test/jalview/analysis/DnaTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.AlignViewportI;
   8 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.gui.AlignViewport;
  14 import jalview.io.FormatAdapter;
  15
  16 import java.io.IOException;
  17
  18 import org.testng.annotations.Test;
  19
  20 public class DnaTest
  21 {
  22   // @formatter:off
  23   // AA encoding codons as ordered on the Jalview help page Amino Acid Table
  24   private static String fasta = ">B\n" + "GCT" + "GCC" + "GCA" + "GCG"
  25           + "TGT" + "TGC" + "GAT" + "GAC" + "GAA" + "GAG" + "TTT" + "TTC"
  26           + "GGT" + "GGC" + "GGA" + "GGG" + "CAT" + "CAC" + "ATT" + "ATC"
  27           + "ATA" + "AAA" + "AAG" + "TTG" + "TTA" + "CTT" + "CTC" + "CTA"
  28           + "CTG" + "ATG" + "AAT" + "AAC" + "CCT" + "CCC" + "CCA" + "CCG"
  29           + "CAA" + "CAG" + "CGT" + "CGC" + "CGA" + "CGG" + "AGA" + "AGG"
  30           + "TCT" + "TCC" + "TCA" + "TCG" + "AGT" + "AGC" + "ACT" + "ACC"
  31           + "ACA" + "ACG" + "GTT" + "GTC" + "GTA" + "GTG" + "TGG" + "TAT"
  32           + "TAC" + "TAA" + "TAG" + "TGA";
  33
  34   private static String JAL_1312_example_align_fasta = ">B.FR.83.HXB2_LAI_IIIB_BRU_K03455/45-306\n"
  35           + "ATGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  36           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  37           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  38           + "TGTGCATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAC\n"
  39           + ">gi|27804621|gb|AY178912.1|/1-259\n"
  40           + "-TGGGAGAA-ATTCGGTT-CGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATCAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  41           + "AGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAACCCTGGCCTTTTAGAGACATCACAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  42           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  43           + "TGTTCATCAAAGGATAGATATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAT\n"
  44           + ">gi|27804623|gb|AY178913.1|/1-259\n"
  45           + "-TGGGAGAA-ATTCGGTT-CGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATCAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  46           + "AGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAACCCTGGCCTTTTAGAGACATCACAAGGCTGTAGACAAATACTGGAACA\n"
  47           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  48           + "TGTTCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAT\n"
  49           + ">gi|27804627|gb|AY178915.1|/1-260\n"
  50           + "-TGGGAAAA-ATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  51           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAACCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGTTGTAGACAAATATTGGGACA\n"
  52           + "GCTACAACCATCCCTTGAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATWTAATACCATAGCAGTCCTCTATTG\n"
  53           + "TGTACATCAAAGGATAGATATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAG\n"
  54           + ">gi|27804631|gb|AY178917.1|/1-261\n"
  55           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTGAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  56           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTCAACCCTGGCCTGTTAGAAACACCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  57           + "GCTACAACCGTCCCTTCAGACAGGATCGGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  58           + "TGTGCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAGGCTTTAGAC\n"
  59           + ">gi|27804635|gb|AY178919.1|/1-261\n"
  60           + "-TGGGAGAGAATTCGGTTACGGCCAGGAGGAAAGAAAAAATATAAATTGAAACATATAGTATGGGCAGGCAG\n"
  61           + "AGAGCTAGATCGATTCGCAGTCAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGCAGACAGATATTGGGACA\n"
  62           + "GCTACAACCGTCCCTTAAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  63           + "TGTACATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAT\n"
  64           + ">gi|27804641|gb|AY178922.1|/1-261\n"
  65           + "-TGGGAGAAAATTCGGTTACGGCCAGGGGGAAAGAAAAGATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  66           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTCAACCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGCAGACAAATACTGGGACA\n"
  67           + "GTTACACCCATCCCTTCATACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  68           + "TGTGCATCAAAGGATAGAAGTAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAC\n"
