test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertEquals;
  24 import static org.junit.Assert.assertFalse;
  25 import static org.junit.Assert.assertSame;
  26 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Arrays;
  31 import java.util.Collections;
  32 import java.util.HashSet;
  33 import java.util.LinkedHashSet;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Map;
  36 import java.util.Set;
  37
  38 import org.junit.Test;
  39
  40 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  41 import jalview.datamodel.Alignment;
  42 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  43 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  44 import jalview.datamodel.Annotation;
  45 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  46 import jalview.datamodel.Mapping;
  47 import jalview.datamodel.SearchResults;
  48 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  49 import jalview.datamodel.Sequence;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  52 import jalview.io.FormatAdapter;
  53 import jalview.util.MapList;
  54 import jalview.util.MappingUtils;
  55
  56 public class AlignmentUtilsTests
  57 {
  58   // @formatter:off
  59   private static final String TEST_DATA =
  60           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  61           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  62           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  63           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  64           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  65           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  66           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  67           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  68           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  69           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n" +
  70           "//";
  71
  72   private static final String AA_SEQS_1 =
  73           ">Seq1Name\n" +
  74           "K-QY--L\n" +
  75           ">Seq2Name\n" +
  76           "-R-FP-W-\n";
  77
  78   private static final String CDNA_SEQS_1 =
  79           ">Seq1Name\n" +
  80           "AC-GG--CUC-CAA-CT\n" +
  81           ">Seq2Name\n" +
  82           "-CG-TTA--ACG---AAGT\n";
  83
  84   private static final String CDNA_SEQS_2 =
  85           ">Seq1Name\n" +
  86           "GCTCGUCGTACT\n" +
  87           ">Seq2Name\n" +
  88           "GGGTCAGGCAGT\n";
  89   // @formatter:on
  90
  91   public static Sequence ts=new Sequence("short","ASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASD");
  92
  93   @Test
  94   public void testExpandFlanks()
  95   {
  96     AlignmentI al = new Alignment(new Sequence[] {});
  97     for (int i=4;i<14;i+=3)
  98     {
  99       SequenceI s1=ts.deriveSequence().getSubSequence(i, i+7);
 100       al.addSequence(s1);
 101     }
 102     System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("Clustal", al, true));
 103     for (int flnk=-1;flnk<25; flnk++)
 104     {
 105       AlignmentI exp;
 106       System.out.println("\nFlank size: "+flnk);
 107       System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("Clustal", exp=AlignmentUtils.expandContext(al, flnk), true));
 108       if (flnk==-1) {
 109         for (SequenceI sq:exp.getSequences())
 110       {
 111           String ung = sq.getSequenceAsString().replaceAll("-+", "");
 112           assertTrue("Flanking sequence not the same as original dataset sequence.\n"+ung+"\n"+sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString(),ung.equalsIgnoreCase(sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString()));
 113       }
 114       }
 115     }
 116     }
 117
 118   /**
 119    * Test method that returns a map of lists of sequences by sequence name.
 120    *
 121    * @throws IOException
 122    */
 123   @Test
 124   public void testGetSequencesByName() throws IOException
 125   {
 126     final String data = ">Seq1Name\nKQYL\n" + ">Seq2Name\nRFPW\n"
 127             + ">Seq1Name\nABCD\n";
 128     AlignmentI al = loadAlignment(data, "FASTA");
 129     Map<String, List<SequenceI>> map = AlignmentUtils
 130             .getSequencesByName(al);
 131     assertEquals(2, map.keySet().size());
 132     assertEquals(2, map.get("Seq1Name").size());
 133     assertEquals("KQYL", map.get("Seq1Name").get(0).getSequenceAsString());
 134     assertEquals("ABCD", map.get("Seq1Name").get(1).getSequenceAsString());
 135     assertEquals(1, map.get("Seq2Name").size());
 136     assertEquals("RFPW", map.get("Seq2Name").get(0).getSequenceAsString());
 137   }
 138   /**
 139    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 140    *
 141    * @param data
 142    * @param format TODO
 143    * @return
 144    * @throws IOException
 145    */
 146   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format) throws IOException
 147   {
 148     Alignment a = new FormatAdapter().readFile(data,
 149             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 150     a.setDataset(null);
 151     return a;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have no sequence
 156    * cross-references, so mappings are made first-served 1-1 where sequences
 157    * translate.
