src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java

   1 //
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   3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  11 import javax.xml.bind.annotation.XmlElementDecl;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlRegistry;
  13 import javax.xml.namespace.QName;
  14
  15 /**
  16  * This object contains factory methods for each Java content interface and Java
  17  * element interface generated in the jalview.xml.binding.jalview package.
  18  * &lt;p&gt;An ObjectFactory allows you to programatically construct new
  19  * instances of the Java representation for XML content. The Java representation
  20  * of XML content can consist of schema derived interfaces and classes
  21  * representing the binding of schema type definitions, element declarations and
  22  * model groups. Factory methods for each of these are provided in this class.
  23  *
  24  */
  25 @XmlRegistry
  26 public class ObjectFactory
  27 {
  28
  29   private final static QName _JalviewModel_QNAME = new QName(
  30           "www.jalview.org", "JalviewModel");
  31
  32   private final static QName _JalviewUserColours_QNAME = new QName(
  33           "www.jalview.org/colours", "JalviewUserColours");
  34
  35   private final static QName _WebServiceParameterSet_QNAME = new QName(
  36           "www.jalview.org/xml/wsparamset", "WebServiceParameterSet");
  37
  38   /**
  39    * Create a new ObjectFactory that can be used to create new instances of
  40    * schema derived classes for package: jalview.xml.binding.jalview
  41    *
  42    */
  43   public ObjectFactory()
  44   {
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Create an instance of {@link MapListType }
  49    *
  50    */
  51   public MapListType createMapListType()
  52   {
  53     return new MapListType();
  54   }
  55
  56   /**
  57    * Create an instance of {@link Sequence }
  58    *
  59    */
  60   public Sequence createSequence()
  61   {
  62     return new Sequence();
  63   }
  64
  65   /**
  66    * Create an instance of {@link AlcodonFrame }
  67    *
  68    */
  69   public AlcodonFrame createAlcodonFrame()
  70   {
  71     return new AlcodonFrame();
  72   }
  73
  74   /**
  75    * Create an instance of {@link Annotation }
  76    *
  77    */
  78   public Annotation createAnnotation()
  79   {
  80     return new Annotation();
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Create an instance of {@link SequenceSet }
  85    *
  86    */
  87   public SequenceSet createSequenceSet()
  88   {
  89     return new SequenceSet();
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet }
  94    *
  95    */
  96   public FeatureMatcherSet createFeatureMatcherSet()
  97   {
  98     return new FeatureMatcherSet();
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Create an instance of {@link JalviewUserColours }
 103    *
 104    */
 105   public JalviewUserColours createJalviewUserColours()
 106   {
 107     return new JalviewUserColours();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Create an instance of {@link Pdbentry }
 112    *
 113    */
 114   public Pdbentry createPdbentry()
 115   {
 116     return new Pdbentry();
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Create an instance of {@link Feature }
 121    *
 122    */
 123   public Feature createFeature()
 124   {
 125     return new Feature();
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Create an instance of {@link JalviewModel }
 130    *
 131    */
 132   public JalviewModel createJalviewModel()
 133   {
 134     return new JalviewModel();
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings }
 139    *
 140    */
 141   public JalviewModel.FeatureSettings createJalviewModelFeatureSettings()
 142   {
 143     return new JalviewModel.FeatureSettings();
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer }
 148    *
 149    */
 150   public JalviewModel.PcaViewer createJalviewModelPcaViewer()
 151   {
 152     return new JalviewModel.PcaViewer();
 153   }
 154
 155   /**
 156    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport }
 157    *
 158    */
 159   public JalviewModel.Viewport createJalviewModelViewport()
 160   {
 161     return new JalviewModel.Viewport();
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq }
 166    *
 167    */
 168   public JalviewModel.JSeq createJalviewModelJSeq()
 169   {
 170     return new JalviewModel.JSeq();
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
 175    *
 176    */
 177   public JalviewModel.JSeq.RnaViewer createJalviewModelJSeqRnaViewer()
 178   {
 179     return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer();
 180   }
 181
 182   /**
 183    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
 184    *
 185    */
 186   public JalviewModel.JSeq.Pdbids createJalviewModelJSeqPdbids()
 187   {
 188     return new JalviewModel.JSeq.Pdbids();
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Create an instance of {@link AnnotationColourScheme }
 193    *
 194    */
 195   public AnnotationColourScheme createAnnotationColourScheme()
 196   {
 197     return new AnnotationColourScheme();
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Create an instance of {@link PcaDataType }
 202    *
 203    */
 204   public PcaDataType createPcaDataType()
 205   {
 206     return new PcaDataType();
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Create an instance of {@link DoubleVector }
 211    *
 212    */
