src/org/biojava/dasobert/das/DAS_Sequence_Handler.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 19.03.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.das;
  25
  26 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
  27 import org.xml.sax.Attributes;
  28 import java.util.logging.*;
  29
  30 /**
  31  * a class that parses the XML response of a DAS - sequence command.
  32  *
  33  * @author Andreas Prlic
  34  *
  35  */
  36 public class DAS_Sequence_Handler extends DefaultHandler
  37 {
  38
  39   StringBuffer sequence;
  40
  41   int length;
  42
  43   int maxLength;
  44
  45   String version;
  46
  47   boolean dna_flag;
  48
  49   /**
  50    *
  51    */
  52   public DAS_Sequence_Handler()
  53   {
  54     super();
  55
  56     sequence = new StringBuffer();
  57     length = 0;
  58     dna_flag = false;
  59     maxLength = -1;
  60     version = "";
  61   }
  62
  63   /**
  64    * set a maximum length of sequence that should be loaded default: -1. if -1
  65    * no length restriction is being supplied
  66    *
  67    * @return the maximum length or -1 if no restriction
  68    */
  69   public int getMaxLength()
  70   {
  71     return maxLength;
  72   }
  73
  74   /**
  75    * set a maximum length of sequence that should be loaded default: -1. if -1
  76    * no length restriction is being supplied
  77    *
  78    * @param maxLength
  79    *                the maximum length or -1 if unrestricted
  80    */
  81   public void setMaxLength(int maxLength)
  82   {
  83     this.maxLength = maxLength;
  84   }
  85
  86   public void startElement(String uri, String name, String qName,
  87           Attributes atts)
  88   {
  89
  90     if (qName.equals("SEQUENCE"))
  91     {
  92       version = atts.getValue("version");
  93       String lenstr = atts.getValue("stop");
  94       length = Integer.parseInt(lenstr);
  95       dna_flag = true;
  96     }
  97
  98   }
  99
 100   public void characters(char ch[], int start, int length)
 101   {
 102
 103     if (maxLength > 0)
 104       if (sequence.length() > maxLength)
 105         return;
 106
 107     if (dna_flag)
 108       for (int i = start; i < start + length; i++)
 109       {
 110
 111         // all sorts of characters can be found in "seqeunces" ... ignore
 112         // them...
 113         switch (ch[i])
 114         {
 115         case '\\':
 116           // System.out.print("\\\\");
 117           break;
 118         case '"':
 119           // System.out.print("\\\"");
 120           break;
 121         case '\n':
 122           // System.out.print("\\n");
 123           break;
 124         case '\r':
 125           // System.out.print("\\r");
 126           break;
 127         case '\t':
 128           // System.out.print("\\t");
 129           break;
 130         case ' ':
 131           break;
 132         default:
 133           sequence = sequence.append(ch[i]);
 134
 135           break;
 136         }
 137       }
 138
 139   }
 140
 141   public String get_sequence()
 142   {
 143
 144     if (maxLength < 0)
 145     {
 146       if (length != sequence.length())
 147       {
 148         Logger logger = Logger.getLogger("org.biojava.spice");
 149         logger.warning("Sequence does not match specified length!");
 150       }
 151     }
 152
 153     return sequence.toString();
 154   }
 155
 156   public String getVersion()
 157   {
 158     return version;
 159   }
 160
 161 }