src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18 /**
  19  * <p>
  20  * Java class for JalviewUserColours complex type.
  21  *
  22  * <p>
  23  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  24  * this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType name="JalviewUserColours">
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element name="Version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  32  *         &lt;element name="colour" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  33  *           &lt;complexType>
  34  *             &lt;complexContent>
  35  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  36  *                 &lt;sequence>
  37  *                   &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
  38  *                 &lt;/sequence>
  39  *                 &lt;attribute name="Name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="RGB" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *                 &lt;attribute name="minRGB" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  42  *                 &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
  43  *                 &lt;attribute name="threshType" type="{www.jalview.org/colours}ThresholdType" />
  44  *                 &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  45  *                 &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  46  *                 &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  47  *                 &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  48  *                 &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  49  *               &lt;/restriction>
  50  *             &lt;/complexContent>
  51  *           &lt;/complexType>
  52  *         &lt;/element>
  53  *         &lt;element name="filter" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  54  *           &lt;complexType>
  55  *             &lt;complexContent>
  56  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  57  *                 &lt;sequence>
  58  *                   &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet"/>
  59  *                 &lt;/sequence>
  60  *                 &lt;attribute name="featureType" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  61  *               &lt;/restriction>
  62  *             &lt;/complexContent>
  63  *           &lt;/complexType>
  64  *         &lt;/element>
  65  *       &lt;/sequence>
  66  *       &lt;attribute name="schemeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  67  *     &lt;/restriction>
  68  *   &lt;/complexContent>
  69  * &lt;/complexType>
  70  * </pre>
  71  *
  72  *
  73  */
  74 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  75 @XmlType(
  76   name = "JalviewUserColours",
  77   namespace = "www.jalview.org/colours",
  78   propOrder =
  79   { "version", "colour", "filter" })
  80 public class JalviewUserColours
  81 {
  82
  83   @XmlElement(name = "Version", namespace = "")
  84   protected String version;
  85
  86   @XmlElement(namespace = "")
  87   protected List<JalviewUserColours.Colour> colour;
  88
  89   @XmlElement(namespace = "")
  90   protected List<JalviewUserColours.Filter> filter;
  91
  92   @XmlAttribute(name = "schemeName")
  93   protected String schemeName;
  94
  95   /**
  96    * Gets the value of the version property.
  97    *
  98    * @return possible object is {@link String }
  99    *
 100    */
 101   public String getVersion()
 102   {
 103     return version;
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Sets the value of the version property.
 108    *
 109    * @param value
 110    *          allowed object is {@link String }
 111    *
 112    */
 113   public void setVersion(String value)
 114   {
 115     this.version = value;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Gets the value of the colour property.
 120    *
 121    * <p>
 122    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 123    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 124    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 125    * for the colour property.
 126    *
 127    * <p>
 128    * For example, to add a new item, do as follows:
 129    *
 130    * <pre>
 131    * getColour().add(newItem);
 132    * </pre>
 133    *
 134    *
 135    * <p>
 136    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 137    * {@link JalviewUserColours.Colour }
 138    *
 139    *
 140    */
 141   public List<JalviewUserColours.Colour> getColour()
 142   {
 143     if (colour == null)
 144     {
 145       colour = new ArrayList<JalviewUserColours.Colour>();
 146     }
 147     return this.colour;
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Gets the value of the filter property.
 152    *
 153    * <p>
 154    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 155    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 156    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 157    * for the filter property.
 158    *
 159    * <p>
 160    * For example, to add a new item, do as follows:
 161    *
 162    * <pre>
 163    * getFilter().add(newItem);
 164    * </pre>
 165    *
 166    *
 167    * <p>
 168    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 169    * {@link JalviewUserColours.Filter }
 170    *
 171    *
 172    */
 173   public List<JalviewUserColours.Filter> getFilter()
 174   {
 175     if (filter == null)
 176     {
 177       filter = new ArrayList<JalviewUserColours.Filter>();
 178     }
 179     return this.filter;
 180   }
 181
 182   /**
 183    * Gets the value of the schemeName property.
 184    *
 185    * @return possible object is {@link String }
 186    *
 187    */
 188   public String getSchemeName()
 189   {
 190     return schemeName;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Sets the value of the schemeName property.
 195    *
 196    * @param value
 197    *          allowed object is {@link String }
 198    *
 199    */
 200   public void setSchemeName(String value)
 201   {
 202     this.schemeName = value;
 203   }
 204
 205   /**
 206    * <p>
 207    * Java class for anonymous complex type.
 208    *
 209    * <p>
 210    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 211    * within this class.