 158    *
 159    * @throws IOException
 160    */
 161   @Test
 162   public void testMapProteinToCdna_noXrefs() throws IOException
 163   {
 164     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 165     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 166     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 167     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 168     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 169     protein.setDataset(null);
 170
 171     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 172     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "TCAGCACGC")); // = SAR
 173     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAGATACAA")); // = EIQ
 174     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 175     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 176     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[4]));
 177     cdna.setDataset(null);
 178
 179     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinToCdna(protein, cdna));
 180
 181     // 3 mappings made, each from 1 to 1 sequence
 182     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 183     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 184     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 185     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 186
 187     // V12345 mapped to A22222
 188     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(
 189             protein.getSequenceAt(0)).get(0);
 190     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 191     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 192             acf.getdnaSeqs()[0]);
 193     Mapping[] protMappings = acf.getProtMappings();
 194     assertEquals(1, protMappings.length);
 195     MapList mapList = protMappings[0].getMap();
 196     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 197     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 198     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 199     { 1, 9 }, mapList.getFromRanges().get(0)));
 200     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 201     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 202     { 1, 3 }, mapList.getToRanges().get(0)));
 203     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 204
 205     // V12346 mapped to A33333
 206     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 207     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 208     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 209             acf.getdnaSeqs()[0]);
 210
 211     // V12347 mapped to A11111
 212     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 213     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 214     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 215             acf.getdnaSeqs()[0]);
 216
 217     // no mapping involving the 'extra' A44444
 218     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).isEmpty());
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Test for the alignSequenceAs method that takes two sequences and a mapping.
 223    */
 224   @Test
 225   public void testAlignSequenceAs_withMapping_noIntrons()
 226   {
 227     MapList map = new MapList(new int[]
 228     { 1, 6 }, new int[]
 229     { 1, 2 }, 3, 1);
 230
 231     /*
 232      * No existing gaps in dna:
 233      */
 234     checkAlignSequenceAs("GGGAAA", "-A-L-", false, false, map,
 235             "---GGG---AAA");
 236
 237     /*
 238      * Now introduce gaps in dna but ignore them when realigning.
 239      */
 240     checkAlignSequenceAs("-G-G-G-A-A-A-", "-A-L-", false, false, map,
 241             "---GGG---AAA");
 242
 243     /*
 244      * Now include gaps in dna when realigning. First retaining 'mapped' gaps
 245      * only, i.e. those within the exon region.
 246      */
 247     checkAlignSequenceAs("-G-G--G-A--A-A-", "-A-L-", true, false, map,
 248             "---G-G--G---A--A-A");
 249
 250     /*
 251      * Include all gaps in dna when realigning (within and without the exon
 252      * region). The leading gap, and the gaps between codons, are subsumed by
 253      * the protein alignment gap.
 254      */
 255     checkAlignSequenceAs("-G-GG--AA-A-", "-A-L-", true, true, map,
 256             "---G-GG---AA-A-");
 257
 258     /*
 259      * Include only unmapped gaps in dna when realigning (outside the exon
 260      * region). The leading gap, and the gaps between codons, are subsumed by
 261      * the protein alignment gap.
 262      */
 263     checkAlignSequenceAs("-G-GG--AA-A-", "-A-L-", false, true, map,
 264             "---GGG---AAA-");
 265   }
 266
 267   /**
 268    * Test for the alignSequenceAs method that takes two sequences and a mapping.
 269    */
 270   @Test
 271   public void testAlignSequenceAs_withMapping_withIntrons()
 272   {
 273     /*
 274      * Exons at codon 2 (AAA) and 4 (TTT)
 275      */
 276     MapList map = new MapList(new int[]
 277     { 4, 6, 10, 12 }, new int[]
 278     { 1, 2 }, 3, 1);
 279
 280     /*
 281      * Simple case: no gaps in dna
 282      */
 283     checkAlignSequenceAs("GGGAAACCCTTTGGG", "--A-L-", false, false, map,
 284             "GGG---AAACCCTTTGGG");
 285
 286     /*
 287      * Add gaps to dna - but ignore when realigning.
 288      */
 289     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---AC-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 290             false, false, map, "GGG---AAACCCTTTGGG");
 291
 292     /*
 293      * Add gaps to dna - include within exons only when realigning.
 294      */
 295     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 296             true, false, map, "GGG---A--A---ACCCT-TTGGG");
 297
 298     /*
 299      * Include gaps outside exons only when realigning.
 300      */
 301     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 302             false, true, map, "-G-G-GAAAC-CCTTT-GG-G-");
 303
 304     /*
 305      * Include gaps following first intron if we are 'preserving mapped gaps'
 306      */
 307     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 308             true, true, map, "-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-");
 309
 310     /*
 311      * Include all gaps in dna when realigning.
