test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   8
   9 import java.util.Iterator;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
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  13 public class ScoreModelsTest
  14 {
  15   /**
  16    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  17    * score models
  18    */
  19   @Test
  20   public void testConstructor()
  21   {
  22     Iterator<ScoreModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  23             .iterator();
  24     assertTrue(models.hasNext());
  25
  26     /*
  27      * models are served in order of addition
  28      */
  29     ScoreModelI sm = models.next();
  30     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  31     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  32     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
  33
  34     sm = models.next();
  35     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  36     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  37     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  38
  39     sm = models.next();
  40     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  41     assertEquals(sm.getName(), "Identity (SeqSpace)");
  42     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  43     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  44
  45     sm = models.next();
  46     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  47     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  48     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  49
  50     sm = models.next();
  51     assertFalse(sm instanceof ScoreMatrix);
  52     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  53
  54     sm = models.next();
  55     assertFalse(sm instanceof ScoreMatrix);
  56     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  57   }
  58 }