test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import java.util.Arrays;
   7
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class CodingUtilsTest
  11 {
  12
  13   @Test(groups = { "Functional" })
  14   public void testDecodeCodon()
  15   {
  16     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'A' },
  17             CodingUtils.decodeCodon(0)));
  18     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'C' },
  19             CodingUtils.decodeCodon(1)));
  20     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'G' },
  21             CodingUtils.decodeCodon(2)));
  22     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'T' },
  23             CodingUtils.decodeCodon(3)));
  24     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'C', 'A' },
  25             CodingUtils.decodeCodon(4)));
  26     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'C', 'A', 'A' },
  27             CodingUtils.decodeCodon(16)));
  28     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'G', 'G', 'G' },
  29             CodingUtils.decodeCodon(42)));
  30     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'T', 'T', 'T' },
  31             CodingUtils.decodeCodon(63)));
  32   }
  33
  34   @Test(groups = { "Functional" })
  35   public void testDecodeNucleotide()
  36   {
  37     assertEquals('A', CodingUtils.decodeNucleotide(0));
  38     assertEquals('C', CodingUtils.decodeNucleotide(1));
  39     assertEquals('G', CodingUtils.decodeNucleotide(2));
  40     assertEquals('T', CodingUtils.decodeNucleotide(3));
  41     assertEquals('0', CodingUtils.decodeNucleotide(4));
  42   }
  43
  44   @Test(groups = { "Functional" })
  45   public void testEncodeCodon()
  46   {
  47     assertTrue(CodingUtils.encodeCodon('Z') < 0);
  48     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('a'));
  49     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('A'));
  50     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('c'));
  51     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('C'));
  52     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('g'));
  53     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('G'));
  54     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('t'));
  55     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('T'));
  56     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('u'));
  57     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('U'));
  58
  59     assertEquals(-1, CodingUtils.encodeCodon(null));
  60     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'A' }));
  61     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'C' }));
  62     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'G' }));
  63     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'T' }));
  64     assertEquals(4, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'C', 'A' }));
  65     assertEquals(16, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'C', 'A', 'A' }));
  66     assertEquals(42, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'G', 'G', 'G' }));
  67     assertEquals(63, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'T', 'T', 'T' }));
  68   }
  69
  70 }