src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

   1 package jalview.ws.seqfetcher;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   4 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
   5 import jalview.io.FormatAdapter;\r
   6 import jalview.io.IdentifyFile;\r
   7 \r
   8 import java.util.Hashtable;\r
   9 \r
  10 /**\r
  11  * common methods for implementations of the DbSourceProxy interface.\r
  12  * \r
  13  * @author JimP\r
  14  *\r
  15  */\r
  16 public abstract class DbSourceProxyImpl implements DbSourceProxy\r
  17 {\r
  18   public DbSourceProxyImpl()\r
  19   {\r
  20     // default constructor - do nothing probably.\r
  21   }\r
  22   private Hashtable props=null;\r
  23   /* (non-Javadoc)\r
  24    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSourceProperties()\r
  25    */\r
  26   public Hashtable getDbSourceProperties()\r
  27   {\r
  28     return props;\r
  29   }\r
  30   protected void addDbSourceProperty(Object propname)\r
  31   {\r
  32     addDbSourceProperty(propname, propname);\r
  33   }\r
  34 \r
  35   protected void addDbSourceProperty(Object propname, Object propvalue)\r
  36   {\r
  37     if (props==null)\r
  38     {\r
  39       props = new Hashtable();\r
  40     }\r
  41     props.put(propname, propvalue);\r
  42   }\r
  43   boolean queryInProgress=false;\r
  44   protected StringBuffer results = null;\r
  45   /*\r
  46    * (non-Javadoc)\r
  47    * \r
  48    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getRawRecords()\r
  49    */\r
  50   public StringBuffer getRawRecords()\r
  51   {\r
  52     return results;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   /* (non-Javadoc)\r
  56    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#queryInProgress()\r
  57    */\r
  58   public boolean queryInProgress()\r
  59   {\r
  60     return queryInProgress;\r
  61   }\r
  62   /**\r
  63    * call to set the queryInProgress flag\r
  64    *\r
  65    */\r
  66   protected void startQuery()\r
  67   {\r
  68     queryInProgress=true;\r
  69   }\r
  70   /**\r
  71    * call to clear the queryInProgress flag\r
  72    *\r
  73    */\r
  74   protected void stopQuery()\r
  75   {\r
  76     queryInProgress=false;\r
  77   }\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * create an alignment from raw text file...\r
  81    * @param result\r
  82    * @return null or a valid alignment\r
  83    * @throws Exception\r
  84    */\r
  85   protected Alignment parseResult(String result) throws Exception {\r
  86     Alignment sequences = null;\r
  87     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");\r
  88     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
  89     {\r
  90       sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(), "Paste",\r
  91             format);\r
  92     }\r
  93     return sequences;\r
  94   }\r
  95   \r
  96 }\r