src/mc_view/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package mc_view;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Event;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Image;
  44 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  45 import java.awt.Panel;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class AppletPDBCanvas extends Panel
  56         implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  57 {
  58
  59   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  60
  61   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  62
  63   boolean redrawneeded = true;
  64
  65   int omx = 0;
  66
  67   int mx = 0;
  68
  69   int omy = 0;
  70
  71   int my = 0;
  72
  73   public StructureFile pdb;
  74
  75   PDBEntry pdbentry;
  76
  77   int bsize;
  78
  79   Image img;
  80
  81   Graphics ig;
  82
  83   Dimension prefsize;
  84
  85   float[] centre = new float[3];
  86
  87   float[] width = new float[3];
  88
  89   float maxwidth;
  90
  91   float scale;
  92
  93   String inStr;
  94
  95   String inType;
  96
  97   boolean bysequence = true;
  98
  99   boolean depthcue = true;
 100
 101   boolean wire = false;
 102
 103   boolean bymolecule = false;
 104
 105   boolean zbuffer = true;
 106
 107   boolean dragging;
 108
 109   int xstart;
 110
 111   int xend;
 112
 113   int ystart;
 114
 115   int yend;
 116
 117   int xmid;
 118
 119   int ymid;
 120
 121   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   String appletToolTip = null;
 128
 129   int toolx, tooly;
 130
 131   PDBChain mainchain;
 132
 133   Vector<String> highlightRes;
 134
 135   boolean pdbAction = false;
 136
 137   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 138
 139   boolean errorLoading = false;
 140
 141   boolean seqColoursReady = false;
 142
 143   FeatureRenderer fr;
 144
 145   AlignmentPanel ap;
 146
 147   StructureSelectionManager ssm;
 148
 149   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 150           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 151
 152   {
 153     this.ap = ap;
 154     this.pdbentry = pdbentry;
 155     this.sequence = seq;
 156
 157     ssm = StructureSelectionManager
 158             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 159
 160     try
 161     {
 162       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol, null);
 163
 164       if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 165       {
 166         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 167       }
 168
 169     } catch (Exception ex)
 170     {
 171       ex.printStackTrace();
 172       return;
 173     }
 174
 175     pdbentry.setId(pdb.getId());
 176
 177     ssm.addStructureViewerListener(this);
 178
 179     colourBySequence();
 180
 181     float max = -10;
 182     int maxchain = -1;
 183     int pdbstart = 0;
 184     int pdbend = 0;
 185     int seqstart = 0;
 186     int seqend = 0;
 187
 188     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 189     SequenceI sequence = seq[0];
 190
 191     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 192     {
 193
 194       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 195               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 196                       .getSequenceAsString());
 197       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 198               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       // TODO: DNa/Pep switch
 204       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 205               pdb.getChains().elementAt(i).sequence,
 206               pdb.getChains().elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA
 207                       : AlignSeq.PEP);
 208       as.calcScoreMatrix();
 209       as.traceAlignment();
 210       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 211       {
 212         @Override
 213         public void print(String x)
 214         {
 215           mappingDetails.append(x);
 216         }
 217
 218         @Override
 219         public void println()
 220         {
 221           mappingDetails.append("\n");
 222         }
 223       };
 224
 225       as.printAlignment(ps);
 226
 227       if (as.maxscore > max)
 228       {
 229         max = as.maxscore;
 230         maxchain = i;
 231
 232         pdbstart = as.seq2start;
 233         pdbend = as.seq2end;
 234         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 235         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 236       }
 237
 238       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 239       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 240     }
 241
 242     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 243
 244     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 245     mainchain.pdbend = pdbend;
 246     mainchain.seqstart = seqstart;
 247     mainchain.seqend = seqend;
 248     mainchain.isVisible = true;
 249     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 250     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 251     this.pdb = pdb;
 252     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 253
 254     // Initialize the matrices to identity
 255     for (int i = 0; i < 3; i++)
 256     {
 257       for (int j = 0; j < 3; j++)
 258       {
 259         if (i != j)
 260         {
 261           idmat.addElement(i, j, 0);
 262           objmat.addElement(i, j, 0);
 263         }
 264         else
 265         {
 266           idmat.addElement(i, j, 1);
 267           objmat.addElement(i, j, 1);
 268         }
 269       }
 270     }
 271
 272     addMouseMotionListener(this);
 273     addMouseListener(this);
 274
 275     addKeyListener(new KeyAdapter()
 276     {
 277       @Override
 278       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 279       {
 280         doKeyPressed(evt);
 281       }
 282     });
 283
 284     findCentre();
 285     findWidth();
 286
 287     setupBonds();
 288
 289     scale = findScale();
 290   }
 291
 292   Vector<Bond> visiblebonds;
 293
 294   void setupBonds()
 295   {
 296     seqColoursReady = false;
 297     // Sort the bonds by z coord
 298     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 299
 300     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 301     {
 302       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 303       {
 304         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 305
 306         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 307         {
 308           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 309         }
 310       }
 311     }
 312     seqColoursReady = true;
