test/jalview/datamodel/HiddenMarkovModelTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.FileParse;
   7 import jalview.io.HMMFile;
   8
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.net.MalformedURLException;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class HiddenMarkovModelTest {
  15
  16   HiddenMarkovModel hmm;
  17
  18   @Test(priority = 0)
  19   public void testGetMatchEmissionProbabilities()
  20           throws MalformedURLException, IOException
  21   {
  22     HMMFile file = new HMMFile(new FileParse(
  23             "test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt", DataSourceType.FILE));
  24     hmm = file.getHMM();
  25
  26     double[] actual = new double[4];
  27     actual[0] = hmm.getMatchEmissionProbability(0, 'R');
  28     actual[1] = hmm.getMatchEmissionProbability(19, 'W');
  29     actual[2] = hmm.getMatchEmissionProbability(160, 'G');
  30     actual[3] = hmm.getMatchEmissionProbability(475, 'A');
  31
  32     double[] expected = new double[4];
  33     expected[0] = 0.02537400637;
  34     expected[1] = 0.00588228492;
  35     expected[2] = 0;
  36     expected[3] = 0.04995163708;
  37
  38     for (int i = 0; i < 4; i++)
  39     {
  40       assertEquals(actual[i], expected[i], 0.001d);
  41     }
  42   }
  43
  44   @Test(priority = 1)
  45   public void testGetInsertEmissionProbabilities()
  46   {
  47     double[] actual = new double[4];
  48     actual[0] = hmm.getInsertEmissionProbability(2, 'A');
  49     actual[1] = hmm.getInsertEmissionProbability(5, 'T');
  50     actual[2] = hmm.getInsertEmissionProbability(161, 'K');
  51     actual[3] = hmm.getInsertEmissionProbability(472, 'L');
  52
  53     double[] expected = new double[4];
  54     expected[0] = 0.06841384927;
  55     expected[1] = 0.06233763141;
  56     expected[2] = 0;
  57     expected[3] = 0.06764038926;
  58
  59     for (int i = 0; i < 4; i++)
  60     {
  61       assertEquals(actual[i], expected[i], 0.001d);
  62     }
  63   }
  64
  65   @Test(priority = 1)
  66   public void testGetStateTransitionProbabilities()
  67   {
  68     double[] actual = new double[4];
  69     actual[0] = hmm.getStateTransitionProbability(475, hmm.MATCHTODELETE);
  70     actual[1] = hmm.getStateTransitionProbability(8, hmm.MATCHTOINSERT);
  71     actual[2] = hmm.getStateTransitionProbability(80, hmm.INSERTTOINSERT);
  72     actual[3] = hmm.getStateTransitionProbability(475, hmm.DELETETOMATCH);
  73
  74     double[] expected = new double[4];
  75     expected[0] = Double.NEGATIVE_INFINITY;
  76     expected[1] = 0.00662894243;
  77     expected[2] = 0.46183388908;
  78     expected[3] = 1;
  79
  80     for (int i = 0; i < 4; i++)
  81     {
  82       assertEquals(actual[i], expected[i], 0.001d);
  83     }
  84   }
  85
  86   @Test(priority = 1)
  87   public void testGetConsensusAtAlignColumn()
  88   {
  89     char[] cons = new char[4];
  90     cons[0] = hmm.getConsensusAtAlignColumn(10);
  91     cons[1] = hmm.getConsensusAtAlignColumn(50);
  92     hmm.setConsensusResidueStatus(false);
  93     cons[2] = hmm.getConsensusAtAlignColumn(100);
  94     cons[3] = hmm.getConsensusAtAlignColumn(400);
  95
  96     char[] expected = new char[4];
  97     expected[0] = 's';
  98     expected[1] = 'k';
  99     expected[2] = 'l';
 100     expected[3] = 'k';
 101
 102     for (int i = 0; i < 4; i++)
 103     {
 104       assertEquals(cons[i], expected[i]);
 105     }
 106
 107   }
 108
 109   @Test(priority = 1)
 110   public void testGetConsensusSequence()
 111   {
 112     SequenceI seq = hmm.getConsensusSequence();
 113     String subStr = seq.getSequenceAsString().substring(0, 10);
 114     assertEquals(subStr, "YELLEKLGSG");
 115     subStr = seq.getSequenceAsString().substring(150, 161);
 116     assertEquals(subStr, "-DLLK------");
 117   }
 118 }