 312      */
 313     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 314             true, true, map, "-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-");
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Test for the case where not all of the protein sequence is mapped to cDNA.
 319    */
 320   @Test
 321   public void testAlignSequenceAs_withMapping_withUnmappedProtein()
 322   {
 323
 324     /*
 325      * Exons at codon 2 (AAA) and 4 (TTT) mapped to A and P
 326      */
 327     final MapList map = new MapList(new int[]
 328     { 4, 6, 10, 12 }, new int[]
 329     { 1, 1, 3, 3 }, 3, 1);
 330
 331
 332     /*
 333      * Expect alignment does nothing (aborts realignment). Change this test
 334      * first if different behaviour wanted.
 335      */
 336     checkAlignSequenceAs("GGGAAACCCTTTGGG", "-A-L-P-", false,
 337             false, map, "GGGAAACCCTTTGGG");
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Helper method that performs and verifies the method under test.
 342    *
 343    * @param dnaSeq
 344    * @param proteinSeq
 345    * @param preserveMappedGaps
 346    * @param preserveUnmappedGaps
 347    * @param map
 348    * @param expected
 349    */
 350   protected void checkAlignSequenceAs(final String dnaSeq,
 351           final String proteinSeq, final boolean preserveMappedGaps,
 352           final boolean preserveUnmappedGaps, MapList map,
 353           final String expected)
 354   {
 355     SequenceI dna = new Sequence("Seq1", dnaSeq);
 356     dna.createDatasetSequence();
 357     SequenceI protein = new Sequence("Seq1", proteinSeq);
 358     protein.createDatasetSequence();
 359     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 360     acf.addMap(dna.getDatasetSequence(), protein.getDatasetSequence(), map);
 361
 362     AlignmentUtils.alignSequenceAs(dna, protein, acf, "---", '-',
 363             preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);
 364     assertEquals(expected, dna.getSequenceAsString());
 365   }
 366
 367   /**
 368    * Test for the alignSequenceAs method where we preserve gaps in introns only.
 369    */
 370   @Test
 371   public void testAlignSequenceAs_keepIntronGapsOnly()
 372   {
 373
 374     /*
 375      * Intron GGGAAA followed by exon CCCTTT
 376      */
 377     MapList map = new MapList(new int[]
 378     { 7, 12 }, new int[]
 379     { 1, 2 }, 3, 1);
 380
 381     checkAlignSequenceAs("GG-G-AA-A-C-CC-T-TT", "AL",
 382             false, true, map, "GG-G-AA-ACCCTTT");
 383   }
 384
 385   /**
 386    * Test for the method that generates an aligned translated sequence from one
 387    * mapping.
 388    */
 389   @Test
 390   public void testGetAlignedTranslation_dnaLikeProtein()
 391   {
 392     // dna alignment will be replaced
 393     SequenceI dna = new Sequence("Seq1", "T-G-CC-A--T-TAC-CAG-");
 394     dna.createDatasetSequence();
 395     // protein alignment will be 'applied' to dna
 396     SequenceI protein = new Sequence("Seq1", "-CH-Y--Q-");
 397     protein.createDatasetSequence();
 398     MapList map = new MapList(new int[]
 399     { 1, 12 }, new int[]
 400     { 1, 4 }, 3, 1);
 401     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 402     acf.addMap(dna.getDatasetSequence(), protein.getDatasetSequence(), map);
 403
 404     final SequenceI aligned = AlignmentUtils
 405                 .getAlignedTranslation(protein, '-', acf);
 406     assertEquals("---TGCCAT---TAC------CAG---", aligned.getSequenceAsString());
 407     assertSame(aligned.getDatasetSequence(), dna.getDatasetSequence());
 408   }
 409
 410   /**
 411    * Test the method that realigns protein to match mapped codon alignment.