 213   public DoubleVector createDoubleVector()
 214   {
 215     return new DoubleVector();
 216   }
 217
 218   /**
 219    * Create an instance of {@link DoubleMatrix }
 220    *
 221    */
 222   public DoubleMatrix createDoubleMatrix()
 223   {
 224     return new DoubleMatrix();
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Create an instance of {@link Mapping }
 229    *
 230    */
 231   public Mapping createMapping()
 232   {
 233     return new Mapping();
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Create an instance of {@link MapListType.MapListFrom }
 238    *
 239    */
 240   public MapListType.MapListFrom createMapListTypeMapListFrom()
 241   {
 242     return new MapListType.MapListFrom();
 243   }
 244
 245   /**
 246    * Create an instance of {@link MapListType.MapListTo }
 247    *
 248    */
 249   public MapListType.MapListTo createMapListTypeMapListTo()
 250   {
 251     return new MapListType.MapListTo();
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Create an instance of {@link SequenceType }
 256    *
 257    */
 258   public SequenceType createSequenceType()
 259   {
 260     return new SequenceType();
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Create an instance of {@link Sequence.DBRef }
 265    *
 266    */
 267   public Sequence.DBRef createSequenceDBRef()
 268   {
 269     return new Sequence.DBRef();
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Create an instance of {@link AlcodonFrame.Alcodon }
 274    *
 275    */
 276   public AlcodonFrame.Alcodon createAlcodonFrameAlcodon()
 277   {
 278     return new AlcodonFrame.Alcodon();
 279   }
 280
 281   /**
 282    * Create an instance of {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
 283    *
 284    */
 285   public AlcodonFrame.AlcodMap createAlcodonFrameAlcodMap()
 286   {
 287     return new AlcodonFrame.AlcodMap();
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Create an instance of {@link AnnotationElement }
 292    *
 293    */
 294   public AnnotationElement createAnnotationElement()
 295   {
 296     return new AnnotationElement();
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Create an instance of {@link Annotation.ThresholdLine }
 301    *
 302    */
 303   public Annotation.ThresholdLine createAnnotationThresholdLine()
 304   {
 305     return new Annotation.ThresholdLine();
 306   }
 307
 308   /**
 309    * Create an instance of {@link MapOnAMatrixType }
 310    *
 311    */
 312   public MapOnAMatrixType createMapOnAMatrixType()
 313   {
 314     return new MapOnAMatrixType();
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Create an instance of {@link jalview.xml.binding.jalview.Property }
 319    *
 320    */
 321   public jalview.xml.binding.jalview.Property createProperty()
 322   {
 323     return new jalview.xml.binding.jalview.Property();
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Create an instance of {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 328    *
 329    */
 330   public SequenceSet.SequenceSetProperties createSequenceSetSequenceSetProperties()
 331   {
 332     return new SequenceSet.SequenceSetProperties();
 333   }
 334
 335   /**
 336    * Create an instance of {@link MatrixType }
 337    *
 338    */
 339   public MatrixType createMatrixType()
 340   {
 341     return new MatrixType();
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Create an instance of {@link VAMSAS }
 346    *
 347    */
 348   public VAMSAS createVAMSAS()
 349   {
 350     return new VAMSAS();
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Create an instance of {@link FeatureMatcher }
 355    *
 356    */
 357   public FeatureMatcher createFeatureMatcher()
 358   {
 359     return new FeatureMatcher();
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Create an instance of {@link WebServiceParameterSet }
 364    *
 365    */
 366   public WebServiceParameterSet createWebServiceParameterSet()
 367   {
 368     return new WebServiceParameterSet();
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet.CompoundMatcher }
 373    *
 374    */
 375   public FeatureMatcherSet.CompoundMatcher createFeatureMatcherSetCompoundMatcher()
 376   {
 377     return new FeatureMatcherSet.CompoundMatcher();
 378   }
 379
 380   /**
 381    * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Colour }
 382    *
 383    */
 384   public JalviewUserColours.Colour createJalviewUserColoursColour()
 385   {
 386     return new JalviewUserColours.Colour();
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Filter }
 391    *
 392    */
 393   public JalviewUserColours.Filter createJalviewUserColoursFilter()
 394   {
 395     return new JalviewUserColours.Filter();
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Create an instance of {@link Pdbentry.Property }
 400    *
 401    */
 402   public Pdbentry.Property createPdbentryProperty()
 403   {
 404     return new Pdbentry.Property();
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Create an instance of {@link Feature.OtherData }
 409    *
 410    */
 411   public Feature.OtherData createFeatureOtherData()
 412   {
 413     return new Feature.OtherData();
 414   }
 415
 416   /**
 417    * Create an instance of {@link JalviewModel.JGroup }
 418    *
 419    */
 420   public JalviewModel.JGroup createJalviewModelJGroup()
 421   {
 422     return new JalviewModel.JGroup();
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Create an instance of {@link JalviewModel.UserColours }
 427    *
 428    */
 429   public JalviewModel.UserColours createJalviewModelUserColours()
