src/org/biojava/dasobert/das2/io/DasSourceReaderImpl.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
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  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Feb 24, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.io.*;
  26 import java.net.*;
  27 import javax.xml.parsers.*;
  28
  29 import org.biojava.dasobert.das.*;
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;
  31 import org.xml.sax.*;
  32
  33 public class DasSourceReaderImpl implements DasSourceReader
  34 {
  35
  36   Exception loggedException;
  37
  38   public DasSourceReaderImpl()
  39   {
  40     super();
  41     loggedException = null;
  42
  43     // open the stream to a server and then parse the result ...
  44   }
  45
  46   private InputStream open(URL url) throws java.io.IOException,
  47           java.net.ConnectException
  48   {
  49     InputStream inStream = null;
  50
  51     HttpURLConnection huc = DAS_FeatureRetrieve.openHttpURLConnection(url);
  52
  53     inStream = huc.getInputStream();
  54
  55     return inStream;
  56
  57   }
  58
  59   public DasSource[] readDasSource(URL url)
  60   {
  61     DasSource[] sources = new DasSource[0];
  62
  63     try
  64     {
  65       InputStream stream = open(url);
  66
  67       sources = readDasSource(stream);
  68     } catch (Exception e)
  69     {
  70       e.printStackTrace();
  71       loggedException = e;
  72     }
  73     return sources;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * read a DAS2 sources response and return a list of DAS sources.
  78    *
  79    */
  80   public DasSource[] readDasSource(InputStream stream)
  81   {
  82
  83     DasSource[] sources = new DasSource[0];
  84
  85     try
  86     {
  87       SAXParserFactory spfactory = SAXParserFactory.newInstance();
  88
  89       spfactory.setValidating(false);
  90
  91       SAXParser saxParser = null;
  92
  93       try
  94       {
  95         saxParser = spfactory.newSAXParser();
  96       } catch (ParserConfigurationException e)
  97       {
  98         e.printStackTrace();
  99         loggedException = e;
 100       }
 101
 102       String vali = System.getProperty("XMLVALIDATION");
 103
 104       boolean validation = false;
 105       if (vali != null)
 106       {
 107         if (vali.equals("true"))
 108         {
 109           validation = true;
 110         }
 111       }
 112
 113       XMLReader xmlreader = saxParser.getXMLReader();
 114
 115       // XMLReader xmlreader = XMLReaderFactory.createXMLReader();
 116       try
 117       {
 118         xmlreader.setFeature("http://xml.org/sax/features/validation",
 119                 validation);
 120       } catch (SAXException e)
 121       {
 122         // logger.log(Level.FINE,"Cannot set validation " + validation);
 123       }
 124
 125       try
 126       {
 127         xmlreader
 128                 .setFeature(
 129                         "http://apache.org/xml/features/nonvalidating/load-external-dtd",
 130                         validation);
 131       } catch (SAXNotRecognizedException e)
 132       {
 133         e.printStackTrace();
 134         // logger.log(Level.FINE,"Cannot set load-external-dtd "+validation);
 135
 136       }
 137
 138       DAS2SourceHandler cont_handle = new DAS2SourceHandler();
 139
 140       xmlreader.setContentHandler(cont_handle);
 141       xmlreader.setErrorHandler(new org.xml.sax.helpers.DefaultHandler());
 142       InputSource insource = new InputSource();
 143       insource.setByteStream(stream);
 144
 145       xmlreader.parse(insource);
 146       sources = cont_handle.getSources();
 147
 148     } catch (Exception e)
 149     {
 150       e.printStackTrace();
 151       loggedException = e;
 152     }
 153     return sources;
 154   }
 155
 156   public Exception getLoggedException()
 157   {
 158     return loggedException;
 159   }
 160
 161   public static void main(String[] args)
 162   {
 163     String url = "http://www.spice-3d.org/dasregistry/das2/sources/";
 164     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();
 165     try
 166     {
 167       URL u = new URL(url);
 168       DasSource[] sources = reader.readDasSource(u);
 169       for (int i = 0; i < sources.length; i++)
 170       {
 171         DasSource ds = sources[i];
 172         System.out.println(ds.toString());
 173       }
 174
 175     } catch (Exception e)
 176     {
 177       e.printStackTrace();
 178     }
 179
 180   }
 181
 182 }