 412    */
 413   @Test
 414   public void testAlignProteinAsDna()
 415   {
 416     // seq1 codons are [1,2,3] [4,5,6] [7,8,9] [10,11,12]
 417     SequenceI dna1 = new Sequence("Seq1", "TGCCATTACCAG-");
 418     // seq2 codons are [1,3,4] [5,6,7] [8,9,10] [11,12,13]
 419     SequenceI dna2 = new Sequence("Seq2", "T-GCCATTACCAG");
 420     // seq3 codons are [1,2,3] [4,5,7] [8,9,10] [11,12,13]
 421     SequenceI dna3 = new Sequence("Seq3", "TGCCA-TTACCAG");
 422     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[]
 423     { dna1, dna2, dna3 });
 424     dna.setDataset(null);
 425
 426     // protein alignment will be realigned like dna
 427     SequenceI prot1 = new Sequence("Seq1", "CHYQ");
 428     SequenceI prot2 = new Sequence("Seq2", "CHYQ");
 429     SequenceI prot3 = new Sequence("Seq3", "CHYQ");
 430     AlignmentI protein = new Alignment(new SequenceI[]
 431     { prot1, prot2, prot3 });
 432     protein.setDataset(null);
 433
 434     MapList map = new MapList(new int[]
 435     { 1, 12 }, new int[]
 436     { 1, 4 }, 3, 1);
 437     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 438     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), prot1.getDatasetSequence(), map);
 439     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), prot2.getDatasetSequence(), map);
 440     acf.addMap(dna3.getDatasetSequence(), prot3.getDatasetSequence(), map);
 441     protein.setCodonFrames(Collections.singleton(acf));
 442
 443     /*
 444      * Translated codon order is [1,2,3] [1,3,4] [4,5,6] [4,5,7] [5,6,7] [7,8,9]
 445      * [8,9,10] [10,11,12] [11,12,13]
 446      */
 447     AlignmentUtils.alignProteinAsDna(protein, dna);
 448     assertEquals("C-H--Y-Q-", prot1.getSequenceAsString());
 449     assertEquals("-C--H-Y-Q", prot2.getSequenceAsString());
 450     assertEquals("C--H--Y-Q", prot3.getSequenceAsString());
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Test the method that tests whether a CDNA sequence translates to a protein
 455    * sequence
 456    */
 457   @Test
 458   public void testTranslatesAs()
 459   {
 460     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(), 0,
 461             "FPKG".toCharArray()));
 462     // with start codon
 463     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("atgtttcccaaaggg".toCharArray(),
 464             3, "FPKG".toCharArray()));
 465     // with stop codon1
 466     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtaa".toCharArray(),
 467             0, "FPKG".toCharArray()));
 468     // with stop codon2
 469     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtag".toCharArray(),
 470             0, "FPKG".toCharArray()));
 471     // with stop codon3
 472     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtga".toCharArray(),
 473             0, "FPKG".toCharArray()));
 474     // with start and stop codon1
 475     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 476             "atgtttcccaaaggtaa".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 477     // with start and stop codon2
 478     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 479             "atgtttcccaaaggtag".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 480     // with start and stop codon3
 481     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 482             "atgtttcccaaaggtga".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 483
 484     // wrong protein
 485     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(),
 486             0,
 487             "FPMG".toCharArray()));
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Test mapping of protein to cDNA, for cases where the cDNA has start and/or
 492    * stop codons in addition to the protein coding sequence.
 493    *
 494    * @throws IOException
 495    */
 496   @Test
 497   public void testMapProteinToCdna_withStartAndStopCodons()
 498           throws IOException
 499   {
 500     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 501     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 502     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 503     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 504     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 505     protein.setDataset(null);
 506
 507     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 508     // start + SAR:
 509     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "ATGTCAGCACGC"));
 510     // = EIQ + stop
 511     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAGATACAATAA"));
 512     // = start +EIQ + stop
 513     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "ATGGAAATCCAGTAG"));
 514     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG"));
 515     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[4]));
 516     cdna.setDataset(null);
 517
 518     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinToCdna(protein, cdna));
 519
 520     // 3 mappings made, each from 1 to 1 sequence
 521     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 522     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 523     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 524     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 525
 526     // V12345 mapped from A22222
 527     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(
 528             protein.getSequenceAt(0)).get(0);
 529     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 530     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 531             acf.getdnaSeqs()[0]);
 532     Mapping[] protMappings = acf.getProtMappings();
 533     assertEquals(1, protMappings.length);
 534     MapList mapList = protMappings[0].getMap();
 535     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 536     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 537     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 538     { 1, 9 }, mapList.getFromRanges().get(0)));
 539     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 540     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 541     { 1, 3 }, mapList.getToRanges().get(0)));
 542     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 543
 544     // V12346 mapped from A33333 starting position 4
 545     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 546     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 547     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 548             acf.getdnaSeqs()[0]);
 549     protMappings = acf.getProtMappings();
 550     assertEquals(1, protMappings.length);
 551     mapList = protMappings[0].getMap();
 552     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 553     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 554     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 555     { 4, 12 }, mapList.getFromRanges().get(0)));
 556     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 557     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 558     { 1, 3 }, mapList.getToRanges().get(0)));
 559     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 560
 561     // V12347 mapped to A11111 starting position 4
 562     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 563     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 564     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 565             acf.getdnaSeqs()[0]);
 566     protMappings = acf.getProtMappings();
 567     assertEquals(1, protMappings.length);
 568     mapList = protMappings[0].getMap();
 569     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 570     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 571     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 572     { 4, 12 }, mapList.getFromRanges().get(0)));
 573     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 574     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
 575     { 1, 3 }, mapList.getToRanges().get(0)));
 576     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 577
 578     // no mapping involving the 'extra' A44444
 579     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).isEmpty());
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have some sequence
 584    * cross-references. Verify that 1-to-many mappings are made where
 585    * cross-references exist and sequences are mappable.
