src/mc_view/Zsort.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package mc_view;
  22
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 public class Zsort
  26 {
  27   /**
  28    * Sorts the Bond list in ascending order of the z-value of the bond start
  29    * atom
  30    *
  31    * @param bonds
  32    */
  33   public void sort(Vector<Bond> bonds)
  34   {
  35     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
  36   }
  37
  38   public void sort(Vector<Bond> bonds, int p, int r)
  39   {
  40     int q;
  41
  42     if (p < r)
  43     {
  44       q = partition(bonds, p, r);
  45       sort(bonds, p, q);
  46       sort(bonds, q + 1, r);
  47     }
  48   }
  49
  50   private int partition(Vector<Bond> bonds, int p, int r)
  51   {
  52     float x = bonds.elementAt(p).start[2];
  53     int i = p - 1;
  54     int j = r + 1;
  55     Bond tmp;
  56     while (true)
  57     {
  58       do
  59       {
  60         j--;
  61       } while ((j >= 0) && (bonds.elementAt(j).start[2] > x));
  62
  63       do
  64       {
  65         i++;
  66       } while ((i < bonds.size()) && (bonds.elementAt(i).start[2] < x));
  67
  68       if (i < j)
  69       {
  70         tmp = bonds.elementAt(i);
  71         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
  72         bonds.setElementAt(tmp, j);
  73       }
  74       else
  75       {
  76         return j;
  77       }
  78     }
  79   }
  80 }