src/org/biojava/dasobert/feature/HistogramFeature.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on May 22, 2007
  21  *
  22  */
  23
  24 package org.biojava.dasobert.feature;
  25
  26 import java.util.Iterator;
  27
  28 /**
  29  * a class that represents Histogram Style features in addition to normal
  30  * features they know about Max and Minimum scores for the whole line Histogram
  31  * feautes have only one (Histogram) Segment, which contains the scores for each
  32  * position
  33  *
  34  * @author Andreas Prlic
  35  *
  36  */
  37 public class HistogramFeature extends AbstractFeatureTrack
  38 {
  39
  40   double max;
  41
  42   double min;
  43
  44   public HistogramFeature()
  45   {
  46     super();
  47     // TODO Auto-generated constructor stub
  48   }
  49
  50   public double getMax()
  51   {
  52     return max;
  53   }
  54
  55   public void setMax(double max)
  56   {
  57     this.max = max;
  58   }
  59
  60   public double getMin()
  61   {
  62     return min;
  63   }
  64
  65   public void setMin(double min)
  66   {
  67     this.min = min;
  68   }
  69
  70   public Object clone()
  71   {
  72
  73     HistogramFeature f = new HistogramFeature();
  74
  75     f.setName(name);
  76     f.setMethod(method);
  77     f.setType(type);
  78     f.setNote(note);
  79     f.setLink(link);
  80     f.setSource(source);
  81     f.setScore(score);
  82
  83     Iterator iter = segments.iterator();
  84
  85     while (iter.hasNext())
  86     {
  87       Segment s = (Segment) iter.next();
  88       f.addSegment((Segment) s.clone());
  89     }
  90
  91     return f;
  92
  93   }
  94
  95 }