src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.uimodel;
  22
  23 /**
  24  * configures annotation worker style web service clients
  25  *
  26  * @author jprocter
  27  *
  28  */
  29 public class AlignAnalysisUIText
  30 {
  31
  32   private String serviceType;
  33
  34   public String getServiceType()
  35   {
  36     return serviceType;
  37   }
  38
  39   private Class client;
  40
  41   private String calcId;
  42
  43   public String getCalcId()
  44   {
  45     return calcId;
  46   }
  47
  48   private String AAconToggle, AAconToggleTooltip, AAeditSettings,
  49           AAeditSettingsTooltip;
  50
  51   private boolean isNa;
  52
  53   public boolean isNa()
  54   {
  55     return isNa;
  56   }
  57
  58   public boolean isPr()
  59   {
  60     return isPr;
  61   }
  62
  63   /**
  64    * @return true if service can accept sequences with gaps
  65    */
  66   public boolean isAA()
  67   {
  68     return isAA;
  69   }
  70
  71   private boolean isPr;
  72
  73   private boolean isAA;
  74
  75   private boolean filterSymbols;
  76
  77
  78   private boolean needsAlignedSeqs;
  79
  80   private int min_valid_seqs;
  81
  82
  83   public AlignAnalysisUIText(String serviceType, Class<?> client,
  84           String calcId, boolean acceptNucl, boolean acceptProt,
  85           boolean acceptGaps, boolean alignedSeq,
  86           boolean filterNonStandardSymbols, int minSeq, String toggle,
  87           String toggleTooltip,
  88           String settings, String settingsTooltip)
  89   {
  90     this.serviceType = serviceType;
  91     this.calcId = calcId;
  92     isNa = acceptNucl;
  93     isPr = acceptProt;
  94     isAA = acceptGaps;
  95     this.needsAlignedSeqs = alignedSeq;
  96     this.filterSymbols = filterNonStandardSymbols;
  97     this.client = client;
  98     this.AAconToggle = toggle;
  99     this.AAconToggleTooltip = toggleTooltip;
 100     this.AAeditSettings = settings;
 101     this.AAeditSettingsTooltip = settingsTooltip;
 102     this.min_valid_seqs = minSeq;
 103   }
 104
 105   /**
 106    *
 107    * @return true if non-standard nucleotides and amino acids should be replaced
 108    *         or omitted
 109    *
 110    */
 111   public boolean isFilterSymbols()
 112   {
 113     return filterSymbols;
 114   }
 115
 116   /**
 117    *
 118    * @return true if service needs sequences all the same length (ie padded with
 119    *         gaps if necessary)
 120    */
 121   public boolean isNeedsAlignedSeqs()
 122   {
 123     return needsAlignedSeqs;
 124   }
 125
 126   public Class getClient()
 127   {
 128     return client;
 129   }
 130
 131   public void setClient(Class client)
 132   {
 133     this.client = client;
 134   }
 135
 136   public String getAAconToggle()
 137   {
 138     return AAconToggle;
 139   }
 140
 141   public void setAAconToggle(String aAconToggle)
 142   {
 143     AAconToggle = aAconToggle;
 144   }
 145
 146   public String getAAconToggleTooltip()
 147   {
 148     return AAconToggleTooltip;
 149   }
 150
 151   public void setAAconToggleTooltip(String aAconToggleTooltip)
 152   {
 153     AAconToggleTooltip = aAconToggleTooltip;
 154   }
 155
 156   public String getAAeditSettings()
 157   {
 158     return AAeditSettings;
 159   }
 160
 161   public void setAAeditSettings(String aAeditSettings)
 162   {
 163     AAeditSettings = aAeditSettings;
 164   }
 165
 166   public String getAAeditSettingsTooltip()
 167   {
 168     return AAeditSettingsTooltip;
 169   }
 170
 171   public void setAAeditSettingsTooltip(String aAeditSettingsTooltip)
 172   {
 173     AAeditSettingsTooltip = aAeditSettingsTooltip;
 174   }
 175
 176   public int getMinimumSequences()
 177   {
 178     return min_valid_seqs;
 179   }
 180
 181 }