src/org/biojava/dasobert/das2/io/DAS2SourceHandler.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Mar 15, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.util.*;
  26
  27 import org.biojava.dasobert.das2.*;
  28 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;
  29 import org.xml.sax.*;
  30 import org.xml.sax.helpers.*;
  31
  32 /** a parser for the DAS2 sources response
  33  *
  34  * @author Andreas Prlic
  35  * @since 6:53:45 PM
  36  * @version %I% %G%
  37  */
  38 public class DAS2SourceHandler
  39     extends DefaultHandler
  40 {
  41
  42   List sources;
  43   Das2Source currentSource;
  44   List coordinates;
  45   List capabilities;
  46   List labels;
  47
  48   public static final String LABELPROPERTY = "label";
  49
  50   public DAS2SourceHandler()
  51   {
  52     super();
  53
  54     sources = new ArrayList();
  55     currentSource = new Das2SourceImpl();
  56     coordinates = new ArrayList();
  57     capabilities = new ArrayList();
  58     labels = new ArrayList();
  59   }
  60
  61   private void startSource(String uri, String name, String qName,
  62                            Attributes atts)
  63   {
  64
  65     String id = atts.getValue("uri");
  66     String title = atts.getValue("title");
  67     String doc_ref = atts.getValue("doc_href");
  68     String description = atts.getValue("description");
  69
  70     currentSource.setId(id);
  71     currentSource.setNickname(title);
  72     currentSource.setHelperurl(doc_ref);
  73     currentSource.setDescription(description);
  74
  75   }
  76
  77   private DasCoordinateSystem getCoordinateSystem(String uri, String name,
  78                                                   String qname, Attributes atts)
  79   {
  80     // e.g. uri="http://das.sanger.ac.uk/dasregistry/coordsys/CS_LOCAL6"
  81     // source="Protein Sequence" authority="UniProt" test_range="P06213" />
  82     DasCoordinateSystem dcs = new DasCoordinateSystem();
  83     String id = atts.getValue("uri");
  84     dcs.setUniqueId(id);
  85
  86     String source = atts.getValue("source");
  87     dcs.setCategory(source);
  88
  89     String authority = atts.getValue("authority");
  90     dcs.setName(authority);
  91
  92     String test_range = atts.getValue("test_range");
  93     dcs.setTestCode(test_range);
  94
  95     try
  96     {
  97       String taxidstr = atts.getValue("taxid");
  98       int taxid = Integer.parseInt(taxidstr);
  99       dcs.setNCBITaxId(taxid);
 100     }
 101     catch (Exception e)
 102     {}
 103
 104     String version = atts.getValue("version");
 105     if (version != null)
 106     {
 107       dcs.setVersion(version);
 108     }
 109
 110     return dcs;
 111   }
 112
 113   public void startElement(String uri, String name, String qName,
 114                            Attributes atts)
 115   {
 116     //System.out.println("new element "+qName);
 117
 118     if (qName.equals("SOURCE"))
 119     {
 120       //System.out.println("new Source " + atts.getValue(uri));
 121       currentSource = new Das2SourceImpl();
 122       coordinates = new ArrayList();
 123       capabilities = new ArrayList();
 124
 125       startSource(uri, name, qName, atts);
 126
 127     }
 128     else if (qName.equals("MAINTAINER"))
 129     {
 130       String email = atts.getValue("email");
 131       currentSource.setAdminemail(email);
 132     }
 133     else if (qName.equals("COORDINATES"))
 134     {
 135       DasCoordinateSystem dcs = getCoordinateSystem(uri, name, qName, atts);
 136       coordinates.add(dcs);
 137
 138     }
 139     else if (qName.equals("CAPABILITY"))
 140     {
 141       Das2Capability cap = getCapability(uri, name, qName, atts);
 142       capabilities.add(cap);
 143     }
 144     else if (qName.equals("PROPERTY"))
 145     {
 146       addProperty(uri, name, qName, atts);
 147     }
 148   }
 149
 150   private Das2Capability getCapability(String uri, String name, String qName,
 151                                        Attributes atts)
 152   {
 153     // e.g <CAPABILITY type="features" query_id="http://das.biopackages.net/das/genome/yeast/S228C/feature" />
 154     Das2Capability cap = new Das2CapabilityImpl();
 155
 156     String type = atts.getValue("type");
 157     cap.setCapability(type);
 158     String query_uri = atts.getValue("query_uri");
 159     cap.setQueryUri(query_uri);
 160     return cap;
 161
 162   }
 163
 164   private void addProperty(String uri, String name, String qName,
 165                            Attributes atts)
 166   {
 167     String pname = atts.getValue("name");
 168     String label = atts.getValue("value");
 169     if (pname.equals(LABELPROPERTY))
 170     {
 171       labels.add(label);
 172     }
 173   }
 174
 175   public void startDocument()
 176   {
 177     sources = new ArrayList();
 178     coordinates = new ArrayList();
 179     capabilities = new ArrayList();
 180   }
 181
 182   public void endElement(String uri, String name, String qName)
 183   {
 184     if (qName.equals("SOURCE"))
 185     {
 186       currentSource.setDas2Capabilities( (Das2Capability[]) capabilities.
 187                                         toArray(new Das2Capability[capabilities.
 188                                                 size()]));
 189       //System.out.println("got coordinates " + coordinates.size());
 190       currentSource.setCoordinateSystem( (DasCoordinateSystem[]) coordinates.
 191                                         toArray(new DasCoordinateSystem[
 192                                                 coordinates.size()]));
 193
 194       currentSource.setLabels( (String[]) labels.toArray(new String[labels.size()]));
 195       labels.clear();
 196
 197       //System.out.println("Das2SourceHandler endElement name " + name + " uri " + uri + " qName " + qName);
 198       //System.out.println("Das2SourceHandler adding to source: " + currentSource.getId());
 199       sources.add(currentSource);
 200       currentSource = new Das2SourceImpl();
 201     }
 202   }
 203
 204   public DasSource[] getSources()
 205   {
 206     //System.out.println("Das2SourceHandler: source size: " + sources.size());
 207     return (DasSource[]) sources.toArray(new DasSource[sources.size()]);
 208   }
 209
 210 }