test/jalview/bin/commandsTest2.argfile1

   1 --substitutions
   2 --append=examples/test_fab41.result/sample.a2m
   3 --showannotations
   4 --showssannotations
   5 --colour=gecos-flower
   6 --structure=[viewer=jmol,tempfac=plddt,paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb
   7 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4.pdb
   8 --structureviewer=jmol
   9 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4_scores.json
  10 --tempfac=plddt
  11 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2.pdb
  12 --structureviewer=jmol
  13 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json
  14 --tempfac=plddt
  15 --structure=[viewer=none]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5.pdb
  16 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json
  17 --tempfac=plddt
  18 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1.pdb
  19 --structureviewer=none
  20 --tempfac=plddt
  21 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1_scores.json
  22 #--headless