test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  29
  30 import jalview.io.DataSourceType;
  31 import jalview.io.FileFormat;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.util.MapList;
  35
  36 import java.io.IOException;
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Iterator;
  40 import java.util.List;
  41
  42 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  43 import org.testng.annotations.Test;
  44
  45 /**
  46  * Unit tests for Alignment datamodel.
  47  *
  48  * @author gmcarstairs
  49  *
  50  */
  51 public class AlignmentTest
  52 {
  53   // @formatter:off
  54   private static final String TEST_DATA =
  55           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  56           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  57           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  58           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  59           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  60           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  61           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  62           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  63           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  64           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n" +
  65           "//";
  66
  67   private static final String AA_SEQS_1 =
  68           ">Seq1Name/5-8\n" +
  69           "K-QY--L\n" +
  70           ">Seq2Name/12-15\n" +
  71           "-R-FP-W-\n";
  72
  73   private static final String CDNA_SEQS_1 =
  74           ">Seq1Name/100-111\n" +
  75           "AC-GG--CUC-CAA-CT\n" +
  76           ">Seq2Name/200-211\n" +
  77           "-CG-TTA--ACG---AAGT\n";
  78
  79   private static final String CDNA_SEQS_2 =
  80           ">Seq1Name/50-61\n" +
  81           "GCTCGUCGTACT\n" +
  82           ">Seq2Name/60-71\n" +
  83           "GGGTCAGGCAGT\n";
  84   // @formatter:on
  85
  86   private AlignmentI al;
  87
  88   /**
  89    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
  90    *
  91    * @param data
  92    * @param format
  93    *          TODO
  94    * @return
  95    * @throws IOException
  96    */
  97   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, FileFormatI format)
  98           throws IOException
  99   {
 100     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data, DataSourceType.PASTE,
 101             format);
 102     a.setDataset(null);
 103     return a;
 104   }
 105
 106   /*
 107    * Read in Stockholm format test data including secondary structure
 108    * annotations.
 109    */
 110   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 111   public void setUp() throws IOException
 112   {
 113     al = loadAlignment(TEST_DATA, FileFormat.Stockholm);
 114     int i = 0;
 115     for (AlignmentAnnotation ann : al.getAlignmentAnnotation())
 116     {
 117       ann.setCalcId("CalcIdFor" + al.getSequenceAt(i).getName());
 118       i++;
 119     }
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Test method that returns annotations that match on calcId.
 124    */
 125   @Test(groups = { "Functional" })
 126   public void testFindAnnotation_byCalcId()
 127   {
 128     Iterable<AlignmentAnnotation> anns = al
 129             .findAnnotation("CalcIdForD.melanogaster.2");
 130     Iterator<AlignmentAnnotation> iter = anns.iterator();
 131     assertTrue(iter.hasNext());
 132     AlignmentAnnotation ann = iter.next();
 133     assertEquals("D.melanogaster.2", ann.sequenceRef.getName());
 134     assertFalse(iter.hasNext());
 135   }
 136
 137   @Test(groups = { "Functional" })
 138   public void testDeleteAllAnnotations_includingAutocalculated()
 139   {
 140     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Consensus",
 141             "Consensus", 0.5);
 142     aa.autoCalculated = true;
 143     al.addAnnotation(aa);
 144     AlignmentAnnotation[] anns = al.getAlignmentAnnotation();
 145     assertEquals("Wrong number of annotations before deleting", 4,
 146             anns.length);
 147     al.deleteAllAnnotations(true);
 148     assertEquals("Not all deleted", 0, al.getAlignmentAnnotation().length);
 149   }
 150
 151   @Test(groups = { "Functional" })
 152   public void testDeleteAllAnnotations_excludingAutocalculated()
 153   {
 154     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Consensus",
 155             "Consensus", 0.5);
 156     aa.autoCalculated = true;
 157     al.addAnnotation(aa);
 158     AlignmentAnnotation[] anns = al.getAlignmentAnnotation();
 159     assertEquals("Wrong number of annotations before deleting", 4,
 160             anns.length);
 161     al.deleteAllAnnotations(false);
 162     assertEquals("Not just one annotation left", 1,
 163             al.getAlignmentAnnotation().length);
 164   }
 165
 166   /**
 167    * Tests for realigning as per a supplied alignment: Dna as Dna.
 168    *
 169    * Note: AlignedCodonFrame's state variables are named for protein-to-cDNA
 170    * mapping, but can be exploited for a general 'sequence-to-sequence' mapping
 171    * as here.