  69           + ">gi|27804647|gb|AY178925.1|/1-261\n"
  70           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATCAATTAAAACATGTAGTATGGGCAAGCAG\n"
  71           + "GGAACTAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATATTGGGACA\n"
  72           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAGGAACTTAAATCATTATTTAATACAGTAGCAGTCCTCTATTG\n"
  73           + "TGTACATCAAAGAATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCTCTAGAA\n"
  74           + ">gi|27804649|gb|AY178926.1|/1-261\n"
  75           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  76           + "GGAGCTAGAACGATTCGCGGTCAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAACTACTGGGACA\n"
  77           + "GTTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTCAAATCATTATATAATACAATAGCAACCCTCTATTG\n"
  78           + "TGTGCATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGAT\n"
  79           + ">gi|27804653|gb|AY178928.1|/1-261\n"
  80           + "-TGGGAAAGAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAACAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  81           + "GGAGCTAGACCGATTCGCACTTAACCCCGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATATTGGGACA\n"
  82           + "GCTACAATCGTCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCACTATATAATACAGTAGCAGTCCTCTATTG\n"
  83           + "TGTGCATCAAAAGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGAC\n"
  84           + ">gi|27804659|gb|AY178931.1|/1-261\n"
  85           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTACGGCCAGGAGGAAAGAAAAGATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  86           + "GGAGCTAGAACGATTYGCAGTTAATCCTGGCCTTTTAGAAACAGCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  87           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  88           + "TGTACATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAA\n";
  89   // @formatter:on
  90
  91   /**
  92    * Corner case for this test is the presence of codons after codons that were
  93    * not translated.
  94    *
  95    * @throws IOException
  96    */
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void testTranslateCdna_withUntranslatableCodons()
  99           throws IOException
 100   {
 101     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(
 102             JAL_1312_example_align_fasta, jalview.io.FormatAdapter.PASTE,
 103             "FASTA");
 104     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 105     AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 106     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, alf.getWidth() - 1 });
 107     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 108     assertNotNull("Couldn't do a full width translation of test data.",
 109             translated);
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Test variant in which 15 column blocks at a time are translated (the rest
 114    * hidden).
 115    *
 116    * @throws IOException
 117    */
 118   @Test(groups = { "Functional" })
 119   public void testTranslateCdna_withUntranslatableCodonsAndHiddenColumns()
 120           throws IOException
 121   {
 122     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(
 123             JAL_1312_example_align_fasta, jalview.io.FormatAdapter.PASTE,
 124             "FASTA");
 125     int vwidth = 15;
 126     for (int ipos = 0; ipos + vwidth < alf.getWidth(); ipos += vwidth)
 127     {
 128       ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 129       if (ipos > 0)
 130       {
 131         cs.hideColumns(0, ipos - 1);
 132       }
 133       cs.hideColumns(ipos + vwidth, alf.getWidth());
 134       int[] vcontigs = cs.getVisibleContigs(0, alf.getWidth());
 135       AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 136       Dna dna = new Dna(av, vcontigs);
 137       AlignmentI transAlf = dna.translateCdna();
 138
 139       assertTrue("Translation failed (ipos=" + ipos
 140               + ") No alignment data.", transAlf != null);
 141       assertTrue("Translation failed (ipos=" + ipos + ") Empty alignment.",
 142               transAlf.getHeight() > 0);
 143       assertTrue("Translation failed (ipos=" + ipos + ") Translated "
 144               + transAlf.getHeight() + " sequences from " + alf.getHeight()
 145               + " sequences", alf.getHeight() == transAlf.getHeight());
 146     }
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Test simple translation to Amino Acids (with STOP codons translated to *).