 586    *
 587    * @throws IOException
 588    */
 589   @Test
 590   public void testMapProteinToCdna_withXrefs() throws IOException
 591   {
 592     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 593     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 594     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 595     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 596     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 597     protein.setDataset(null);
 598
 599     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 600     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "TCAGCACGC")); // = SAR
 601     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "ATGGAGATACAA")); // = start + EIQ
 602     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 603     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 604     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A55555", "GAGATTCAG")); // = EIQ
 605     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[5]));
 606     cdna.setDataset(null);
 607
 608     // Xref A22222 to V12345 (should get mapped)
 609     dnaseqs.get(1).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12345"));
 610     // Xref V12345 to A44444 (should get mapped)
 611     protseqs.get(0).addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A44444"));
 612     // Xref A33333 to V12347 (sequence mismatch - should not get mapped)
 613     dnaseqs.get(2).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12347"));
 614     // as V12345 is mapped to A22222 and A44444, this leaves V12346 unmapped.
 615     // it should get paired up with the unmapped A33333
 616     // A11111 should be mapped to V12347
 617     // A55555 is spare and has no xref so is not mapped
 618
 619     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinToCdna(protein, cdna));
 620
 621     // 4 protein mappings made for 3 proteins, 2 to V12345, 1 each to V12346/7
 622     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 623     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 624     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 625     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 626
 627     // one mapping for each of the first 4 cDNA sequences
 628     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(0)).size());
 629     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(1)).size());
 630     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(2)).size());
 631     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).size());
 632
 633     // V12345 mapped to A22222 and A44444
 634     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(
 635             protein.getSequenceAt(0)).get(0);
 636     assertEquals(2, acf.getdnaSeqs().length);
 637     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 638             acf.getdnaSeqs()[0]);
 639     assertEquals(cdna.getSequenceAt(3).getDatasetSequence(),
 640             acf.getdnaSeqs()[1]);
 641
 642     // V12346 mapped to A33333
 643     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 644     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 645     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 646             acf.getdnaSeqs()[0]);
 647
 648     // V12347 mapped to A11111
 649     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 650     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 651     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 652             acf.getdnaSeqs()[0]);
 653
 654     // no mapping involving the 'extra' A55555
 655     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(4)).isEmpty());
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have some sequence
 660    * cross-references. Verify that once we have made an xref mapping we don't
 661    * also map un-xrefd sequeces.
 662    *
 663    * @throws IOException
 664    */
 665   @Test
 666   public void testMapProteinToCdna_prioritiseXrefs() throws IOException
 667   {
 668     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 669     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 670     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 671     AlignmentI protein = new Alignment(
 672             protseqs.toArray(new SequenceI[protseqs.size()]));
 673     protein.setDataset(null);
 674
 675     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 676     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 677     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 678     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[dnaseqs
 679             .size()]));
 680     cdna.setDataset(null);
 681
 682     // Xref A22222 to V12345 (should get mapped)
 683     // A11111 should then be mapped to the unmapped V12346
 684     dnaseqs.get(1).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12345"));
 685
 686     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinToCdna(protein, cdna));
 687
 688     // 2 protein mappings made
 689     assertEquals(2, protein.getCodonFrames().size());
 690     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 691     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 692
 693     // one mapping for each of the cDNA sequences
 694     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(0)).size());
 695     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(1)).size());
 696
 697     // V12345 mapped to A22222
 698     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 699             .get(0);
 700     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 701     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 702             acf.getdnaSeqs()[0]);
 703
 704     // V12346 mapped to A11111
 705     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 706     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 707     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 708             acf.getdnaSeqs()[0]);
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Test the method that shows or hides sequence annotations by type(s) and
 713    * selection group.
