test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import jalview.util.MapList;
   7
   8 public class DBRefEntryTest
   9 {
  10
  11   /**
  12    * Tests for the method that compares equality of reference (but not mapping)
  13    */
  14   @Test
  15   public void testEqualRef()
  16   {
  17     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71633");
  18     assertTrue(ref1.equalRef(ref1));
  19     assertFalse(ref1.equalRef(null));
  20
  21     // comparison is not case sensitive
  22     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("uniprot", "1", "v71633");
  23     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  24     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  25
  26     // source, version and accessionid must match
  27     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPRO", "1", "V71633")));
  28     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "2", "V71633")));
  29     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71632")));
  30
  31     // presence of or differences in mappings are ignored
  32     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[]
  33     { 1, 3 }, new int[]
  34     { 1, 1 }, 3, 1)));
  35     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  36     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  37     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[]
  38     { 1, 6 }, new int[]
  39     { 1, 2 }, 3, 1)));
  40     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  41     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  42   }
  43 }