 151    *
 152    * @throws IOException
 153    */
 154   @Test(groups = { "Functional" })
 155   public void testTranslateCdna_simple() throws IOException
 156   {
 157     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(fasta,
 158             FormatAdapter.PASTE, "FASTA");
 159     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 160     AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 161     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, alf.getWidth() - 1 });
 162     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 163     String aa = translated.getSequenceAt(0).getSequenceAsString();
 164     assertEquals(
 165             "AAAACCDDEEFFGGGGHHIIIKKLLLLLLMNNPPPPQQRRRRRRSSSSSSTTTTVVVVWYY***",
 166             aa);
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Test translation excluding hidden columns.
 171    *
 172    * @throws IOException
 173    */
 174   @Test(groups = { "Functional" })
 175   public void testTranslateCdna_hiddenColumns() throws IOException
 176   {
 177     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(fasta,
 178             FormatAdapter.PASTE, "FASTA");
 179     ColumnSelection cs = new jalview.datamodel.ColumnSelection();
 180     cs.hideColumns(6, 14); // hide codons 3/4/5
 181     cs.hideColumns(24, 35); // hide codons 9-12
 182     cs.hideColumns(177, 191); // hide codons 60-64
 183     AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 184     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, alf.getWidth() - 1 });
 185     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 186     String aa = translated.getSequenceAt(0).getSequenceAsString();
 187     assertEquals("AACDDGGGGHHIIIKKLLLLLLMNNPPPPQQRRRRRRSSSSSSTTTTVVVVW", aa);
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Use this test to help debug into any cases of interest.
 192    */
 193   @Test(groups = { "Functional" })
 194   public void testCompareCodonPos_oneOnly()
 195   {
 196     assertFollows("-AA--A", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Tests for method that compares 'alignment' of two codon position triplets.
 201    */
 202   @Test(groups = { "Functional" })
 203   public void testCompareCodonPos()
 204   {
 205     /*
 206      * Returns 0 for any null argument
 207      */
 208     assertEquals(0, Dna.compareCodonPos(new AlignedCodon(1, 2, 3), null));
 209     assertEquals(0, Dna.compareCodonPos(null, new AlignedCodon(1, 2, 3)));
 210
 211     /*
 212      * Work through 27 combinations. First 9 cases where first position matches.
 213      */
 214     assertMatches("AAA", "GGG"); // 2 and 3 match
 215     assertFollows("AA-A", "GGG"); // 2 matches, 3 shifted seq1
 216     assertPrecedes("AAA", "GG-G"); // 2 matches, 3 shifted seq2
 217     assertFollows("A-AA", "GG-G"); // 2 shifted seq1, 3 matches
 218     assertFollows("A-A-A", "GG-G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq1
 219     assertPrecedes("A-AA", "GG--G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq2
 220     assertPrecedes("AA-A", "G-GG"); // 2 shifted seq2, 3 matches
 221     assertFollows("AA--A", "G-GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 222     assertPrecedes("AAA", "G-GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq2
 223
 224     /*
 225      * 9 cases where first position is shifted in first sequence.
 226      */
 227     assertFollows("-AAA", "G-GG"); // 2 and 3 match
 228     assertFollows("-AA-A", "G-GG"); // 2 matches, 3 shifted seq1
 229     // 'enclosing' case: pick first to start precedes
 230     assertFollows("-AAA", "G-G-G"); // 2 matches, 3 shifted seq2
 231     assertFollows("-A-AA", "G-G-G"); // 2 shifted seq1, 3 matches
 232     assertFollows("-A-A-A", "G-G-G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq1
 233     // 'enclosing' case: pick first to start precedes
 234     assertFollows("-A-AA", "G-G--G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq2
 235     assertFollows("-AA-A", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 matches
 236     assertFollows("-AA--A", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 237     assertPrecedes("-AAA", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq2
 238
 239     /*
 240      * 9 cases where first position is shifted in second sequence.