 313     colourBySequence();
 314     redrawneeded = true;
 315     repaint();
 316   }
 317
 318   public void findWidth()
 319   {
 320     float[] max = new float[3];
 321     float[] min = new float[3];
 322
 323     max[0] = (float) -1e30;
 324     max[1] = (float) -1e30;
 325     max[2] = (float) -1e30;
 326
 327     min[0] = (float) 1e30;
 328     min[1] = (float) 1e30;
 329     min[2] = (float) 1e30;
 330
 331     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 332     {
 333       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 334       {
 335         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 336
 337         for (Bond tmp : bonds)
 338         {
 339           if (tmp.start[0] >= max[0])
 340           {
 341             max[0] = tmp.start[0];
 342           }
 343
 344           if (tmp.start[1] >= max[1])
 345           {
 346             max[1] = tmp.start[1];
 347           }
 348
 349           if (tmp.start[2] >= max[2])
 350           {
 351             max[2] = tmp.start[2];
 352           }
 353
 354           if (tmp.start[0] <= min[0])
 355           {
 356             min[0] = tmp.start[0];
 357           }
 358
 359           if (tmp.start[1] <= min[1])
 360           {
 361             min[1] = tmp.start[1];
 362           }
 363
 364           if (tmp.start[2] <= min[2])
 365           {
 366             min[2] = tmp.start[2];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[0] >= max[0])
 370           {
 371             max[0] = tmp.end[0];
 372           }
 373
 374           if (tmp.end[1] >= max[1])
 375           {
 376             max[1] = tmp.end[1];
 377           }
 378
 379           if (tmp.end[2] >= max[2])
 380           {
 381             max[2] = tmp.end[2];
 382           }
 383
 384           if (tmp.end[0] <= min[0])
 385           {
 386             min[0] = tmp.end[0];
 387           }
 388
 389           if (tmp.end[1] <= min[1])
 390           {
 391             min[1] = tmp.end[1];
 392           }
 393
 394           if (tmp.end[2] <= min[2])
 395           {
 396             min[2] = tmp.end[2];
 397           }
 398         }
 399       }
 400     }
 401
 402     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 403     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 404     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 405
 406     maxwidth = width[0];
 407
 408     if (width[1] > width[0])
 409     {
 410       maxwidth = width[1];
 411     }
 412
 413     if (width[2] > width[1])
 414     {
 415       maxwidth = width[2];
 416     }
 417
 418     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 419   }
 420
 421   public float findScale()
 422   {
 423     int dim;
 424     int width;
 425     int height;
 426
 427     if (getSize().width != 0)
 428     {
 429       width = getSize().width;
 430       height = getSize().height;
 431     }
 432     else
 433     {
 434       width = prefsize.width;
 435       height = prefsize.height;
 436     }
 437
 438     if (width < height)
 439     {
 440       dim = width;
 441     }
 442     else
 443     {
 444       dim = height;
 445     }
 446
 447     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 448   }
 449
 450   public void findCentre()
 451   {
 452     float xtot = 0;
 453     float ytot = 0;
 454     float ztot = 0;
 455
 456     int bsize = 0;
 457
 458     // Find centre coordinate
 459     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 460     {
 461       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 462       {
 463         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 464
 465         bsize += bonds.size();
 466
 467         for (Bond b : bonds)
 468         {
 469           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 470           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 471           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 472         }
 473       }
 474     }
 475
 476     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 477     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 478     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 479   }
 480
 481   @Override
 482   public void paint(Graphics g)
 483   {
 484
 485     if (errorLoading)
 486     {
 487       g.setColor(Color.white);
 488       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 489       g.setColor(Color.black);
 490       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 491       g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"),
 492               50, getSize().height / 2);
 493       return;
 494     }
 495
 496     if (!seqColoursReady)
 497     {
 498       g.setColor(Color.black);
 499       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 500       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 501               getSize().height / 2);
 502       return;
 503     }
 504
 505     // Only create the image at the beginning -
 506     // this saves much memory usage
 507     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 508             || (prefsize.height != getSize().height))
 509     {
 510
 511       try
 512       {
 513         prefsize.width = getSize().width;
 514         prefsize.height = getSize().height;
 515
 516         scale = findScale();
 517         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 518         ig = img.getGraphics();
 519
 520         redrawneeded = true;
 521       } catch (Exception ex)
 522       {
 523         ex.printStackTrace();
 524       }
 525     }
 526
 527     if (redrawneeded)
 528     {
 529       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 530       redrawneeded = false;
 531     }
 532     if (appletToolTip != null)
 533     {
 534       ig.setColor(Color.red);
 535       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 536     }
 537
 538     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 539
 540     pdbAction = false;
 541   }
 542
 543   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 544   {
 545     ig.setColor(Color.black);
 546     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 547     drawScene(ig);
 548     drawLabels(ig);
 549   }
 550
 551   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 552   {
 553     bysequence = false;
 554     pdb.setColours(cs);
 555     redrawneeded = true;
 556     repaint();
 557   }
 558
 559   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 560   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 561   void colourBySequence()
 562   {
 563     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 564
 565     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 566
