test/jalview/analysis/PCATest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.math.MatrixI;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class PCATest
  10 {
  11   @Test(groups = "Functional")
  12   public void testComputePairwiseScores()
  13   {
  14     String[] seqs = new String[] { "FKL", "R-D", "QIA", "GWC" };
  15     PCA pca = new PCA(seqs, false, "BLOSUM62");
  16
  17     MatrixI pairwise = pca.computePairwiseScores();
  18
  19     /*
  20      * should be NxN where N = number of sequences
  21      */
  22     assertEquals(pairwise.height(), 4);
  23     assertEquals(pairwise.width(), 4);
  24
  25     /*
  26      * should be symmetrical (because BLOSUM62 is)
  27      */
  28     for (int i = 0; i < pairwise.height(); i++)
  29     {
  30       for (int j = 0; j < pairwise.width(); j++)
  31       {
  32         assertEquals(pairwise.getValue(i, j), pairwise.getValue(j, i),
  33                 "Not symmetric");
  34       }
  35     }
  36     /*
  37      * verify expected BLOSUM dot product scores
  38      * Note: gap is treated like 'X' [22] in the matrix
  39      */
  40     // F.F + K.K + L.L = 6 + 5 + 4 = 15
  41     assertEquals(pairwise.getValue(0, 0), 15d);
  42     // R.R + X.X + D.D = 5 + -1 + 6 = 10
  43     assertEquals(pairwise.getValue(1, 1), 10d);
  44     // Q.Q + I.I + A.A = 5 + 4 + 4 = 13
  45     assertEquals(pairwise.getValue(2, 2), 13d);
  46     // G.G + W.W + C.C = 6 + 11 + 9 = 26
  47     assertEquals(pairwise.getValue(3, 3), 26d);
  48     // F.R + K.X + L.D = -3 + -1 + -3 = -8
  49     assertEquals(pairwise.getValue(0, 1), -8d);
  50     // F.Q + K.I + L.A = -3 + -3 + -1 = -7
  51     assertEquals(pairwise.getValue(0, 2), -7d);
  52     // F.G + K.W + L.C = -3 + -3 + -1 = -7
  53     assertEquals(pairwise.getValue(0, 3), -7d);
  54     // R.Q + X.I + D.A = 1 + -1 + -2 = -2
  55     assertEquals(pairwise.getValue(1, 2), -2d);
  56     // R.G + X.W + D.C = -2 + -2 + -3 = -7
  57     assertEquals(pairwise.getValue(1, 3), -7d);
  58     // Q.G + I.W + A.C = -2 + -3 + 0 = -5
  59     assertEquals(pairwise.getValue(2, 3), -5d);
  60   }
  61 }