 714    */
 715   @Test
 716   public void testShowOrHideSequenceAnnotations()
 717   {
 718     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AAA");
 719     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "BBB");
 720     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "CCC");
 721     Annotation[] anns = new Annotation[]
 722     { new Annotation(2f) };
 723     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann1",
 724             anns);
 725     ann1.setSequenceRef(seq1);
 726     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann2",
 727             anns);
 728     ann2.setSequenceRef(seq2);
 729     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann3",
 730             anns);
 731     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann4", anns);
 732     ann4.setSequenceRef(seq1);
 733     AlignmentAnnotation ann5 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann5", anns);
 734     ann5.setSequenceRef(seq2);
 735     AlignmentAnnotation ann6 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann6", anns);
 736     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] {seq1, seq2, seq3});
 737     al.addAnnotation(ann1); // Structure for Seq1
 738     al.addAnnotation(ann2); // Structure for Seq2
 739     al.addAnnotation(ann3); // Structure for no sequence
 740     al.addAnnotation(ann4); // Temp for seq1
 741     al.addAnnotation(ann5); // Temp for seq2
 742     al.addAnnotation(ann6); // Temp for no sequence
 743     List<String> types = new ArrayList<String>();
 744     List<SequenceI> scope = new ArrayList<SequenceI>();
 745
 746     /*
 747      * Set all sequence related Structure to hidden (ann1, ann2)
 748      */
 749     types.add("Structure");
 750     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, false,
 751             false);
 752     assertFalse(ann1.visible);
 753     assertFalse(ann2.visible);
 754     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 755     assertTrue(ann4.visible); // not Structure, not affected
 756     assertTrue(ann5.visible); // "
 757     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 758
 759     /*
 760      * Set Temp in {seq1, seq3} to hidden
 761      */
 762     types.clear();
 763     types.add("Temp");
 764     scope.add(seq1);
 765     scope.add(seq3);
 766     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, scope, false,
 767             false);
 768     assertFalse(ann1.visible); // unchanged
 769     assertFalse(ann2.visible); // unchanged
 770     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 771     assertFalse(ann4.visible); // Temp for seq1 hidden
 772     assertTrue(ann5.visible); // not in scope, not affected
 773     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 774
 775     /*
 776      * Set Temp in all sequences to hidden
 777      */
 778     types.clear();
 779     types.add("Temp");
 780     scope.add(seq1);
 781     scope.add(seq3);
 782     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, false,
 783             false);
 784     assertFalse(ann1.visible); // unchanged
 785     assertFalse(ann2.visible); // unchanged
 786     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 787     assertFalse(ann4.visible); // Temp for seq1 hidden
 788     assertFalse(ann5.visible); // Temp for seq2 hidden
 789     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 790
 791     /*
 792      * Set all types in {seq1, seq3} to visible
 793      */
 794     types.clear();
 795     scope.clear();
 796     scope.add(seq1);
 797     scope.add(seq3);
 798     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, scope, true,
 799             true);
 800     assertTrue(ann1.visible); // Structure for seq1 set visible
 801     assertFalse(ann2.visible); // not in scope, unchanged
 802     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 803     assertTrue(ann4.visible); // Temp for seq1 set visible
 804     assertFalse(ann5.visible); // not in scope, unchanged
 805     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 806
 807     /*
 808      * Set all types in all scope to hidden
 809      */
 810     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, true,
 811             false);
 812     assertFalse(ann1.visible);
 813     assertFalse(ann2.visible);
 814     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 815     assertFalse(ann4.visible);
 816     assertFalse(ann5.visible);
 817     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Tests for the method that checks if one sequence cross-references another
 822    */
 823   @Test
 824   public void testHasCrossRef()
 825   {
 826     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, null));
 827     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
 828     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, null));
 829     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, seq1));
 830     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
 831     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 832
 833     // different ref
 834     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20193"));
 835     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 836
 837     // case-insensitive; version number is ignored
 838     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20192"));
 839     assertTrue(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 840
 841     // right case!
 842     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 843     assertTrue(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 844     // test is one-way only
 845     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq2, seq1));
 846   }
 847
 848   /**
 849    * Tests for the method that checks if either sequence cross-references the
 850    * other
 851    */
 852   @Test
 853   public void testHaveCrossRef()
 854   {
 855     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, null));
 856     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
 857     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, null));
 858     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(null, seq1));
 859     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
 860     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 861
 862     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 863     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 864     // next is true for haveCrossRef, false for hasCrossRef
 865     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 866
 867     // now the other way round
 868     seq1.setDBRef(null);
 869     seq2.addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A12345"));
 870     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 871     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 872
 873     // now both ways
 874     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 875     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 876     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 877   }
 878
 879   /**
 880    * Test the method that extracts the exon-only part of a dna alignment.
