33 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  34
  35 /**
  36  * preferences for running AACon service
  37  *
  38  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  39  *         container ?
  40  */
  41 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  42 {
  43   Jws2Instance service;
  44
  45   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  46           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  47   {
  48     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  49     this.service = service;
  50   }
  51
  52   public Jws2Instance getService()
  53   {
  54     return service;
  55   }
  56
  57   public void setService(Jws2Instance service)
  58   {
  59     this.service = service;
  60     if (preset != null)
  61     {
  62       // migrate preset to new service
  63       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  64       {
  65         if (url.equals(service.getUri()))
  66         {
  67           return;
  68         }
  69       }
  70       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  71       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  72       {
  73         // easy - Presets are identical (we assume)
  74         preset = pr;
  75         return;
  76       }
  77       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  78       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  79       // need to compare parameters
  80       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  81       {
  82         if (!oldargs.remove(newparg))
  83         {
  84           newargs.add(newparg);
  85         }
  86       }
  87       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  88       {
  89         // exact match.
  90         preset = pr;
  91         return;
  92       }
  93       // Try even harder to migrate arguments.
  94       throw new Error("Parameter migration not implemented yet");
  95     }
  96   }
  97
  98   public List<Argument> getJobArgset()
  99   {
 100     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 101             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 102   }
 103
 104   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 105   {
 106     // TODO: test if parameters valid for service
 107     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 108             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 109   }
 110
 111   public String getWsParamFile()
 112   {
 113     List<Option> opts = null;
 114     if (jobArgset != null)
 115     {
 116       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 117     }
 118     else
 119     {
 120       if (preset != null)
 121       {
 122         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 123       }
 124     }
 125     if (opts == null || opts.size() == 0)
 126     {
 127       return "";
 128     }
 129     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 130     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 131     {
 132       pset.append(ps);
 133       pset.append("\n");
 134     }
 135     return pset.toString();
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public String getServiceURI()
 140   {
 141     return service.getServiceTypeURI();
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public String[] getServiceURLs()
 146   {
 147     return new String[]
 148     { service.getUri() };
 149   }
 150 }