test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.io.FileLoader;
  29 import jalview.io.FormatAdapter;
  30
  31 import org.testng.Assert;
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class FeatureScoreModelTest
  36 {
  37
  38   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  39   public void setUpJvOptionPane()
  40   {
  41     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  42     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  43   }
  44
  45   public static String alntestFile = "FER1_MESCR/72-76 DVYIL\nFER1_SPIOL/71-75 DVYIL\nFER3_RAPSA/21-25 DVYVL\nFER1_MAIZE/73-77 DVYIL\n";
  46
  47   int[] sf1 = new int[] { 74, 74, 73, 73, 23, 23, -1, -1 };
  48
  49   int[] sf2 = new int[] { -1, -1, 74, 75, -1, -1, 76, 77 };
  50
  51   int[] sf3 = new int[] { -1, -1, -1, -1, -1, -1, 76, 77 };
  52
  53   public AlignFrame getTestAlignmentFrame()
  54   {
  55     AlignFrame alf = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  56             alntestFile, FormatAdapter.PASTE);
  57     AlignmentI al = alf.getViewport().getAlignment();
  58     Assert.assertEquals(al.getHeight(), 4);
  59     Assert.assertEquals(al.getWidth(), 5);
  60     for (int i = 0; i < 4; i++)
  61     {
  62       SequenceI ds = al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
  63       if (sf1[i * 2] > 0)
  64       {
  65         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf1", "sf1", "sf1",
  66                 sf1[i * 2], sf1[i * 2 + 1], "sf1"));
  67       }
  68       if (sf2[i * 2] > 0)
  69       {
  70         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf2", "sf2", "sf2",
  71                 sf2[i * 2], sf2[i * 2 + 1], "sf2"));
  72       }
  73       if (sf3[i * 2] > 0)
  74       {
  75         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf3", "sf3", "sf3",
  76                 sf3[i * 2], sf3[i * 2 + 1], "sf3"));
  77       }
  78     }
  79     alf.setShowSeqFeatures(true);
  80     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf1");
  81     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf2");
  82     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf3");
  83     alf.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  84     Assert.assertEquals(alf.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes()
  85             .size(), 3, "Number of feature types");
  86     Assert.assertTrue(alf.getCurrentView().areFeaturesDisplayed());
  87     return alf;
  88   }
  89
  90   @Test(groups = { "Functional" })
  91   public void testFeatureScoreModel() throws Exception
  92   {
  93     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
  94     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
  95     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
  96             .getAlignPanel()));
  97     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
  98     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
  99             true));
 100     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
 101             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
 102     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
 103             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
 104   }
 105
 106   @Test(groups = { "Functional" })
 107   public void testFeatureScoreModel_hiddenFirstColumn() throws Exception
 108   {
 109     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 110     // hiding first two columns shouldn't affect the tree
 111     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 112     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 113     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 114             .getAlignPanel()));
 115     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 116     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 117             true));
 118     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
 119             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
 120     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
 121             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
 122   }
 123
 124   @Test(groups = { "Functional" })
 125   public void testFeatureScoreModel_HiddenColumns() throws Exception
 126   {
 127     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 128     // hide columns and check tree changes
 129     alf.getViewport().hideColumns(3, 4);
 130     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 131     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 132     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 133             .getAlignPanel()));
 134     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 135     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 136             true));
 137     Assert.assertTrue(
 138             dm[0][2] == 0f,
 139             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should still be identical with RAPSA (2)");
 140     Assert.assertTrue(
 141             dm[0][1] == 0f,
 142             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should now also be identical with SPIOL (1)");
 143     for (int s = 0; s < 3; s++)
 144     {
 145       Assert.assertTrue(dm[s][3] > 0f, "After hiding last two columns "
 146               + alf.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(s).getName()
 147               + "(" + s + ") should still be distinct from FER1_MAIZE (3)");
 148     }
 149   }
 150 }