test/jalview/controller/AlignViewControllerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.analysis.Finder;
  27 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.gui.AlignFrame;
  35 import jalview.gui.JvOptionPane;
  36 import jalview.io.FileLoader;
  37 import jalview.io.FormatAdapter;
  38
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.BitSet;
  41
  42 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  43 import org.testng.annotations.Test;
  44
  45 public class AlignViewControllerTest
  46 {
  47
  48   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  49   public void setUpJvOptionPane()
  50   {
  51     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  52     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  53   }
  54
  55   @Test(groups = "Functional")
  56   public void testFindColumnsWithFeature()
  57   {
  58     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "aMMMaaaaaaaaaaaaaaaa");
  59     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aaaMMMMMMMaaaaaaaaaa");
  60     SequenceI seq3 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaMMMMMaaaaa");
  61     SequenceI seq4 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa");
  62
  63     /*
  64      * features start/end are base 1
  65      */
  66     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 2, 4, 0f,
  67             null));
  68     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Helix", "desc", 1, 15, 0f,
  69             null));
  70     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 4, 10, 0f,
  71             null));
  72     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 11, 15,
  73             0f, null));
  74
  75     /*
  76      * select the first three columns --> Metal in seq1 2-3
  77      */
  78     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  79     sg.setStartRes(0); // base 0
  80     sg.setEndRes(2);
  81     sg.addSequence(seq1, false);
  82     sg.addSequence(seq2, false);
  83     sg.addSequence(seq3, false);
  84     sg.addSequence(seq4, false);
  85
  86     BitSet bs = new BitSet();
  87     int seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg,
  88             bs);
  89     assertEquals(1, seqCount);
  90     assertEquals(2, bs.cardinality());
  91     assertTrue(bs.get(1));
  92     assertTrue(bs.get(2));
  93
  94     /*
  95      * select the first four columns: Metal in seq1 2:4, seq2 4:4
  96      */
  97     sg.setEndRes(3);
  98     bs.clear();
  99     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 100     assertEquals(2, seqCount);
 101     assertEquals(3, bs.cardinality());
 102     assertTrue(bs.get(1));
 103     assertTrue(bs.get(2));
 104     assertTrue(bs.get(3));
 105
 106     /*
 107      * select column 11: Metal in seq3 only
 108      */
 109     sg.setStartRes(10);
 110     sg.setEndRes(10);
 111     bs.clear();
 112     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 113     assertEquals(1, seqCount);
 114     assertEquals(1, bs.cardinality());
 115     assertTrue(bs.get(10));
 116
 117     /*
 118      * select columns 16-20: no Metal feature
 119      */
 120     sg.setStartRes(15);
 121     sg.setEndRes(19);
 122     bs.clear();
 123     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 124     assertEquals(0, seqCount);
 125     assertEquals(0, bs.cardinality());
 126
 127     /*
 128      * look for a feature that isn't there
 129      */
 130     sg.setStartRes(0);
 131     sg.setEndRes(19);
 132     bs.clear();
 133     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Pfam", sg, bs);
 134     assertEquals(0, seqCount);
 135     assertEquals(0, bs.cardinality());
 136   }
 137
 138   /**
 139    * shameless copy of test data from findFeature for testing mark columns from
 140    * highlight
 141    */
 142   @Test(groups = "Functional")
 143   public void testSelectColumnsWithHighlight()
 144   {
 145     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 146             "seq1 aMMMaaaaaaaaaaaaaaaa\n" + "seq2 aaaMMMMMMMaaaaaaaaaa\n"
 147                     + "seq3 aaaaaaaaaaMMMMMaaaaa\n"
 148                     + "seq4 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa\n", FormatAdapter.PASTE);
 149
 150     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 151     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 152     SequenceI seq1 = sqs[0];
 153     SequenceI seq2 = sqs[1];
 154     SequenceI seq3 = sqs[2];
 155     SequenceI seq4 = sqs[3];
 156
 157     /*
 158      * features start/end are base 1
 159      */
 160     sr.addResult(seq1, 2, 4);
 161     sr.addResult(seq2, 4, 10);
 162     sr.addResult(seq3, 11, 15);
 163
 164     /*
 165      *  test Match/Find works first
 166      */
 167     Finder f = new Finder(af.getViewport().getAlignment(), null);
 168     f.setFindAll(true);
 169     f.setCaseSensitive(true);
 170     f.find("M+");
 171     assertEquals(
 172             "Finder found different set of results to manually created SearchResults",
 173             sr, f.getSearchResults());
 174
 175     /*
 176      * now check simple mark columns from find operation
 177      */
 178     af.getViewport().setSearchResults(sr);
 179     AlignViewControllerI avc = af.avc;
 180
 181     avc.markHighlightedColumns(false, false, false);
 182     assertTrue("Didn't select highlighted columns", Arrays.deepEquals(af
 183             .getViewport().getColumnSelection().getSelectedRanges()
 184             .toArray(), new int[][] { { 1, 14 } }));
 185   }
 186 }