src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import compbio.metadata.Argument;
  27 import compbio.metadata.Option;
  28
  29 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  30 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  31 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  32 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  33 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  34 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  35
  36 /**
  37  * preferences for running AACon service
  38  *
  39  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  40  *         container ?
  41  */
  42 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  43 {
  44   Jws2Instance service;
  45
  46   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  47           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  48   {
  49     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  50     this.service = service;
  51   }
  52
  53   public Jws2Instance getService()
  54   {
  55     return service;
  56   }
  57
  58   public void setService(Jws2Instance service)
  59   {
  60     this.service = service;
  61     if (preset != null)
  62     {
  63       // migrate preset to new service
  64       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  65       {
  66         if (url.equals(service.getUri()))
  67         {
  68           return;
  69         }
  70       }
  71       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  72       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  73       {
  74         // easy - Presets are identical (we assume)
  75         preset = pr;
  76         return;
  77       }
  78       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  79       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  80       // need to compare parameters
  81       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  82       {
  83         if (!oldargs.remove(newparg))
  84         {
  85           newargs.add(newparg);
  86         }
  87       }
  88       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  89       {
  90         // exact match.
  91         preset = pr;
  92         return;
  93       }
  94       // Try even harder to migrate arguments.
  95       throw new Error(MessageManager.getString("error.parameter_migration_not_implemented_yet"));
  96     }
  97   }
  98
  99   public List<Argument> getJobArgset()
 100   {
 101     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 102             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 103   }
 104
 105   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 106   {
 107     // TODO: test if parameters valid for service
 108     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 109             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 110   }
 111
 112   public String getWsParamFile()
 113   {
 114     List<Option> opts = null;
 115     if (jobArgset != null)
 116     {
 117       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 118     }
 119     else
 120     {
 121       if (preset != null)
 122       {
 123         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 124       }
 125     }
 126     if (opts == null || opts.size() == 0)
 127     {
 128       return "";
 129     }
 130     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 131     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 132     {
 133       pset.append(ps);
 134       pset.append("\n");
 135     }
 136     return pset.toString();
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public String getServiceURI()
 141   {
 142     return service.getServiceTypeURI();
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public String[] getServiceURLs()
 147   {
 148     return new String[]
 149     { service.getUri() };
 150   }
 151 }