test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.util.MapList;
   7
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class DBRefEntryTest
  11 {
  12
  13   /**
  14    * Tests for the method that compares equality of reference (but not mapping)
  15    */
  16   @Test(groups = { "Functional" })
  17   public void testEqualRef()
  18   {
  19     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71633");
  20     assertTrue(ref1.equalRef(ref1));
  21     assertFalse(ref1.equalRef(null));
  22
  23     // comparison is not case sensitive
  24     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("uniprot", "1", "v71633");
  25     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  26     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  27
  28     // source, version and accessionid must match
  29     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPRO", "1", "V71633")));
  30     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "2", "V71633")));
  31     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71632")));
  32
  33     // presence of or differences in mappings are ignored
  34     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1,
  35         1 }, 3, 1)));
  36     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  37     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  38     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1,
  39         2 }, 3, 1)));
  40     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  41     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  42   }
  43 }