src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.math.BigInteger;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for MatrixType complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType name="MatrixType">
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element name="elements" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  32  *         &lt;element name="groups" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  33  *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  35  *       &lt;/sequence>
  36  *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  37  *       &lt;attribute name="rows" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  38  *       &lt;attribute name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  39  *       &lt;attribute name="treeMethod" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *       &lt;attribute name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  41  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  42  *     &lt;/restriction>
  43  *   &lt;/complexContent>
  44  * &lt;/complexType>
  45  * </pre>
  46  *
  47  *
  48  */
  49 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  50 @XmlType(name = "MatrixType", propOrder = {
  51     "elements",
  52     "groups",
  53     "newick",
  54     "property"
  55 })
  56 public class MatrixType {
  57
  58     @XmlElement(required = true)
  59     protected String elements;
  60     protected List<String> groups;
  61     protected List<String> newick;
  62     protected List<Property> property;
  63     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  64     protected String type;
  65     @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
  66     protected BigInteger rows;
  67     @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
  68     protected BigInteger cols;
  69     @XmlAttribute(name = "treeMethod")
  70     protected String treeMethod;
  71     @XmlAttribute(name = "cutHeight")
  72     protected Double cutHeight;
  73     @XmlAttribute(name = "id")
  74     protected String id;
  75
  76     /**
  77      * Gets the value of the elements property.
  78      *
  79      * @return
  80      *     possible object is
  81      *     {@link String }
  82      *
  83      */
  84     public String getElements() {
  85         return elements;
  86     }
  87
  88     /**
  89      * Sets the value of the elements property.
  90      *
  91      * @param value
  92      *     allowed object is
  93      *     {@link String }
  94      *
  95      */
  96     public void setElements(String value) {
  97         this.elements = value;
  98     }
  99
 100     /**
 101      * Gets the value of the groups property.
 102      *
 103      * <p>
 104      * This accessor method returns a reference to the live list,
 105      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 106      * returned list will be present inside the JAXB object.
 107      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the groups property.
 108      *
 109      * <p>
 110      * For example, to add a new item, do as follows:
 111      * <pre>
 112      *    getGroups().add(newItem);
 113      * </pre>
 114      *
 115      *
 116      * <p>
 117      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 118      * {@link String }
 119      *
 120      *
 121      */
 122     public List<String> getGroups() {
 123         if (groups == null) {
 124             groups = new ArrayList<String>();
 125         }
 126         return this.groups;
 127     }
 128
 129     /**
 130      * Gets the value of the newick property.
 131      *
 132      * <p>
 133      * This accessor method returns a reference to the live list,
 134      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 135      * returned list will be present inside the JAXB object.
 136      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the newick property.
 137      *
 138      * <p>
 139      * For example, to add a new item, do as follows:
 140      * <pre>
 141      *    getNewick().add(newItem);
 142      * </pre>
 143      *
 144      *
 145      * <p>
 146      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 147      * {@link String }
 148      *
 149      *
 150      */
 151     public List<String> getNewick() {
 152         if (newick == null) {
 153             newick = new ArrayList<String>();
 154         }
 155         return this.newick;
 156     }
 157
 158     /**
 159      * Gets the value of the property property.
 160      *
 161      * <p>
 162      * This accessor method returns a reference to the live list,
 163      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 164      * returned list will be present inside the JAXB object.
 165      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the property property.
 166      *
 167      * <p>
 168      * For example, to add a new item, do as follows:
 169      * <pre>
 170      *    getProperty().add(newItem);
 171      * </pre>
 172      *
 173      *
 174      * <p>
 175      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 176      * {@link Property }
 177      *
 178      *
 179      */
 180     public List<Property> getProperty() {
 181         if (property == null) {
 182             property = new ArrayList<Property>();
 183         }
 184         return this.property;
 185     }
 186
 187     /**
 188      * Gets the value of the type property.
 189      *
 190      * @return
 191      *     possible object is
 192      *     {@link String }
 193      *
 194      */
 195     public String getType() {
 196         return type;
 197     }
 198
 199     /**
 200      * Sets the value of the type property.
 201      *
 202      * @param value
 203      *     allowed object is
 204      *     {@link String }
 205      *
 206      */
 207     public void setType(String value) {
 208         this.type = value;
 209     }
 210
 211     /**
 212      * Gets the value of the rows property.
 213      *
 214      * @return
 215      *     possible object is
 216      *     {@link BigInteger }
 217      *
 218      */
 219     public BigInteger getRows() {
 220         return rows;
 221     }
 222
 223     /**
 224      * Sets the value of the rows property.
 225      *
 226      * @param value
 227      *     allowed object is
 228      *     {@link BigInteger }
 229      *
 230      */
 231     public void setRows(BigInteger value) {
 232         this.rows = value;
 233     }
 234
 235     /**
 236      * Gets the value of the cols property.
 237      *
 238      * @return
 239      *     possible object is
 240      *     {@link BigInteger }
 241      *
 242      */
 243     public BigInteger getCols() {
 244         return cols;
 245     }
 246
 247     /**
 248      * Sets the value of the cols property.
 249      *
 250      * @param value
 251      *     allowed object is
 252      *     {@link BigInteger }
 253      *
 254      */
 255     public void setCols(BigInteger value) {
 256         this.cols = value;
 257     }
 258
 259     /**
 260      * Gets the value of the treeMethod property.
 261      *
 262      * @return
 263      *     possible object is
 264      *     {@link String }
 265      *
 266      */
 267     public String getTreeMethod() {
 268         return treeMethod;
 269     }
 270
 271     /**
 272      * Sets the value of the treeMethod property.
 273      *
 274      * @param value
 275      *     allowed object is
 276      *     {@link String }
 277      *
 278      */
 279     public void setTreeMethod(String value) {
 280         this.treeMethod = value;
 281     }
 282
 283     /**
 284      * Gets the value of the cutHeight property.
 285      *
 286      * @return
 287      *     possible object is
 288      *     {@link Double }
 289      *
 290      */
 291     public Double getCutHeight() {
 292         return cutHeight;
 293     }
 294
 295     /**
 296      * Sets the value of the cutHeight property.
 297      *
 298      * @param value
 299      *     allowed object is
 300      *     {@link Double }
 301      *
 302      */
 303     public void setCutHeight(Double value) {
 304         this.cutHeight = value;
 305     }
 306
 307     /**
 308      * Gets the value of the id property.
 309      *
 310      * @return
 311      *     possible object is
 312      *     {@link String }
 313      *
 314      */
 315     public String getId() {
 316         return id;
 317     }
 318
 319     /**
 320      * Sets the value of the id property.
 321      *
 322      * @param value
 323      *     allowed object is
 324      *     {@link String }
 325      *
 326      */
 327     public void setId(String value) {
 328         this.id = value;
 329     }
 330
 331 }