src/jalview/ws/rest/params/Tree.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.ws.rest.InputType;
   5 import jalview.ws.rest.RestJob;
   6 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
   7 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
   8
   9 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12
  13 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  14
  15 /**
  16  * format a tree for input to a rest service
  17  * @author JimP
  18  *
  19  */
  20 public class Tree extends InputType {
  21   public Tree()
  22   {
  23     super(new Class[] { jalview.analysis.NJTree.class} );
  24   }
  25
  26   // TODO specify modifiers for tree output format
  27   @Override
  28   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException
  29   {
  30     // TODO: implement tree inputType
  31     /*rj.getTreeForInput(token);
  32     return new StringBody(new ) */
  33     throw new Error("Tree InputType not yet implemented");
  34     //return null;
  35   }
  36   public String getURLtokenPrefix()
  37   {
  38     return "NEWICK";
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public List<String> getURLEncodedParameter()
  43   {
  44     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  45     super.addBaseParams(prms);
  46     return prms;
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public boolean configureProperty(String tok, String val,
  51           StringBuffer warnings)
  52   {
  53     return true;
  54   }
  55
  56 }