 172    *
 173    * @throws IOException
 174    */
 175   @Test(groups = { "Functional" })
 176   public void testAlignAs_dnaAsDna() throws IOException
 177   {
 178     // aligned cDNA:
 179     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, FileFormat.Fasta);
 180     // unaligned cDNA:
 181     AlignmentI al2 = loadAlignment(CDNA_SEQS_2, FileFormat.Fasta);
 182
 183     /*
 184      * Make mappings between sequences. The 'aligned cDNA' is playing the role
 185      * of what would normally be protein here.
 186      */
 187     makeMappings(al1, al2);
 188
 189     ((Alignment) al2).alignAs(al1, false, true);
 190     assertEquals("GC-TC--GUC-GTACT", al2.getSequenceAt(0)
 191             .getSequenceAsString());
 192     assertEquals("-GG-GTC--AGG--CAGT", al2.getSequenceAt(1)
 193             .getSequenceAsString());
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Aligning protein from cDNA.
 198    *
 199    * @throws IOException
 200    */
 201   @Test(groups = { "Functional" })
 202   public void testAlignAs_proteinAsCdna() throws IOException
 203   {
 204     // see also AlignmentUtilsTests
 205     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, FileFormat.Fasta);
 206     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, FileFormat.Fasta);
 207     makeMappings(al1, al2);
 208
 209     // Fudge - alignProteinAsCdna expects mappings to be on protein
 210     al2.getCodonFrames().addAll(al1.getCodonFrames());
 211
 212     ((Alignment) al2).alignAs(al1, false, true);
 213     assertEquals("K-Q-Y-L-", al2.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 214     assertEquals("-R-F-P-W", al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 215   }
 216
 217   /**
 218    * Test aligning cdna as per protein alignment.
 219    *
 220    * @throws IOException
 221    */
 222   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 223   // TODO review / update this test after redesign of alignAs method
 224   public void testAlignAs_cdnaAsProtein() throws IOException
 225   {
 226     /*
 227      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 228      */
 229     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, FileFormat.Fasta);
 230     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, FileFormat.Fasta);
 231     makeMappings(al1, al2);
 232
 233     /*
 234      * Realign DNA; currently keeping existing gaps in introns only
 235      */
 236     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, true);
 237     assertEquals("ACG---GCUCCA------ACT", al1.getSequenceAt(0)
 238             .getSequenceAsString());
 239     assertEquals("---CGT---TAACGA---AGT---", al1.getSequenceAt(1)
 240             .getSequenceAsString());
 241   }
 242
 243   /**
 244    * Test aligning cdna as per protein - single sequences
 245    *
 246    * @throws IOException
 247    */
 248   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 249   // TODO review / update this test after redesign of alignAs method
 250   public void testAlignAs_cdnaAsProtein_singleSequence() throws IOException
 251   {
 252     /*
 253      * simple case insert one gap
 254      */
 255     verifyAlignAs(">dna\nCAAaaa\n", ">protein\nQ-K\n", "CAA---aaa");
 256
 257     /*
 258      * simple case but with sequence offsets
 259      */
 260     verifyAlignAs(">dna/5-10\nCAAaaa\n", ">protein/20-21\nQ-K\n",
 261             "CAA---aaa");
 262
 263     /*
 264      * insert gaps as per protein, drop gaps within codons
 265      */
 266     verifyAlignAs(">dna/10-18\nCA-Aa-aa--AGA\n", ">aa/6-8\n-Q-K--R\n",
 267             "---CAA---aaa------AGA");
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Helper method that makes mappings and then aligns the first alignment as
 272    * the second
 273    *
 274    * @param fromSeqs
 275    * @param toSeqs
 276    * @param expected
 277    * @throws IOException
 278    */
 279   public void verifyAlignAs(String fromSeqs, String toSeqs, String expected)
 280           throws IOException
 281   {
 282     /*
 283      * Load alignments and add mappings from nucleotide to protein (or from
 284      * first to second if both the same type)
 285      */
 286     AlignmentI al1 = loadAlignment(fromSeqs, FileFormat.Fasta);
 287     AlignmentI al2 = loadAlignment(toSeqs, FileFormat.Fasta);
 288     makeMappings(al1, al2);
 289
 290     /*
 291      * Realign DNA; currently keeping existing gaps in introns only
 292      */
 293     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, true);
 294     assertEquals(expected, al1.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Helper method to make mappings between sequences, and add the mappings to
 299    * the 'mapped from' alignment
 300    *
 301    * @param alFrom
 302    * @param alTo
 303    */
 304   public void makeMappings(AlignmentI alFrom, AlignmentI alTo)
 305   {
 306     int ratio = (alFrom.isNucleotide() == alTo.isNucleotide() ? 1 : 3);
 307
 308     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 309
 310     for (int i = 0; i < alFrom.getHeight(); i++)
 311     {
 312       SequenceI seqFrom = alFrom.getSequenceAt(i);
 313       SequenceI seqTo = alTo.getSequenceAt(i);
 314       MapList ml = new MapList(new int[] { seqFrom.getStart(),
 315           seqFrom.getEnd() },
 316               new int[] { seqTo.getStart(), seqTo.getEnd() }, ratio, 1);
 317       acf.addMap(seqFrom, seqTo, ml);
 318     }
 319
 320     alFrom.addCodonFrame(acf);
 321   }
 322
 323   /**
 324    * Test aligning dna as per protein alignment, for the case where there are
 325    * introns (i.e. some dna sites have no mapping from a peptide).