 430   {
 431     return new JalviewModel.UserColours();
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Create an instance of {@link JalviewModel.Tree }
 436    *
 437    */
 438   public JalviewModel.Tree createJalviewModelTree()
 439   {
 440     return new JalviewModel.Tree();
 441   }
 442
 443   /**
 444    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
 445    *
 446    */
 447   public JalviewModel.FeatureSettings.Setting createJalviewModelFeatureSettingsSetting()
 448   {
 449     return new JalviewModel.FeatureSettings.Setting();
 450   }
 451
 452   /**
 453    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
 454    *
 455    */
 456   public JalviewModel.FeatureSettings.Group createJalviewModelFeatureSettingsGroup()
 457   {
 458     return new JalviewModel.FeatureSettings.Group();
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
 463    *
 464    */
 465   public JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint createJalviewModelPcaViewerSequencePoint()
 466   {
 467     return new JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint();
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
 472    *
 473    */
 474   public JalviewModel.PcaViewer.Axis createJalviewModelPcaViewerAxis()
 475   {
 476     return new JalviewModel.PcaViewer.Axis();
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
 481    *
 482    */
 483   public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin createJalviewModelPcaViewerSeqPointMin()
 484   {
 485     return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin();
 486   }
 487
 488   /**
 489    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
 490    *
 491    */
 492   public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax createJalviewModelPcaViewerSeqPointMax()
 493   {
 494     return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax();
 495   }
 496
 497   /**
 498    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
 499    *
 500    */
 501   public JalviewModel.Viewport.HiddenColumns createJalviewModelViewportHiddenColumns()
 502   {
 503     return new JalviewModel.Viewport.HiddenColumns();
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
 508    *
 509    */
 510   public JalviewModel.Viewport.CalcIdParam createJalviewModelViewportCalcIdParam()
 511   {
 512     return new JalviewModel.Viewport.CalcIdParam();
 513   }
 514
 515   /**
 516    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
 517    *
 518    */
 519   public JalviewModel.Viewport.Overview createJalviewModelViewportOverview()
 520   {
 521     return new JalviewModel.Viewport.Overview();
 522   }
 523
 524   /**
 525    * Create an instance of
 526    * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
 527    *
 528    */
 529   public JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure createJalviewModelJSeqRnaViewerSecondaryStructure()
 530   {
 531     return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure();
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
 536    *
 537    */
 538   public JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState createJalviewModelJSeqPdbidsStructureState()
 539   {
 540     return new JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState();
 541   }
 542
 543   /**
 544    * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link JalviewModel
 545    * }{@code >}
 546    *
 547    * @param value
 548    *          Java instance representing xml element's value.
 549    * @return the new instance of {@link JAXBElement
 550    *         }{@code <}{@link JalviewModel }{@code >}
 551    */
 552   @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org", name = "JalviewModel")
 553   public JAXBElement<JalviewModel> createJalviewModel(JalviewModel value)
 554   {
 555     return new JAXBElement<JalviewModel>(_JalviewModel_QNAME,
 556             JalviewModel.class, null, value);
 557   }
 558
 559   /**
 560    * Create an instance of {@link JAXBElement
 561    * }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}
 562    *
 563    * @param value
 564    *          Java instance representing xml element's value.
 565    * @return the new instance of {@link JAXBElement
 566    *         }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}
 567    */
 568   @XmlElementDecl(
 569     namespace = "www.jalview.org/colours",
 570     name = "JalviewUserColours")
 571   public JAXBElement<JalviewUserColours> createJalviewUserColours(
 572           JalviewUserColours value)
 573   {
 574     return new JAXBElement<JalviewUserColours>(_JalviewUserColours_QNAME,
 575             JalviewUserColours.class, null, value);
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Create an instance of {@link JAXBElement
 580    * }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}
 581    *
 582    * @param value
 583    *          Java instance representing xml element's value.
 584    * @return the new instance of {@link JAXBElement
 585    *         }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}
 586    */
 587   @XmlElementDecl(
 588     namespace = "www.jalview.org/xml/wsparamset",
 589     name = "WebServiceParameterSet")
 590   public JAXBElement<WebServiceParameterSet> createWebServiceParameterSet(
 591           WebServiceParameterSet value)
 592   {
 593     return new JAXBElement<WebServiceParameterSet>(
 594             _WebServiceParameterSet_QNAME, WebServiceParameterSet.class,
 595             null, value);
 596   }
 597
 598 }