test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import jalview.util.MapList;
   7
   8 import java.util.Arrays;
   9
  10 public class AlignedCodonFrameTest
  11 {
  12
  13   /**
  14    * Test the method that locates the first aligned sequence that has a mapping.
  15    */
  16   @Test
  17   public void testFindAlignedSequence()
  18   {
  19     AlignmentI cdna = new Alignment(new SequenceI[]
  20     {});
  21     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  22     seq1.createDatasetSequence();
  23     cdna.addSequence(seq1);
  24     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-GG-GG");
  25     seq2.createDatasetSequence();
  26     cdna.addSequence(seq2);
  27
  28     AlignmentI aa = new Alignment(new SequenceI[]
  29     {});
  30     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  31     aseq1.createDatasetSequence();
  32     aa.addSequence(aseq1);
  33     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  34     aseq2.createDatasetSequence();
  35     aa.addSequence(aseq2);
  36
  37     /*
  38      * Mapping from first DNA sequence to second AA sequence.
  39      */
  40     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  41
  42     assertNull(acf.findAlignedSequence(seq1, aa));
  43
  44     MapList map = new MapList(new int[]
  45     { 1, 6 }, new int[]
  46     { 1, 2 }, 3, 1);
  47     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  48
  49     /*
  50      * DNA seq1 maps to AA seq2
  51      */
  52     assertEquals(aa.getSequenceAt(1),
  53  acf.findAlignedSequence(cdna
  54             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), aa));
  55
  56     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0),
  57  acf.findAlignedSequence(aa
  58             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), cdna));
  59   }
  60
  61   /**
  62    * Test the method that locates the mapped codon for a protein position.
  63    */
  64     @Test
  65   public void testGetMappedRegion()
  66   {
  67     // introns lower case, exons upper case
  68     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
  69     seq1.createDatasetSequence();
  70     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-gG-Gg-CG-a");
  71     seq2.createDatasetSequence();
  72
  73     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  74     aseq1.createDatasetSequence();
  75     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  76     aseq2.createDatasetSequence();
  77
  78     /*
  79      * First with no mappings
  80      */
  81     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  82
  83     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1));
  84
  85     /*
  86      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
  87      */
  88     MapList map = new MapList(new int[]
  89     { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
  90     { 1, 2 }, 3, 1);
  91     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  92     map = new MapList(new int[]
  93     { 1, 2, 4, 5, 7, 8 }, new int[]
  94     { 1, 2 }, 3, 1);
  95     acf.addMap(seq2.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  96
  97     assertEquals("[2, 4]",
  98             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1)));
  99     assertEquals("[6, 6, 8, 9]",
 100             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 2)));
 101     assertEquals("[1, 2, 4, 4]",
 102             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 1)));
 103     assertEquals("[5, 5, 7, 8]",
 104             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 2)));
 105
 106     /*
 107      * No mapping from sequence 1 to sequence 2
 108      */
 109     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq2, 1));
 110   }
 111
 112   @Test
 113   public void testGetMappedCodon()
 114   {
 115     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
 116     seq1.createDatasetSequence();
 117     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
 118     aseq1.createDatasetSequence();
 119
 120     /*
 121      * First with no mappings
 122      */
 123     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 124
 125     assertNull(acf.getMappedCodon(seq1.getDatasetSequence(), 0));
 126
 127     /*
 128      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 129      */
 130     MapList map = new MapList(new int[]
 131     { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
 132     { 1, 2 }, 3, 1);
 133     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 134
 135     assertEquals("[G, T, A]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 136             aseq1.getDatasetSequence(), 1)));
 137     assertEquals("[C, T, T]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 138             aseq1.getDatasetSequence(), 2)));
 139   }
 140 }