 567     boolean showFeatures = false;
 568     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 569     {
 570       if (fr == null)
 571       {
 572         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 573       }
 574
 575       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 576
 577       showFeatures = true;
 578     }
 579
 580     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 581
 582     PDBChain chain;
 583     if (bysequence && pdb != null)
 584     {
 585       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 586       {
 587         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 588
 589         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 590         {
 591           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 592           tmp.startCol = Color.lightGray;
 593           tmp.endCol = Color.lightGray;
 594           if (chain != mainchain)
 595           {
 596             continue;
 597           }
 598
 599           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 600           {
 601             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 602             {
 603               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 604               {
 605                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 606                 if (pos > 0)
 607                 {
 608                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 609                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 610                           finder);
 611                 }
 612                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 613                 if (pos > 0)
 614                 {
 615                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 616                   tmp.endCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 617                           finder);
 618                 }
 619               }
 620             }
 621           }
 622         }
 623       }
 624     }
 625   }
 626
 627   Zsort zsort;
 628
 629   public void drawScene(Graphics g)
 630   {
 631     if (zbuffer)
 632     {
 633       if (zsort == null)
 634       {
 635         zsort = new Zsort();
 636       }
 637
 638       zsort.sort(visiblebonds);
 639     }
 640
 641     Bond tmpBond = null;
 642     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 643     {
 644       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 645
 646       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
 647               + (getSize().width / 2));
 648       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
 649               + (getSize().height / 2));
 650
 651       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
 652               + (getSize().width / 2));
 653       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale)
 654               + (getSize().height / 2));
 655
 656       xmid = (xend + xstart) / 2;
 657       ymid = (yend + ystart) / 2;
 658
 659       if (depthcue && !bymolecule)
 660       {
 661         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 662         {
 663           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 664           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 665
 666           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 667           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 668         }
 669         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 670         {
 671           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 672           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 673
 674           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 675           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 676         }
 677         else
 678         {
 679           g.setColor(tmpBond.startCol);
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 681
 682           g.setColor(tmpBond.endCol);
 683           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 684         }
 685
 686       }
 687       else if (depthcue && bymolecule)
 688       {
 689         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 690         {
 691           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 692           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 693         }
 694         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 695         {
 696           g.setColor(Color.green.darker());
 697           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 698         }
 699         else
 700         {
 701           g.setColor(Color.green);
 702           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 703         }
 704       }
 705       else if (!depthcue && !bymolecule)
 706       {
 707         g.setColor(tmpBond.startCol);
 708         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 709         g.setColor(tmpBond.endCol);
 710         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 711       }
 712       else
 713       {
 714         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 715       }
 716
 717       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 718       {
 719         g.setColor(Color.white);
 720         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 721       }
 722
 723       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 724       {
 725         g.setColor(Color.white);
 726         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 727       }
 728
 729     }
 730   }
 731
 732   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 733   {
 734     if (!wire)
 735     {
 736       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 737       {
 738         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 739         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 740         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 741       }
 742       else
 743       {
 744         g.setColor(g.getColor().brighter());
 745         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 746         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 747         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 748       }
 749     }
 750     else
 751     {
 752       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 753     }
 754   }
 755
 756   public Dimension minimumsize()
 757   {
 758     return prefsize;
 759   }
 760
 761   public Dimension preferredsize()
 762   {
 763     return prefsize;
 764   }
 765
 766   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 767   {
 768     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 769     {
