test/jalview/datamodel/AlignedCodonIteratorTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import org.testng.Assert;
   7 import jalview.util.MapList;
   8
   9 import java.util.Iterator;
  10
  11 /**
  12  * Unit tests for Mapping$AlignedCodonIterator
  13  *
  14  * @author gmcarstairs
  15  *
  16  */
  17 public class AlignedCodonIteratorTest
  18 {
  19   /**
  20    * Test normal case for iterating over aligned codons.
  21    */
  22   @Test
  23   public void testNext()
  24   {
  25     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc");
  26     from.createDatasetSequence();
  27     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-R-");
  28     to.createDatasetSequence();
  29     MapList map = new MapList(new int[]
  30     { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 10, 12, 13 }, new int[]
  31     { 1, 3 }, 3, 1);
  32     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
  33
  34     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
  35     AlignedCodon codon = codons.next();
  36     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
  37     assertEquals("P", codon.product);
  38     codon = codons.next();
  39     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
  40     assertEquals("Q", codon.product);
  41     codon = codons.next();
  42     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
  43     assertEquals("R", codon.product);
  44     assertFalse(codons.hasNext());
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Test weird case where the mapping skips over a peptide.
  49    */
  50   @Test
  51   public void testNext_unmappedPeptide()
  52   {
  53     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc");
  54     from.createDatasetSequence();
  55     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-TR-");
  56     to.createDatasetSequence();
  57     MapList map = new MapList(new int[]
  58     { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 10, 12, 13 }, new int[]
  59     { 1, 2, 4, 4 }, 3, 1);
  60     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
  61
  62     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
  63     AlignedCodon codon = codons.next();
  64     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
  65     assertEquals("P", codon.product);
  66     codon = codons.next();
  67     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
  68     assertEquals("Q", codon.product);
  69     codon = codons.next();
  70     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
  71     assertEquals("R", codon.product);
  72     assertFalse(codons.hasNext());
  73   }
  74
  75   /**
  76    * Test for exception thrown for an incomplete codon.
  77    */
  78   @Test
  79   public void testNext_incompleteCodon()
  80   {
  81     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCgTt");
  82     from.createDatasetSequence();
  83     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-R-");
  84     to.createDatasetSequence();
  85     MapList map = new MapList(new int[]
  86     { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 8 }, new int[]
  87     { 1, 3 }, 3, 1);
  88     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
  89
  90     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
  91     AlignedCodon codon = codons.next();
  92     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
  93     assertEquals("P", codon.product);
  94     try
  95     {
  96       codon = codons.next();
  97       Assert.fail("expected exception");
  98     } catch (IncompleteCodonException e)
  99     {
 100       // expected
 101     }
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Test normal case for iterating over aligned codons.
 106    */
 107   @Test
 108   public void testAnother()
 109   {
 110     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "TGCCATTACCAG-");
 111     from.createDatasetSequence();
 112     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "CHYQ");
 113     to.createDatasetSequence();
 114     MapList map = new MapList(new int[]
 115     { 1, 12 }, new int[]
 116     { 1, 4 }, 3, 1);
 117     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
 118
 119     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
 120     AlignedCodon codon = codons.next();
 121     assertEquals("[0, 1, 2]", codon.toString());
 122     assertEquals("C", codon.product);
 123     codon = codons.next();
 124     assertEquals("[3, 4, 5]", codon.toString());
 125     assertEquals("H", codon.product);
 126     codon = codons.next();
 127     assertEquals("[6, 7, 8]", codon.toString());
 128     assertEquals("Y", codon.product);
 129     codon = codons.next();
 130     assertEquals("[9, 10, 11]", codon.toString());
 131     assertEquals("Q", codon.product);
 132     assertFalse(codons.hasNext());
 133   }
 134 }