src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ws.rest.InputType;
   6 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
   7 import jalview.ws.rest.RestJob;
   8 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
   9
  10 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  11
  12 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  13 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  14
  15 /**
  16  * input a list of sequences separated by some separator
  17  * @author JimP
  18  *
  19  */
  20 class SeqVector extends InputType {
  21   String sep;
  22   molType type;
  23   public SeqVector()
  24   {
  25     super(new Class[] { AlignmentI.class} );
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  30   {
  31     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  32     boolean list=false;
  33     for (SequenceI seq:rj.getSequencesForInput(token, type))
  34     {
  35       if (list)
  36       {
  37         idvector.append(sep);
  38       }
  39       idvector.append(seq.getSequence());
  40     }
  41     return new StringBody(idvector.toString());
  42   }
  43 }