test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class AAFrequencyTest
  32 {
  33   private static final String C = AAFrequency.MAXCOUNT;
  34
  35   private static final String R = AAFrequency.MAXRESIDUE;
  36
  37   private static final String G = AAFrequency.PID_GAPS;
  38
  39   private static final String N = AAFrequency.PID_NOGAPS;
  40
  41   private static final String P = AAFrequency.PROFILE;
  42
  43   @Test(groups = { "Functional" })
  44   public void testCalculate_noProfile()
  45   {
  46     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  47     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  48     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  49     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  50     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  51     Profile[] result = new Profile[seq1.getLength()];
  52
  53     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, false);
  54
  55     // col 0 is 100% C
  56     Profile col = result[0];
  57     assertEquals(100f, col.getPercentageIdentity(false));
  58     assertEquals(100f, col.getPercentageIdentity(true));
  59     assertEquals(4, col.getMaxCount());
  60     assertEquals("C", col.getModalResidue());
  61     assertNull(col.getCounts());
  62
  63     // col 1 is 75% A
  64     col = result[1];
  65     assertEquals(75f, col.getPercentageIdentity(false));
  66     assertEquals(100f, col.getPercentageIdentity(true));
  67     assertEquals(3, col.getMaxCount());
  68     assertEquals("A", col.getModalResidue());
  69
  70     // col 2 is 50% G 50% C or 25/25 counting gaps
  71     col = result[2];
  72     assertEquals(25f, col.getPercentageIdentity(false));
  73     assertEquals(50f, col.getPercentageIdentity(true));
  74     assertEquals(1, col.getMaxCount());
  75     assertEquals("CG", col.getModalResidue());
  76
  77     // col 3 is 75% T 25% G
  78     col = result[3];
  79     assertEquals(75f, col.getPercentageIdentity(false));
  80     assertEquals(75f, col.getPercentageIdentity(true));
  81     assertEquals(3, col.getMaxCount());
  82     assertEquals("T", col.getModalResidue());
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void testCalculate_withProfile()
  87   {
  88     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  89     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  90     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  91     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  92     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  93     Profile[] result = new Profile[seq1.getLength()];
  94
  95     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
  96     Profile profile = result[0];
  97     assertEquals(4, profile.getCounts().getCount('C'));
  98     assertEquals(4, profile.getHeight());
  99     assertEquals(4, profile.getNonGapped());
 100
 101     profile = result[1];
 102     assertEquals(3, profile.getCounts().getCount('A'));
 103     assertEquals(4, profile.getHeight());
 104     assertEquals(3, profile.getNonGapped());
 105
 106     profile = result[2];
 107     assertEquals(1, profile.getCounts().getCount('C'));
 108     assertEquals(1, profile.getCounts().getCount('G'));
 109     assertEquals(4, profile.getHeight());
 110     assertEquals(2, profile.getNonGapped());
 111
 112     profile = result[3];
 113     assertEquals(3, profile.getCounts().getCount('T'));
 114     assertEquals(1, profile.getCounts().getCount('G'));
 115     assertEquals(4, profile.getHeight());
 116     assertEquals(4, profile.getNonGapped());
 117   }
 118
 119   @Test(groups = { "Functional" })
 120   public void testCalculate_withProfileTiming()
 121   {
 122     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
 123     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
 124     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
 125     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
 126     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3, seq4 };
 127     Profile[] result = new Profile[seq1.getLength()];
 128
 129     // ensure class loaded and initialized
 130     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 131     int reps = 100000;
 132     long start = System.currentTimeMillis();
 133     for (int i = 0; i < reps; i++)
 134     {
 135       AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 136     }
 137     System.out.println(System.currentTimeMillis() - start);
 138   }
 139 }