src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  16
  17 /**
  18  * <p>
  19  * Java class for feature complex type.
  20  *
  21  * <p>
  22  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  23  * this class.
  24  *
  25  * <pre>
  26  * &lt;complexType name="feature">
  27  *   &lt;complexContent>
  28  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  29  *       &lt;sequence>
  30  *         &lt;element name="otherData" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  31  *           &lt;complexType>
  32  *             &lt;complexContent>
  33  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  34  *                 &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  35  *                 &lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  36  *                 &lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  37  *               &lt;/restriction>
  38  *             &lt;/complexContent>
  39  *           &lt;/complexType>
  40  *         &lt;/element>
  41  *       &lt;/sequence>
  42  *       &lt;attribute name="begin" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  43  *       &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  44  *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  45  *       &lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  46  *       &lt;attribute name="status" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *       &lt;attribute name="featureGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  48  *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  49  *     &lt;/restriction>
  50  *   &lt;/complexContent>
  51  * &lt;/complexType>
  52  * </pre>
  53  *
  54  *
  55  */
  56 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  57 @XmlType(
  58   name = "feature",
  59   namespace = "www.jalview.org",
  60   propOrder =
  61   { "otherData" })
  62 public class Feature
  63 {
  64
  65   protected List<Feature.OtherData> otherData;
  66
  67   @XmlAttribute(name = "begin", required = true)
  68   protected int begin;
  69
  70   @XmlAttribute(name = "end", required = true)
  71   protected int end;
  72
  73   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  74   protected String type;
  75
  76   @XmlAttribute(name = "description")
  77   protected String description;
  78
  79   @XmlAttribute(name = "status")
  80   protected String status;
  81
  82   @XmlAttribute(name = "featureGroup")
  83   protected String featureGroup;
  84
  85   @XmlAttribute(name = "score")
  86   protected Float score;
  87
  88   /**
  89    * Gets the value of the otherData property.
  90    *
  91    * <p>
  92    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  93    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  94    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  95    * for the otherData property.
  96    *
  97    * <p>
  98    * For example, to add a new item, do as follows:
  99    *
 100    * <pre>
 101    * getOtherData().add(newItem);
 102    * </pre>
 103    *
 104    *
 105    * <p>
 106    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 107    * {@link Feature.OtherData }
 108    *
 109    *
 110    */
 111   public List<Feature.OtherData> getOtherData()
 112   {
 113     if (otherData == null)
 114     {
 115       otherData = new ArrayList<Feature.OtherData>();
 116     }
 117     return this.otherData;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Gets the value of the begin property.
 122    *
 123    */
 124   public int getBegin()
 125   {
 126     return begin;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Sets the value of the begin property.
 131    *
 132    */
 133   public void setBegin(int value)
 134   {
 135     this.begin = value;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Gets the value of the end property.
 140    *
 141    */
 142   public int getEnd()
 143   {
 144     return end;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Sets the value of the end property.
 149    *
 150    */
 151   public void setEnd(int value)
 152   {
 153     this.end = value;
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Gets the value of the type property.
 158    *
 159    * @return possible object is {@link String }
 160    *
 161    */
 162   public String getType()
 163   {
 164     return type;
 165   }
 166
 167   /**
 168    * Sets the value of the type property.
 169    *
 170    * @param value
 171    *          allowed object is {@link String }
 172    *
 173    */
 174   public void setType(String value)
 175   {
 176     this.type = value;
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Gets the value of the description property.
 181    *
 182    * @return possible object is {@link String }
 183    *
 184    */
 185   public String getDescription()
 186   {
 187     return description;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Sets the value of the description property.
 192    *
 193    * @param value
 194    *          allowed object is {@link String }
 195    *
 196    */
 197   public void setDescription(String value)
 198   {
 199     this.description = value;
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Gets the value of the status property.
 204    *
 205    * @return possible object is {@link String }
 206    *
 207    */
 208   public String getStatus()
 209   {
 210     return status;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Sets the value of the status property.
 215    *
 216    * @param value
 217    *          allowed object is {@link String }
 218    *
 219    */
 220   public void setStatus(String value)
 221   {
 222     this.status = value;
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Gets the value of the featureGroup property.
 227    *
 228    * @return possible object is {@link String }
 229    *
 230    */
 231   public String getFeatureGroup()
 232   {
 233     return featureGroup;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Sets the value of the featureGroup property.
 238    *
 239    * @param value
 240    *          allowed object is {@link String }
 241    *
 242    */
 243   public void setFeatureGroup(String value)
 244   {
 245     this.featureGroup = value;
 246   }
 247
 248   /**
 249    * Gets the value of the score property.
 250    *
 251    * @return possible object is {@link Float }
 252    *
 253    */
 254   public Float getScore()
 255   {
 256     return score;
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Sets the value of the score property.
 261    *
 262    * @param value
 263    *          allowed object is {@link Float }
 264    *
 265    */
 266   public void setScore(Float value)
 267   {
 268     this.score = value;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * <p>
 273    * Java class for anonymous complex type.
 274    *
 275    * <p>
 276    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 277    * within this class.
 278    *
 279    * <pre>
 280    * &lt;complexType>
 281    *   &lt;complexContent>
 282    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 283    *       &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 284    *       &lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 285    *       &lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 286    *     &lt;/restriction>
 287    *   &lt;/complexContent>
 288    * &lt;/complexType>
 289    * </pre>
 290    *
 291    *
 292    */
 293   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 294   @XmlType(name = "")
 295   public static class OtherData
 296   {
 297
 298     @XmlAttribute(name = "key", required = true)
 299     protected String key;
 300
 301     @XmlAttribute(name = "key2")
 302     protected String key2;
 303
 304     @XmlAttribute(name = "value", required = true)
 305     protected String value;
 306
 307     /**
 308      * Gets the value of the key property.
 309      *
 310      * @return possible object is {@link String }
 311      *
 312      */
 313     public String getKey()
 314     {
 315       return key;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Sets the value of the key property.
 320      *
 321      * @param value
 322      *          allowed object is {@link String }
 323      *
 324      */
 325     public void setKey(String value)
 326     {
 327       this.key = value;
 328     }
 329
 330     /**
 331      * Gets the value of the key2 property.
 332      *
 333      * @return possible object is {@link String }
 334      *
 335      */
 336     public String getKey2()
 337     {
 338       return key2;
 339     }
 340
 341     /**
 342      * Sets the value of the key2 property.
 343      *
 344      * @param value
 345      *          allowed object is {@link String }
 346      *
 347      */
 348     public void setKey2(String value)
 349     {
 350       this.key2 = value;
 351     }
 352
 353     /**
 354      * Gets the value of the value property.
 355      *
 356      * @return possible object is {@link String }
 357      *
 358      */
 359     public String getValue()
 360     {
 361       return value;
 362     }
 363
 364     /**
 365      * Sets the value of the value property.
 366      *
 367      * @param value
 368      *          allowed object is {@link String }
 369      *
 370      */
 371     public void setValue(String value)
 372     {
 373       this.value = value;
 374     }
 375
 376   }
 377
 378 }