test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   8
   9 import java.util.Iterator;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class ScoreModelsTest
  14 {
  15   /**
  16    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  17    * score models
  18    */
  19   @Test
  20   public void testConstructor()
  21   {
  22     Iterator<ScoreModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  23             .iterator();
  24     assertTrue(models.hasNext());
  25
  26     /*
  27      * models are served in alphabetical order of name
  28      * it so happens the 3 ScoreMatrix models precede the two
  29      * others
  30      */
  31     ScoreModelI sm = models.next();
  32     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  33     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  34     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
  35
  36     sm = models.next();
  37     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  38     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  39     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  40
  41     sm = models.next();
  42     assertTrue(sm instanceof ScoreMatrix);
  43     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  44     assertEquals(((ScoreMatrix) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  45
  46     sm = models.next();
  47     assertFalse(sm instanceof ScoreMatrix);
  48     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  49
  50     sm = models.next();
  51     assertFalse(sm instanceof ScoreMatrix);
  52     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  53   }
  54 }