src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordSysComparator.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25
  26 package org.biojava.dasobert.dasregistry;
  27
  28 import java.util.*;
  29
  30 /** a comparator to sort DasSources
  31  * @author Andreas Prlic
  32  */
  33
  34
  35 public abstract class DasCoordSysComparator
  36     implements Comparator
  37 {
  38
  39   private final String name;
  40   private static final Map COMPS_BY_NAME;
  41
  42   public DasCoordSysComparator(String str)
  43   {
  44     //System.out.println("new dasSourceComparator " + str);
  45     name = str;
  46   }
  47
  48   public static final Comparator BY_NAME = new DasCoordSysComparator("name")
  49   {
  50     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  51     {
  52       return ds.getName();
  53     }
  54   };
  55
  56   public static final Comparator BY_ID = new DasCoordSysComparator("id")
  57   {
  58     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  59     {
  60       return ds.getUniqueId();
  61     }
  62   };
  63   public static final Comparator BY_CATEGORY = new DasCoordSysComparator(
  64       "category")
  65   {
  66     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  67     {
  68       return ds.getCategory();
  69     }
  70   };
  71   public static final Comparator BY_ORGANISM = new DasCoordSysComparator(
  72       "organism")
  73   {
  74     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  75     {
  76       return ds.getOrganismName();
  77     }
  78   };
  79   public static final Comparator BY_TAXID = new DasCoordSysComparator("taxid")
  80   {
  81     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  82     {
  83       return ds.getNCBITaxId() + "";
  84     }
  85   };
  86
  87   static
  88   {
  89     COMPS_BY_NAME = new HashMap();
  90     COMPS_BY_NAME.put(BY_ID.toString(), BY_ID);
  91     COMPS_BY_NAME.put(BY_NAME.toString(), BY_NAME);
  92     COMPS_BY_NAME.put(BY_CATEGORY.toString(), BY_CATEGORY);
  93     COMPS_BY_NAME.put(BY_ORGANISM.toString(), BY_ORGANISM);
  94     COMPS_BY_NAME.put(BY_TAXID.toString(), BY_TAXID);
  95   }
  96
  97   public static Comparator fromString(String name)
  98   {
  99     if (COMPS_BY_NAME.containsKey(name))
 100     {
 101       return (Comparator) COMPS_BY_NAME.get(name);
 102     }
 103     else
 104     {
 105       throw new IllegalArgumentException("Can't compare by key " + name);
 106     }
 107   }
 108
 109   protected abstract Comparable getField(DasCoordinateSystem ds);
 110
 111   /** compare two DasCoordSys objects */
 112   public int compare(Object a, Object b)
 113   {
 114     DasCoordinateSystem x = (DasCoordinateSystem) a;
 115     DasCoordinateSystem y = (DasCoordinateSystem) b;
 116     return getField(x).compareTo(getField(y));
 117   }
 118
 119   public String toString()
 120   {
 121     return name;
 122   }
 123
 124 }