 241      */
 242     assertPrecedes("A-AA", "-GGG"); // 2 and 3 match
 243     assertPrecedes("A-A-A", "-GGG"); // 2 matches, 3 shifted seq1
 244     assertPrecedes("A-AA", "-GG-G"); // 2 matches, 3 shifted seq2
 245     assertPrecedes("A--AA", "-GG-G"); // 2 shifted seq1, 3 matches
 246     // 'enclosing' case with middle base deciding:
 247     assertFollows("A--AA", "-GGG"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq1
 248     assertPrecedes("A--AA", "-GG--G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq2
 249     assertPrecedes("AA-A", "-GGG"); // 2 shifted seq2, 3 matches
 250     assertPrecedes("AA--A", "-GGG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 251     assertPrecedes("AAA", "-GGG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq2
 252   }
 253
 254   /**
 255    * This test generates a random cDNA alignment and its translation, then
 256    * reorders the cDNA and retranslates, and verifies that the translations are
 257    * the same (apart from ordering).
 258    */
 259   @Test(groups = { "Functional" })
 260   public void testTranslateCdna_sequenceOrderIndependent()
 261   {
 262     /*
 263      * Generate cDNA - 8 sequences of 12 bases each.
 264      */
 265     AlignmentI cdna = new DnaAlignmentGenerator().generate(12, 8, 97, 5, 5);
 266     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 267     AlignViewportI av = new AlignViewport(cdna, cs);
 268     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, cdna.getWidth() - 1 });
 269     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 270
 271     /*
 272      * Jumble the cDNA sequences and translate.
 273      */
 274     SequenceI[] sorted = new SequenceI[cdna.getHeight()];
 275     final int[] jumbler = new int[] { 6, 7, 3, 4, 2, 0, 1, 5 };
 276     int seqNo = 0;
 277     for (int i : jumbler)
 278     {
 279       sorted[seqNo++] = cdna.getSequenceAt(i);
 280     }
 281     AlignmentI cdnaReordered = new Alignment(sorted);
 282     av = new AlignViewport(cdnaReordered, cs);
 283     dna = new Dna(av, new int[] { 0, cdna.getWidth() - 1 });
 284     AlignmentI translated2 = dna.translateCdna();
 285
 286     /*
 287      * Check translated sequences are the same in both alignments.
 288      */
 289     System.out.println("Original");
 290     System.out.println(translated.toString());
 291     System.out.println("Sorted");
 292     System.out.println(translated2.toString());
 293
 294     int sortedSequenceIndex = 0;
 295     for (int originalSequenceIndex : jumbler)
 296     {
 297       final String translation1 = translated.getSequenceAt(
 298               originalSequenceIndex).getSequenceAsString();
 299       final String translation2 = translated2.getSequenceAt(
 300               sortedSequenceIndex).getSequenceAsString();
 301       assertEquals(translation2, translation1);
 302       sortedSequenceIndex++;
 303     }
 304   }
 305
 306   /**
 307    * Test that all the cases in testCompareCodonPos have a 'symmetric'
 308    * comparison (without checking the actual comparison result).
 309    */
 310   @Test(groups = { "Functional" })
 311   public void testCompareCodonPos_isSymmetric()
 312   {
 313     assertSymmetric("AAA", "GGG");
 314     assertSymmetric("AA-A", "GGG");
 315     assertSymmetric("AAA", "GG-G");
 316     assertSymmetric("A-AA", "GG-G");
 317     assertSymmetric("A-A-A", "GG-G");
 318     assertSymmetric("A-AA", "GG--G");
 319     assertSymmetric("AA-A", "G-GG");
 320     assertSymmetric("AA--A", "G-GG");
 321     assertSymmetric("AAA", "G-GG");
 322     assertSymmetric("-AAA", "G-GG");
 323     assertSymmetric("-AA-A", "G-GG");
 324     assertSymmetric("-AAA", "G-G-G");
 325     assertSymmetric("-A-AA", "G-G-G");
 326     assertSymmetric("-A-A-A", "G-G-G");
 327     assertSymmetric("-A-AA", "G-G--G");
 328     assertSymmetric("-AA-A", "G--GG");
 329     assertSymmetric("-AA--A", "G--GG");
 330     assertSymmetric("-AAA", "G--GG");
 331     assertSymmetric("A-AA", "-GGG");
 332     assertSymmetric("A-A-A", "-GGG");
 333     assertSymmetric("A-AA", "-GG-G");
 334     assertSymmetric("A--AA", "-GG-G");
 335     assertSymmetric("A--AA", "-GGG");
 336     assertSymmetric("A--AA", "-GG--G");
 337     assertSymmetric("AA-A", "-GGG");
 338     assertSymmetric("AA--A", "-GGG");
 339     assertSymmetric("AAA", "-GGG");
 340   }
 341
 342   private void assertSymmetric(String codon1, String codon2)
 343   {
 344     assertEquals("Comparison of '" + codon1 + "' and '" + codon2
 345             + " not symmetric", Integer.signum(compare(codon1, codon2)),
 346             -Integer.signum(compare(codon2, codon1)));
 347   }
 348
 349   /**
 350    * Assert that the first sequence should map to the same position as the
 351    * second in a translated alignment. Also checks that this is true if the
 352    * order of the codons is reversed.
