src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ws.rest.InputType;
   6 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
   7 import jalview.ws.rest.RestJob;
   8 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
   9 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
  10
  11 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  16 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  17
  18 /**
  19  * input a list of sequences separated by some separator
  20  * @author JimP
  21  *
  22  */
  23 public class SeqVector extends InputType {
  24   String sep;
  25   molType type;
  26   public SeqVector()
  27   {
  28     super(new Class[] { AlignmentI.class} );
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  33   {
  34     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  35     boolean list=false;
  36     for (SequenceI seq:rj.getSequencesForInput(token, type))
  37     {
  38       if (list)
  39       {
  40         idvector.append(sep);
  41       }
  42       idvector.append(seq.getSequence());
  43     }
  44     return new StringBody(idvector.toString());
  45   }
  46   @Override
  47   public List<String> getURLEncodedParameter()
  48   {
  49     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  50     super.addBaseParams(prms);
  51     prms.add("sep='"+ sep+"'");
  52     prms.add("type='"+type+"'");
  53     return prms;
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getURLtokenPrefix()
  58   {
  59     return "SEQS";
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public boolean configureProperty(String tok, String val,
  64           StringBuffer warnings)
  65   {
  66
  67     if (tok.startsWith("sep"))
  68     {
  69       sep=val;
  70       return true;
  71     }
  72     if (tok.startsWith("type"))
  73     {
  74       try {
  75         type=molType.valueOf(val);
  76         return true;
  77       } catch (Exception x)
  78       {
  79         warnings.append("Invalid molecule type '"+val+"'. Must be one of (");
  80         for (molType v:molType.values())
  81         {
  82           warnings.append(" "+v);
  83         }
  84         warnings.append(")\n");
  85       }
  86     }
  87     return false;
  88   }
  89
  90 }