 212    *
 213    * <pre>
 214    * &lt;complexType>
 215    *   &lt;complexContent>
 216    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 217    *       &lt;sequence>
 218    *         &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 219    *       &lt;/sequence>
 220    *       &lt;attribute name="Name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 221    *       &lt;attribute name="RGB" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 222    *       &lt;attribute name="minRGB" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 223    *       &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 224    *       &lt;attribute name="threshType" type="{www.jalview.org/colours}ThresholdType" />
 225    *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 226    *       &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 227    *       &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 228    *       &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 229    *       &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 230    *     &lt;/restriction>
 231    *   &lt;/complexContent>
 232    * &lt;/complexType>
 233    * </pre>
 234    *
 235    *
 236    */
 237   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 238   @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName" })
 239   public static class Colour
 240   {
 241
 242     @XmlElement(namespace = "")
 243     protected List<String> attributeName;
 244
 245     @XmlAttribute(name = "Name")
 246     protected String name;
 247
 248     @XmlAttribute(name = "RGB", required = true)
 249     protected String rgb;
 250
 251     @XmlAttribute(name = "minRGB")
 252     protected String minRGB;
 253
 254     @XmlAttribute(name = "noValueColour")
 255     protected NoValueColour noValueColour;
 256
 257     @XmlAttribute(name = "threshType")
 258     protected ThresholdType threshType;
 259
 260     @XmlAttribute(name = "threshold")
 261     protected Float threshold;
 262
 263     @XmlAttribute(name = "max")
 264     protected Float max;
 265
 266     @XmlAttribute(name = "min")
 267     protected Float min;
 268
 269     @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
 270     protected Boolean colourByLabel;
 271
 272     @XmlAttribute(name = "autoScale")
 273     protected Boolean autoScale;
 274
 275     /**
 276      * Gets the value of the attributeName property.
 277      *
 278      * <p>
 279      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 280      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 281      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 282      * <CODE>set</CODE> method for the attributeName property.
 283      *
 284      * <p>
 285      * For example, to add a new item, do as follows:
 286      *
 287      * <pre>
 288      * getAttributeName().add(newItem);
 289      * </pre>
 290      *
 291      *
 292      * <p>
 293      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 294      *
 295      *
 296      */
 297     public List<String> getAttributeName()
 298     {
 299       if (attributeName == null)
 300       {
 301         attributeName = new ArrayList<String>();
 302       }
 303       return this.attributeName;
 304     }
 305
 306     /**
 307      * Gets the value of the name property.
 308      *
 309      * @return possible object is {@link String }
 310      *
 311      */
 312     public String getName()
 313     {
 314       return name;
 315     }
 316
 317     /**
 318      * Sets the value of the name property.
 319      *
 320      * @param value
 321      *          allowed object is {@link String }
 322      *
 323      */
 324     public void setName(String value)
 325     {
 326       this.name = value;
 327     }
 328
 329     /**
 330      * Gets the value of the rgb property.
 331      *
 332      * @return possible object is {@link String }
 333      *
 334      */
 335     public String getRGB()
 336     {
 337       return rgb;
 338     }
 339
 340     /**
 341      * Sets the value of the rgb property.
 342      *
 343      * @param value
 344      *          allowed object is {@link String }
 345      *
 346      */
 347     public void setRGB(String value)
 348     {
 349       this.rgb = value;
 350     }
 351
 352     /**
 353      * Gets the value of the minRGB property.
 354      *
 355      * @return possible object is {@link String }
 356      *
 357      */
 358     public String getMinRGB()
 359     {
 360       return minRGB;
 361     }
 362
 363     /**
 364      * Sets the value of the minRGB property.
 365      *
 366      * @param value
 367      *          allowed object is {@link String }
 368      *
 369      */
 370     public void setMinRGB(String value)
 371     {
 372       this.minRGB = value;
 373     }
 374
 375     /**
 376      * Gets the value of the noValueColour property.
 377      *
 378      * @return possible object is {@link NoValueColour }
 379      *
 380      */
 381     public NoValueColour getNoValueColour()
 382     {
 383       if (noValueColour == null)
 384       {
 385         return NoValueColour.MIN;
 386       }
 387       else
 388       {
 389         return noValueColour;
 390       }
 391     }
 392
 393     /**
 394      * Sets the value of the noValueColour property.
 395      *
 396      * @param value
 397      *          allowed object is {@link NoValueColour }
 398      *
 399      */
 400     public void setNoValueColour(NoValueColour value)
 401     {
 402       this.noValueColour = value;
 403     }
 404
 405     /**
 406      * Gets the value of the threshType property.
 407      *
 408      * @return possible object is {@link ThresholdType }
 409      *
 410      */
 411     public ThresholdType getThreshType()
 412     {
 413       return threshType;
 414     }
 415
 416     /**
 417      * Sets the value of the threshType property.