 326    *
 327    * @throws IOException
 328    */
 329   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 330   // TODO review / update this test after redesign of alignAs method
 331   public void testAlignAs_dnaAsProtein_withIntrons() throws IOException
 332   {
 333     /*
 334      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 335      */
 336     String dna1 = "A-Aa-gG-GCC-cT-TT";
 337     String dna2 = "c--CCGgg-TT--T-AA-A";
 338     AlignmentI al1 = loadAlignment(">Dna1/6-17\n" + dna1
 339             + "\n>Dna2/20-31\n" + dna2 + "\n", FileFormat.Fasta);
 340     AlignmentI al2 = loadAlignment(
 341             ">Pep1/7-9\n-P--YK\n>Pep2/11-13\nG-T--F\n", FileFormat.Fasta);
 342     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 343     // Seq1 has intron at dna positions 3,4,9 so splice is AAG GCC TTT
 344     // Seq2 has intron at dna positions 1,5,6 so splice is CCG TTT AAA
 345     MapList ml1 = new MapList(new int[] { 6, 7, 10, 13, 15, 17 }, new int[]
 346     { 7, 9 }, 3, 1);
 347     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml1);
 348     MapList ml2 = new MapList(new int[] { 21, 23, 26, 31 }, new int[] { 11,
 349         13 }, 3, 1);
 350     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml2);
 351     al2.addCodonFrame(acf);
 352
 353     /*
 354      * Align ignoring gaps in dna introns and exons
 355      */
 356     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, false);
 357     assertEquals("---AAagG------GCCcTTT", al1.getSequenceAt(0)
 358             .getSequenceAsString());
 359     // note 1 gap in protein corresponds to 'gg-' in DNA (3 positions)
 360     assertEquals("cCCGgg-TTT------AAA", al1.getSequenceAt(1)
 361             .getSequenceAsString());
 362
 363     /*
 364      * Reset and realign, preserving gaps in dna introns and exons
 365      */
 366     al1.getSequenceAt(0).setSequence(dna1);
 367     al1.getSequenceAt(1).setSequence(dna2);
 368     ((Alignment) al1).alignAs(al2, true, true);
 369     // String dna1 = "A-Aa-gG-GCC-cT-TT";
 370     // String dna2 = "c--CCGgg-TT--T-AA-A";
 371     // assumption: we include 'the greater of' protein/dna gap lengths, not both
 372     assertEquals("---A-Aa-gG------GCC-cT-TT", al1.getSequenceAt(0)
 373             .getSequenceAsString());
 374     assertEquals("c--CCGgg-TT--T------AA-A", al1.getSequenceAt(1)
 375             .getSequenceAsString());
 376   }
 377
 378   @Test(groups = "Functional")
 379   public void testCopyConstructor() throws IOException
 380   {
 381     AlignmentI protein = loadAlignment(AA_SEQS_1, FileFormat.Fasta);
 382     // create sequence and alignment datasets
 383     protein.setDataset(null);
 384     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 385     List<AlignedCodonFrame> acfList = Arrays.asList(new AlignedCodonFrame[]
 386     { acf });
 387     protein.getDataset().setCodonFrames(acfList);
 388     AlignmentI copy = new Alignment(protein);
 389
 390     /*
 391      * copy has different aligned sequences but the same dataset sequences
 392      */
 393     assertFalse(copy.getSequenceAt(0) == protein.getSequenceAt(0));
 394     assertFalse(copy.getSequenceAt(1) == protein.getSequenceAt(1));
 395     assertSame(copy.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), protein
 396             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence());
 397     assertSame(copy.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), protein
 398             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence());
 399
 400     // TODO should the copy constructor copy the dataset?
