src/org/biojava/dasobert/das2/io/DasSourceReaderImpl.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
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  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Feb 24, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.io.*;
  26 import java.net.*;
  27 import javax.xml.parsers.*;
  28
  29 import org.biojava.dasobert.das.*;
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;
  31 import org.xml.sax.*;
  32
  33 public class DasSourceReaderImpl
  34     implements DasSourceReader
  35 {
  36
  37   Exception loggedException;
  38
  39   public DasSourceReaderImpl()
  40   {
  41     super();
  42     loggedException = null;
  43
  44     // open the stream to a server and then parse the result ...
  45   }
  46
  47   private InputStream open(URL url)
  48       throws java.io.IOException, java.net.ConnectException
  49   {
  50     InputStream inStream = null;
  51
  52     HttpURLConnection huc = DAS_FeatureRetrieve.openHttpURLConnection(url);
  53
  54     inStream = huc.getInputStream();
  55
  56     return inStream;
  57
  58   }
  59
  60   public DasSource[] readDasSource(URL url)
  61   {
  62     DasSource[] sources = new DasSource[0];
  63
  64     try
  65     {
  66       InputStream stream = open(url);
  67
  68       sources = readDasSource(stream);
  69     }
  70     catch (Exception e)
  71     {
  72       e.printStackTrace();
  73       loggedException = e;
  74     }
  75     return sources;
  76   }
  77
  78   /** read a DAS2 sources response and return a list of DAS sources.
  79    *
  80    */
  81   public DasSource[] readDasSource(InputStream stream)
  82   {
  83
  84     DasSource[] sources = new DasSource[0];
  85
  86     try
  87     {
  88       SAXParserFactory spfactory =
  89           SAXParserFactory.newInstance();
  90
  91       spfactory.setValidating(false);
  92
  93       SAXParser saxParser = null;
  94
  95       try
  96       {
  97         saxParser =
  98             spfactory.newSAXParser();
  99       }
 100       catch (ParserConfigurationException e)
 101       {
 102         e.printStackTrace();
 103         loggedException = e;
 104       }
 105
 106       String vali = System.getProperty("XMLVALIDATION");
 107
 108       boolean validation = false;
 109       if (vali != null)
 110       {
 111         if (vali.equals("true"))
 112         {
 113           validation = true;
 114         }
 115       }
 116
 117       XMLReader xmlreader = saxParser.getXMLReader();
 118
 119       //XMLReader xmlreader = XMLReaderFactory.createXMLReader();
 120       try
 121       {
 122         xmlreader.setFeature("http://xml.org/sax/features/validation",
 123                              validation);
 124       }
 125       catch (SAXException e)
 126       {
 127         //logger.log(Level.FINE,"Cannot set validation " + validation);
 128       }
 129
 130       try
 131       {
 132         xmlreader.setFeature(
 133             "http://apache.org/xml/features/nonvalidating/load-external-dtd",
 134             validation);
 135       }
 136       catch (SAXNotRecognizedException e)
 137       {
 138         e.printStackTrace();
 139         //logger.log(Level.FINE,"Cannot set load-external-dtd "+validation);
 140
 141       }
 142
 143       DAS2SourceHandler cont_handle = new DAS2SourceHandler();
 144
 145       xmlreader.setContentHandler(cont_handle);
 146       xmlreader.setErrorHandler(new org.xml.sax.helpers.DefaultHandler());
 147       InputSource insource = new InputSource();
 148       insource.setByteStream(stream);
 149
 150       xmlreader.parse(insource);
 151       sources = cont_handle.getSources();
 152
 153     }
 154     catch (Exception e)
 155     {
 156       e.printStackTrace();
 157       loggedException = e;
 158     }
 159     return sources;
 160   }
 161
 162   public Exception getLoggedException()
 163   {
 164     return loggedException;
 165   }
 166
 167   public static void main(String[] args)
 168   {
 169     String url = "http://www.spice-3d.org/dasregistry/das2/sources/";
 170     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();
 171     try
 172     {
 173       URL u = new URL(url);
 174       DasSource[] sources = reader.readDasSource(u);
 175       for (int i = 0; i < sources.length; i++)
 176       {
 177         DasSource ds = sources[i];
 178         System.out.println(ds.toString());
 179       }
 180
 181     }
 182     catch (Exception e)
 183     {
 184       e.printStackTrace();
 185     }
 186
 187   }
 188
 189 }