 881    */
 882   @Test
 883   public void testMakeExonAlignment()
 884   {
 885     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
 886     SequenceI dna2 = new Sequence("dna2", "GGGcccTTTaaaCCC");
 887     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF");
 888     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "GFP");
 889     dna1.createDatasetSequence();
 890     dna2.createDatasetSequence();
 891     pep1.createDatasetSequence();
 892     pep2.createDatasetSequence();
 893
 894     Set<AlignedCodonFrame> mappings = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
 895     MapList map = new MapList(new int[]
 896     { 4, 6, 10, 12 }, new int[]
 897     { 1, 2 }, 3, 1);
 898     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 899     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
 900     mappings.add(acf);
 901     map = new MapList(new int[]
 902     { 1, 3, 7, 9, 13, 15 }, new int[]
 903     { 1, 3 }, 3, 1);
 904     acf = new AlignedCodonFrame();
 905     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
 906     mappings.add(acf);
 907
 908     AlignmentI exons = AlignmentUtils.makeExonAlignment(new SequenceI[]
 909     { dna1, dna2 }, mappings);
 910     assertEquals(2, exons.getSequences().size());
 911     assertEquals("GGGTTT", exons.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 912     assertEquals("GGGTTTCCC", exons.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 913
 914     /*
 915      * Verify updated mappings
 916      */
 917     assertEquals(2, mappings.size());
 918
 919     /*
 920      * Mapping from pep1 to GGGTTT in first new exon sequence
 921      */
 922     List<AlignedCodonFrame> pep1Mapping = MappingUtils
 923             .findMappingsForSequence(pep1, mappings);
 924     assertEquals(1, pep1Mapping.size());
 925     // map G to GGG
 926     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 1, mappings);
 927     assertEquals(1, sr.getResults().size());
 928     Match m = sr.getResults().get(0);
 929     assertEquals(exons.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 930             m.getSequence());
 931     assertEquals(1, m.getStart());
 932     assertEquals(3, m.getEnd());
 933     // map F to TTT
 934     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 2, mappings);
 935     m = sr.getResults().get(0);
 936     assertEquals(exons.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 937             m.getSequence());
 938     assertEquals(4, m.getStart());
 939     assertEquals(6, m.getEnd());
 940
 941     /*
 942      * Mapping from pep2 to GGGTTTCCC in second new exon sequence
 943      */
 944     List<AlignedCodonFrame> pep2Mapping = MappingUtils
 945             .findMappingsForSequence(pep2, mappings);
 946     assertEquals(1, pep2Mapping.size());
 947     // map G to GGG
 948     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 1, mappings);
 949     assertEquals(1, sr.getResults().size());
 950     m = sr.getResults().get(0);
 951     assertEquals(exons.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 952             m.getSequence());
 953     assertEquals(1, m.getStart());
 954     assertEquals(3, m.getEnd());
 955     // map F to TTT
 956     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 2, mappings);
 957     m = sr.getResults().get(0);
 958     assertEquals(exons.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 959             m.getSequence());
 960     assertEquals(4, m.getStart());
 961     assertEquals(6, m.getEnd());
 962     // map P to CCC
 963     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 3, mappings);
 964     m = sr.getResults().get(0);
 965     assertEquals(exons.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 966             m.getSequence());
 967     assertEquals(7, m.getStart());
 968     assertEquals(9, m.getEnd());
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Test the method that makes an exon-only sequence from a DNA sequence and
 973    * its product mapping. Test includes the expected case that the DNA sequence
 974    * already has a protein product (Uniprot translation) which in turn has an
 975    * x-ref to the EMBLCDS record.
 976    */
 977   @Test
 978   public void testMakeExonSequences()
 979   {
 980     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
 981     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF");
 982     dna1.createDatasetSequence();
 983     pep1.createDatasetSequence();
 984     pep1.getDatasetSequence().addDBRef(
 985             new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "A12345"));
 986
 987     /*
 988      * Make the mapping from dna to protein. The protein sequence has a DBRef to
 989      * EMBLCDS|A12345.