 770       scale = (float) (scale * 1.1);
 771       redrawneeded = true;
 772       repaint();
 773     }
 774     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 775     {
 776       scale = (float) (scale * 0.9);
 777       redrawneeded = true;
 778       repaint();
 779     }
 780   }
 781
 782   @Override
 783   public void mousePressed(MouseEvent e)
 784   {
 785     pdbAction = true;
 786     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 787     if (fatom != null)
 788     {
 789       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 790
 791       redrawneeded = true;
 792       repaint();
 793       if (foundchain != -1)
 794       {
 795         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 796         if (chain == mainchain)
 797         {
 798           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 799           {
 800             if (highlightRes == null)
 801             {
 802               highlightRes = new Vector<String>();
 803             }
 804
 805             final String atomString = Integer
 806                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 807             if (highlightRes.contains(atomString))
 808             {
 809               highlightRes.removeElement(atomString);
 810             }
 811             else
 812             {
 813               highlightRes.addElement(atomString);
 814             }
 815           }
 816         }
 817       }
 818
 819     }
 820     mx = e.getX();
 821     my = e.getY();
 822     omx = mx;
 823     omy = my;
 824     dragging = false;
 825   }
 826
 827   @Override
 828   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 829   {
 830     pdbAction = true;
 831     if (highlightBond1 != null)
 832     {
 833       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 834       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 835       highlightBond1 = null;
 836       highlightBond2 = null;
 837     }
 838
 839     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 840
 841     PDBChain chain = null;
 842     if (foundchain != -1)
 843     {
 844       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 845       if (chain == mainchain)
 846       {
 847         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 848       }
 849     }
 850
 851     if (fatom != null)
 852     {
 853       toolx = e.getX();
 854       tooly = e.getY();
 855
 856       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 857               + fatom.resName;
 858       redrawneeded = true;
 859       repaint();
 860     }
 861     else
 862     {
 863       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 864       appletToolTip = null;
 865       redrawneeded = true;
 866       repaint();
 867     }
 868   }
 869
 870   @Override
 871   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 872   {
 873   }
 874
 875   @Override
 876   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 877   {
 878   }
 879
 880   @Override
 881   public void mouseExited(MouseEvent e)
 882   {
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 887   {
 888     int x = evt.getX();
 889     int y = evt.getY();
 890     mx = x;
 891     my = y;
 892
 893     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 894     objmat.setIdentity();
 895
 896     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 897     {
 898       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 899     }
 900     else
 901     {
 902       objmat.rotatex(((omy - my)));
 903       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 904     }
 905
 906     // Alter the bonds
 907     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 908     {
 909       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 910       {
 911         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 912         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 913
 914         // Now apply the rotation matrix
 915         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 916         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 917
 918         // Now translate back again
 919         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 920       }
 921     }
 922
 923     objmat = null;
 924
 925     omx = mx;
 926     omy = my;
 927
 928     dragging = true;
 929
 930     redrawneeded = true;
 931
 932     repaint();
 933   }
 934
 935   @Override
 936   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 937   {
 938     dragging = false;
 939     return;
 940   }
 941
 942   void drawLabels(Graphics g)
 943   {
 944
 945     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 946     {
 947       if (chain.isVisible)
 948       {
 949         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 950         {
 951           if (tmpBond.at1.isSelected)
 952           {
 953             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 954           }
 955
 956           if (tmpBond.at2.isSelected)
 957           {
 958             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 959           }
 960         }
 961       }
 962     }
 963   }
 964
 965   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 966   {
 967     g.setFont(font);
 968
 969     if (n == 1)
 970     {
 971       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale)
 972               + (getSize().width / 2));
 973       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale)
 974               + (getSize().height / 2));
 975
 976       g.setColor(Color.red);
 977       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 978     }
 979
 980     if (n == 2)
 981     {
 982       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale)
 983               + (getSize().width / 2));
 984       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale)
 985               + (getSize().height / 2));
 986
 987       g.setColor(Color.red);
 988       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 989     }
 990   }
 991
 992   int foundchain = -1;
 993
 994   public Atom findAtom(int x, int y)
 995   {
 996     Atom fatom = null;
 997
 998     foundchain = -1;
 999
1000     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1001     {
1002       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1003       int truex;
1004       Bond tmpBond = null;
1005
1006       if (chain.isVisible)
1007       {
1008         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1009
1010         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1011         {
1012           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1013