 353    *
 354    * @param codon1
 355    * @param codon2
 356    */
 357   private void assertMatches(String codon1, String codon2)
 358   {
 359     assertEquals("Expected '" + codon1 + "' matches '" + codon2 + "'", 0,
 360             compare(codon1, codon2));
 361     assertEquals("Expected '" + codon2 + "' matches '" + codon1 + "'", 0,
 362             compare(codon2, codon1));
 363   }
 364
 365   /**
 366    * Assert that the first sequence should precede the second in a translated
 367    * alignment
 368    *
 369    * @param codon1
 370    * @param codon2
 371    */
 372   private void assertPrecedes(String codon1, String codon2)
 373   {
 374     assertEquals("Expected '" + codon1 + "'  precedes '" + codon2 + "'",
 375             -1, compare(codon1, codon2));
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Assert that the first sequence should follow the second in a translated
 380    * alignment
 381    *
 382    * @param codon1
 383    * @param codon2
 384    */
 385   private void assertFollows(String codon1, String codon2)
 386   {
 387     assertEquals("Expected '" + codon1 + "'  follows '" + codon2 + "'", 1,
 388             compare(codon1, codon2));
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Convert two nucleotide strings to base positions and pass to
 393    * Dna.compareCodonPos, return the result.
 394    *
 395    * @param s1
 396    * @param s2
 397    * @return
 398    */
 399   private int compare(String s1, String s2)
 400   {
 401     final AlignedCodon cd1 = convertCodon(s1);
 402     final AlignedCodon cd2 = convertCodon(s2);
 403     System.out.println("K: " + s1 + "  " + cd1.toString());
 404     System.out.println("G: " + s2 + "  " + cd2.toString());
 405     System.out.println();
 406     return Dna.compareCodonPos(cd1, cd2);
 407   }
 408
 409   /**
 410    * Convert a string e.g. "-GC-T" to base positions e.g. [1, 2, 4]. The string
 411    * should have exactly 3 non-gap characters, and use '-' for gaps.
 412    *
 413    * @param s
 414    * @return
 415    */
 416   private AlignedCodon convertCodon(String s)
 417   {
 418     int[] codon = new int[3];
 419     int i = 0;
 420     for (int j = 0; j < s.length(); j++)
 421     {
 422       if (s.charAt(j) != '-')
 423       {
 424         codon[i++] = j;
 425       }
 426     }
 427     return new AlignedCodon(codon[0], codon[1], codon[2]);
 428   }
 429
 430   /**
 431    * Weirdly, maybe worth a test to prove the helper method of this test class.
 432    */
 433   @Test(groups = { "Functional" })
 434   public void testConvertCodon()
 435   {
 436     assertEquals("[0, 1, 2]", convertCodon("AAA").toString());
 437     assertEquals("[0, 2, 5]", convertCodon("A-A--A").toString());
 438     assertEquals("[1, 3, 4]", convertCodon("-A-AA-").toString());
 439   }
 440 }