test/jalview/datamodel/MappingTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import org.testng.annotations.Test;
   5 import java.util.Arrays;
   6
   7 import jalview.util.MapList;
   8
   9 /**
  10  * Test class refactored from main method
  11  */
  12 public class MappingTest
  13 {
  14   /**
  15    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
  16    * exon map and a range of visContigs
  17    */
  18   @Test
  19   public void testIntersectVisContigs()
  20   {
  21     MapList fk = new MapList(new int[]
  22     { 1, 6, 8, 13, 15, 23 }, new int[]
  23     { 1, 7 }, 3, 1);
  24     Mapping m = new Mapping(fk);
  25     Mapping m_1 = m.intersectVisContigs(new int[]
  26     { fk.getFromLowest(), fk.getFromHighest() });
  27     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[]
  28     { 1, 7, 11, 20 });
  29
  30     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
  31     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges()
  32             .toArray());
  33     System.out.println(result);
  34     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
  35
  36     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
  37     System.out.println(result);
  38     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
  39   }
  40
  41 }