src/org/biojava/dasobert/feature/FeatureTrackImpl.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 22.09.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25 package org.biojava.dasobert.feature;
  26
  27 import java.util.Iterator;
  28
  29 /**
  30  * a class to store FeatureData and to visualize them coordinate system of
  31  * features is always UniProt ! PDBresnum features served by DAS need to be
  32  * converted into UniProt coord sys first.
  33  *
  34  * a feature consists of one or several segments. segmetns cotnains <start> and
  35  * <end> information.
  36  *
  37  * @author Andreas Prlic
  38  */
  39 public class FeatureTrackImpl extends AbstractFeatureTrack implements
  40         FeatureTrack
  41
  42 {
  43
  44   public Object clone()
  45   {
  46
  47     FeatureTrack f = new FeatureTrackImpl();
  48     f.setName(name);
  49     f.setMethod(method);
  50     f.setType(type);
  51     f.setNote(note);
  52     f.setLink(link);
  53     f.setSource(source);
  54     f.setScore(score);
  55
  56     Iterator iter = segments.iterator();
  57
  58     while (iter.hasNext())
  59     {
  60       Segment s = (Segment) iter.next();
  61       f.addSegment((Segment) s.clone());
  62     }
  63
  64     return f;
  65
  66   }
  67
  68 }