 401     // or make a new one referring to the same dataset sequences??
 402     assertNull(copy.getDataset());
 403     // assertArrayEquals(copy.getDataset().getSequencesArray(), protein
 404     // .getDataset().getSequencesArray());
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Test behaviour of createDataset
 409    *
 410    * @throws IOException
 411    */
 412   @Test(groups = "Functional")
 413   public void testCreateDatasetAlignment() throws IOException
 414   {
 415     AlignmentI protein = new FormatAdapter().readFile(AA_SEQS_1,
 416             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 417     /*
 418      * create a dataset sequence on first sequence
 419      * leave the second without one
 420      */
 421     protein.getSequenceAt(0).createDatasetSequence();
 422     assertNotNull(protein.getSequenceAt(0).getDatasetSequence());
 423     assertNull(protein.getSequenceAt(1).getDatasetSequence());
 424
 425     /*
 426      * add a mapping to the alignment
 427      */
 428     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 429     protein.addCodonFrame(acf);
 430     assertNull(protein.getDataset());
 431     assertTrue(protein.getCodonFrames().contains(acf));
 432
 433     /*
 434      * create the alignment dataset
 435      * note this creates sequence datasets where missing
 436      * as a side-effect (in this case, on seq2
 437      */
 438     // TODO promote this method to AlignmentI
 439     ((Alignment) protein).createDatasetAlignment();
 440
 441     // TODO this method should return AlignmentI not Alignment !!
 442     Alignment ds = protein.getDataset();
 443
 444     // side-effect: dataset created on second sequence
 445     assertNotNull(protein.getSequenceAt(1).getDatasetSequence());
 446     // dataset alignment has references to dataset sequences
 447     assertEquals(ds.getSequenceAt(0), protein.getSequenceAt(0)
 448             .getDatasetSequence());
 449     assertEquals(ds.getSequenceAt(1), protein.getSequenceAt(1)
 450             .getDatasetSequence());
 451
 452     // codon frames should have been moved to the dataset
 453     // getCodonFrames() should delegate to the dataset:
 454     assertTrue(protein.getCodonFrames().contains(acf));
 455     // prove the codon frames are indeed on the dataset:
 456     assertTrue(ds.getCodonFrames().contains(acf));
 457   }
 458
 459   @Test(groups = "Functional")
 460   public void testAddCodonFrame()
 461   {
 462     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
 463     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 464     align.addCodonFrame(acf);
 465     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
 466     assertTrue(align.getCodonFrames().contains(acf));
 467     // can't add the same object twice:
 468     align.addCodonFrame(acf);
 469     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
 470
 471     // create dataset alignment - mappings move to dataset
 472     ((Alignment) align).createDatasetAlignment();
 473     assertSame(align.getCodonFrames(), align.getDataset().getCodonFrames());
 474     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
 475
 476     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 477     align.addCodonFrame(acf2);
 478     assertTrue(align.getDataset().getCodonFrames().contains(acf));
 479   }
 480
 481   @Test(groups = "Functional")
 482   public void getVisibleStartAndEndIndexTest()
 483   {
 484     Sequence seq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ");
 485     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
 486     ArrayList<int[]> hiddenCols = new ArrayList<int[]>();
 487
 488     int[] startEnd = align.getVisibleStartAndEndIndex(hiddenCols);
 489     assertEquals(0, startEnd[0]);
 490     assertEquals(25, startEnd[1]);
 491
 492     hiddenCols.add(new int[] { 0, 0 });
 493     startEnd = align.getVisibleStartAndEndIndex(hiddenCols);
 494     assertEquals(1, startEnd[0]);
 495     assertEquals(25, startEnd[1]);
 496
 497     hiddenCols.add(new int[] { 6, 9 });
 498     hiddenCols.add(new int[] { 11, 12 });
 499     startEnd = align.getVisibleStartAndEndIndex(hiddenCols);
 500     assertEquals(1, startEnd[0]);
 501     assertEquals(25, startEnd[1]);
 502
 503     hiddenCols.add(new int[] { 24, 25 });
 504     startEnd = align.getVisibleStartAndEndIndex(hiddenCols);
 505     System.out.println(startEnd[0] + " : " + startEnd[1]);
 506     assertEquals(1, startEnd[0]);
 507     assertEquals(23, startEnd[1]);
 508   }
 509 }