 990      */
 991     Set<AlignedCodonFrame> mappings = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
 992     MapList map = new MapList(new int[]
 993     { 4, 6, 10, 12 }, new int[]
 994     { 1, 2 }, 3, 1);
 995     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 996     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
 997     mappings.add(acf);
 998
 999     AlignedCodonFrame newMapping = new AlignedCodonFrame();
1000     List<SequenceI> exons = AlignmentUtils.makeExonSequences(dna1, acf,
1001             newMapping);
1002     assertEquals(1, exons.size());
1003     SequenceI exon = exons.get(0);
1004
1005     assertEquals("GGGTTT", exon.getSequenceAsString());
1006     assertEquals("dna1|A12345", exon.getName());
1007     assertEquals(1, exon.getDBRef().length);
1008     DBRefEntry cdsRef = exon.getDBRef()[0];
1009     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1010     assertEquals("2", cdsRef.getVersion());
1011     assertEquals("A12345", cdsRef.getAccessionId());
1012   }
1013
1014   /**
1015    * Test the method that makes an exon-only alignment from a DNA sequence and
1016    * its product mappings, for the case where there are multiple exon mappings
1017    * to different protein products.
1018    */
1019   @Test
1020   public void testMakeExonAlignment_multipleProteins()
1021   {
1022     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
1023     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF"); // GGGTTT
1024     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "KP"); // aaaccc
1025     SequenceI pep3 = new Sequence("pep3", "KF"); // aaaTTT
1026     dna1.createDatasetSequence();
1027     pep1.createDatasetSequence();
1028     pep2.createDatasetSequence();
1029     pep3.createDatasetSequence();
1030     pep1.getDatasetSequence().addDBRef(
1031             new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "A12345"));
1032     pep2.getDatasetSequence().addDBRef(
1033             new DBRefEntry("EMBLCDS", "3", "A12346"));
1034     pep3.getDatasetSequence().addDBRef(
1035             new DBRefEntry("EMBLCDS", "4", "A12347"));
1036
1037     /*
1038      * Make the mappings from dna to protein. Using LinkedHashset is a
1039      * convenience so results are in the input order. There is no assertion that
1040      * the generated exon sequences are in any particular order.
1041      */
1042     Set<AlignedCodonFrame> mappings = new LinkedHashSet<AlignedCodonFrame>();
1043     // map ...GGG...TTT to GF
1044     MapList map = new MapList(new int[]
1045     { 4, 6, 10, 12 }, new int[]
1046     { 1, 2 }, 3, 1);
1047     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1048     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1049     mappings.add(acf);
1050
1051     // map aaa...ccc to KP
1052     map = new MapList(new int[]
1053     { 1, 3, 7, 9 }, new int[]
1054     { 1, 2 }, 3, 1);
1055     acf = new AlignedCodonFrame();
1056     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1057     mappings.add(acf);
1058
1059     // map aaa......TTT to KF
1060     map = new MapList(new int[]
1061     { 1, 3, 10, 12 }, new int[]
1062     { 1, 2 }, 3, 1);
1063     acf = new AlignedCodonFrame();
1064     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep3.getDatasetSequence(), map);
1065     mappings.add(acf);
1066
1067     AlignmentI exal = AlignmentUtils.makeExonAlignment(new SequenceI[]
1068     { dna1 }, mappings);
1069
1070     /*
1071      * Verify we have 3 exon sequences, mapped to pep1/2/3 respectively
1072      */
1073     List<SequenceI> exons = exal.getSequences();
1074     assertEquals(3, exons.size());
1075
1076     SequenceI exon = exons.get(0);
1077     assertEquals("GGGTTT", exon.getSequenceAsString());
1078     assertEquals("dna1|A12345", exon.getName());
1079     assertEquals(1, exon.getDBRef().length);
1080     DBRefEntry cdsRef = exon.getDBRef()[0];
1081     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1082     assertEquals("2", cdsRef.getVersion());
1083     assertEquals("A12345", cdsRef.getAccessionId());
1084
1085     exon = exons.get(1);
1086     assertEquals("aaaccc", exon.getSequenceAsString());
1087     assertEquals("dna1|A12346", exon.getName());
1088     assertEquals(1, exon.getDBRef().length);
1089     cdsRef = exon.getDBRef()[0];
1090     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1091     assertEquals("3", cdsRef.getVersion());
1092     assertEquals("A12346", cdsRef.getAccessionId());
1093
1094     exon = exons.get(2);
1095     assertEquals("aaaTTT", exon.getSequenceAsString());
1096     assertEquals("dna1|A12347", exon.getName());
1097     assertEquals(1, exon.getDBRef().length);
1098     cdsRef = exon.getDBRef()[0];
1099     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1100     assertEquals("4", cdsRef.getVersion());
1101     assertEquals("A12347", cdsRef.getAccessionId());
1102   }
1103 }