1014           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
1015                   + (getSize().width / 2));
1016
1017           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1018           {
1019             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
1020                     + (getSize().height / 2));
1021
1022             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1023             {
1024               fatom = tmpBond.at1;
1025               foundchain = ii;
1026               break;
1027             }
1028           }
1029         }
1030
1031         // Still here? Maybe its the last bond
1032
1033         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
1034                 + (getSize().width / 2));
1035
1036         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1037         {
1038           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale)
1039                   + (getSize().height / 2));
1040
1041           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1042           {
1043             fatom = tmpBond.at2;
1044             foundchain = ii;
1045             break;
1046           }
1047         }
1048
1049       }
1050
1051       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1052       {
1053         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1054       }
1055     }
1056
1057     return fatom;
1058   }
1059
1060   @Override
1061   public void update(Graphics g)
1062   {
1063     paint(g);
1064   }
1065
1066   public void highlightRes(int ii)
1067   {
1068     if (!seqColoursReady)
1069     {
1070       return;
1071     }
1072
1073     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1074     {
1075       return;
1076     }
1077
1078     int index = -1;
1079     Bond tmpBond;
1080     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1081     {
1082       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1083       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1084       {
1085         if (highlightBond1 != null)
1086         {
1087           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1088         }
1089
1090         if (highlightBond2 != null)
1091         {
1092           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1093         }
1094
1095         highlightBond1 = null;
1096         highlightBond2 = null;
1097
1098         if (index > 0)
1099         {
1100           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1101           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1102         }
1103
1104         if (index != mainchain.bonds.size())
1105         {
1106           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1107           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1108         }
1109
1110         break;
1111       }
1112     }
1113
1114     redrawneeded = true;
1115     repaint();
1116   }
1117
1118   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1119   {
1120     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1121     {
1122       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1123       chain.isVisible = b;
1124     }
1125     mainchain.isVisible = true;
1126     findCentre();
1127     setupBonds();
1128   }
1129
1130   // ////////////////////////////////
1131   // /StructureListener
1132   @Override
1133   public String[] getStructureFiles()
1134   {
1135     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1136   }
1137
1138   String lastMessage;
1139
1140   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1141   {
1142     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1143     {
1144       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1145     }
1146
1147     lastMessage = pdbResNum + chain;
1148   }
1149
1150   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1151
1152   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1153
1154   /**
1155    * Highlight the specified atoms in the structure.
1156    *
1157    * @param atoms
1158    */
1159   @Override
1160   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1161   {
1162     if (!seqColoursReady)
1163     {
1164       return;
1165     }
1166     for (AtomSpec atom : atoms)
1167     {
1168       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1169
1170       if (highlightRes != null
1171               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1172       {
1173         continue;
1174       }
1175
1176       highlightAtom(atomIndex);
1177     }
1178
1179     redrawneeded = true;
1180     repaint();
1181   }
1182
1183   /**
1184    * @param atomIndex
1185    */
1186   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1187   {
1188     int index = -1;
1189     Bond tmpBond;
1190     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1191     {
1192       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1193       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1194       {
1195         if (highlightBond1 != null)
1196         {
1197           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1198         }
1199
1200         if (highlightBond2 != null)
1201         {
1202           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1203         }
1204
1205         highlightBond1 = null;
1206         highlightBond2 = null;
1207
1208         if (index > 0)
1209         {
1210           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1211           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1212         }
1213
1214         if (index != mainchain.bonds.size())
1215         {
1216           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1217           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1218         }
1219
1220         break;
1221       }
1222     }
1223   }
1224
1225   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1226           String pdbfile)
1227   {
1228     return Color.white;
1229     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1230     // return null;
1231
1232     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1233   }
1234
1235   @Override
1236   public void updateColours(Object source)
1237   {
1238     colourBySequence();
1239     redrawneeded = true;
1240     repaint();
1241   }
1242
1243   @Override
1244   public void releaseReferences(Object svl)
1245   {
1246     // TODO Auto-generated method stub
1247
1248   }
1249
1250   @Override
1251   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1252   {
1253     if (sequence != null)
1254     {
1255       for (SequenceI s : sequence)
1256       {
1257         if (s == seq)
1258         {
1259           return true;
1260         }
1261       }
1262     }
1263     return false;
1264   }
1265 }