 418      *
 419      * @param value
 420      *          allowed object is {@link ThresholdType }
 421      *
 422      */
 423     public void setThreshType(ThresholdType value)
 424     {
 425       this.threshType = value;
 426     }
 427
 428     /**
 429      * Gets the value of the threshold property.
 430      *
 431      * @return possible object is {@link Float }
 432      *
 433      */
 434     public Float getThreshold()
 435     {
 436       return threshold;
 437     }
 438
 439     /**
 440      * Sets the value of the threshold property.
 441      *
 442      * @param value
 443      *          allowed object is {@link Float }
 444      *
 445      */
 446     public void setThreshold(Float value)
 447     {
 448       this.threshold = value;
 449     }
 450
 451     /**
 452      * Gets the value of the max property.
 453      *
 454      * @return possible object is {@link Float }
 455      *
 456      */
 457     public Float getMax()
 458     {
 459       return max;
 460     }
 461
 462     /**
 463      * Sets the value of the max property.
 464      *
 465      * @param value
 466      *          allowed object is {@link Float }
 467      *
 468      */
 469     public void setMax(Float value)
 470     {
 471       this.max = value;
 472     }
 473
 474     /**
 475      * Gets the value of the min property.
 476      *
 477      * @return possible object is {@link Float }
 478      *
 479      */
 480     public Float getMin()
 481     {
 482       return min;
 483     }
 484
 485     /**
 486      * Sets the value of the min property.
 487      *
 488      * @param value
 489      *          allowed object is {@link Float }
 490      *
 491      */
 492     public void setMin(Float value)
 493     {
 494       this.min = value;
 495     }
 496
 497     /**
 498      * Gets the value of the colourByLabel property.
 499      *
 500      * @return possible object is {@link Boolean }
 501      *
 502      */
 503     public Boolean isColourByLabel()
 504     {
 505       return colourByLabel;
 506     }
 507
 508     /**
 509      * Sets the value of the colourByLabel property.
 510      *
 511      * @param value
 512      *          allowed object is {@link Boolean }
 513      *
 514      */
 515     public void setColourByLabel(Boolean value)
 516     {
 517       this.colourByLabel = value;
 518     }
 519
 520     /**
 521      * Gets the value of the autoScale property.
 522      *
 523      * @return possible object is {@link Boolean }
 524      *
 525      */
 526     public Boolean isAutoScale()
 527     {
 528       return autoScale;
 529     }
 530
 531     /**
 532      * Sets the value of the autoScale property.
 533      *
 534      * @param value
 535      *          allowed object is {@link Boolean }
 536      *
 537      */
 538     public void setAutoScale(Boolean value)
 539     {
 540       this.autoScale = value;
 541     }
 542
 543   }
 544
 545   /**
 546    * <p>
 547    * Java class for anonymous complex type.
 548    *
 549    * <p>
 550    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 551    * within this class.
 552    *
 553    * <pre>
 554    * &lt;complexType>
 555    *   &lt;complexContent>
 556    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 557    *       &lt;sequence>
 558    *         &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet"/>
 559    *       &lt;/sequence>
 560    *       &lt;attribute name="featureType" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 561    *     &lt;/restriction>
 562    *   &lt;/complexContent>
 563    * &lt;/complexType>
 564    * </pre>
 565    *
 566    *
 567    */
 568   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 569   @XmlType(name = "", propOrder = { "matcherSet" })
 570   public static class Filter
 571   {
 572
 573     @XmlElement(namespace = "", required = true)
 574     protected FeatureMatcherSet matcherSet;
 575
 576     @XmlAttribute(name = "featureType", required = true)
 577     protected String featureType;
 578
 579     /**
 580      * Gets the value of the matcherSet property.
 581      *
 582      * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
 583      *
 584      */
 585     public FeatureMatcherSet getMatcherSet()
 586     {
 587       return matcherSet;
 588     }
 589
 590     /**
 591      * Sets the value of the matcherSet property.
 592      *
 593      * @param value
 594      *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
 595      *
 596      */
 597     public void setMatcherSet(FeatureMatcherSet value)
 598     {
 599       this.matcherSet = value;
 600     }
 601
 602     /**
 603      * Gets the value of the featureType property.
 604      *
 605      * @return possible object is {@link String }
 606      *
 607      */
 608     public String getFeatureType()
 609     {
 610       return featureType;
 611     }
 612
 613     /**
 614      * Sets the value of the featureType property.
 615      *
 616      * @param value
 617      *          allowed object is {@link String }
 618      *
 619      */
 620     public void setFeatureType(String value)
 621     {
 622       this.featureType = value;
 623     }
 624
 625   }
 626
 627 }