src/jalview/ws2/client/jpred4/JPred4WSClient.java

   1 package jalview.ws2.client.jpred4;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.util.List;
   5
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.io.AlignFile;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.FastaFile;
  10 import jalview.io.FileFormat;
  11 import jalview.io.FormatAdapter;
  12 import jalview.io.JPredFile;
  13 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  14 import jalview.ws2.api.Credentials;
  15 import jalview.ws2.api.JobStatus;
  16 import jalview.ws2.api.WebServiceJobHandle;
  17 import jalview.ws2.client.api.SecStructPredWebServiceClientI;
  18 import uk.ac.dundee.compbio.jpred.JPredClient;
  19 import uk.ac.dundee.compbio.jpred.JPredRequest;
  20 import uk.ac.dundee.compbio.jpred.ResultTypes;
  21
  22 public class JPred4WSClient implements SecStructPredWebServiceClientI
  23 {
  24   final JPredClient client;
  25
  26   JPred4WSClient(JPredClient client)
  27   {
  28     this.client = client;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public String getUrl()
  33   {
  34     return client.getURL().toString();
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public String getClientName()
  39   {
  40     return "jpred4";
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public WebServiceJobHandle submit(List<SequenceI> sequences,
  45       List<ArgumentI> args, Credentials credentials) throws IOException
  46   {
  47     var input = FileFormat.Fasta
  48         .getWriter(null)
  49         .print(sequences.toArray(SequenceI[]::new), false);
  50     JPredRequest request = JPredRequest
  51         .newBuilder()
  52         .mode(JPredRequest.Mode.MSA)
  53         .format(JPredRequest.Format.FASTA)
  54         .input(input)
  55         .build();
  56     var jobId = client.submit(request);
  57     return new WebServiceJobHandle(getClientName(), "jpred4", getUrl(), jobId);
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public JobStatus getStatus(WebServiceJobHandle job) throws IOException
  62   {
  63     var status = client.getStatus(job.getJobId());
  64     switch (status)
  65     {
  66     case RUNNING:
  67       return JobStatus.RUNNING;
  68     case FINISHED:
  69       return JobStatus.COMPLETED;
  70     case NO_JOB:
  71       return JobStatus.SERVER_ERROR;
  72     case MALFORMED:
  73       return JobStatus.INVALID;
  74     case NOT_EXIST:
  75       return JobStatus.SERVER_ERROR;
  76     default:
  77       return JobStatus.UNKNOWN;
  78     }
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public String getLog(WebServiceJobHandle job) throws IOException
  83   {
  84     var stream = client.getResultStream(job.getJobId(), ResultTypes.LOG);
  85     // FIXME: potential OOM
  86     return new String(stream.readAllBytes());
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public String getErrorLog(WebServiceJobHandle job) throws IOException
  91   {
  92     return "";
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void cancel(WebServiceJobHandle job)
  97       throws IOException, UnsupportedOperationException
  98   {
  99
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public AlignFile getAlignmentFile(WebServiceJobHandle job) throws IOException
 104   {
 105     var url = client.getResultURL(job.getJobId(), ResultTypes.PSIBLAST_ALIGN);
 106     return new FastaFile(url.toString(), DataSourceType.URL);
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public JPredFile getPredictionFile(WebServiceJobHandle job) throws IOException
 111   {
 112     var url = client.getResultURL(job.getJobId(), ResultTypes.CONCISE);
 113     return new JPredFile(url.toString(), DataSourceType.URL);
 114   }
 115 }