test/jalview/datamodel/MappingTypeTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26
  27 public class MappingTypeTest
  28 {
  29
  30   @Test(groups = "Functional")
  31   public void testGetFromRatio()
  32   {
  33     /*
  34      * nucleotide-nucleotide
  35      */
  36     assertEquals(1, MappingType.GenomeToCdna.getFromRatio());
  37     assertEquals(1, MappingType.CdnaToGenome.getFromRatio());
  38     assertEquals(1, MappingType.GenomeToCds.getFromRatio());
  39     assertEquals(1, MappingType.CdsToGenome.getFromRatio());
  40     assertEquals(1, MappingType.CdnaToCds.getFromRatio());
  41     assertEquals(1, MappingType.CdsToCdna.getFromRatio());
  42
  43     /*
  44      * nucleotide-peptide
  45      */
  46     assertEquals(3, MappingType.GenomeToPeptide.getFromRatio());
  47     assertEquals(1, MappingType.PeptideToGenome.getFromRatio());
  48     assertEquals(3, MappingType.CdnaToPeptide.getFromRatio());
  49     assertEquals(1, MappingType.PeptideToCdna.getFromRatio());
  50     assertEquals(3, MappingType.CdsToPeptide.getFromRatio());
  51     assertEquals(1, MappingType.PeptideToCds.getFromRatio());
  52   }
  53
  54   @Test(groups = "Functional")
  55   public void testGetToRatio()
  56   {
  57     /*
  58      * nucleotide-nucleotide
  59      */
  60     assertEquals(1, MappingType.GenomeToCdna.getToRatio());
  61     assertEquals(1, MappingType.CdnaToGenome.getToRatio());
  62     assertEquals(1, MappingType.GenomeToCds.getToRatio());
  63     assertEquals(1, MappingType.CdsToGenome.getToRatio());
  64     assertEquals(1, MappingType.CdnaToCds.getToRatio());
  65     assertEquals(1, MappingType.CdsToCdna.getToRatio());
  66
  67     /*
  68      * nucleotide-peptide
  69      */
  70     assertEquals(1, MappingType.GenomeToPeptide.getToRatio());
  71     assertEquals(3, MappingType.PeptideToGenome.getToRatio());
  72     assertEquals(1, MappingType.CdnaToPeptide.getToRatio());
  73     assertEquals(3, MappingType.PeptideToCdna.getToRatio());
  74     assertEquals(1, MappingType.CdsToPeptide.getToRatio());
  75     assertEquals(3, MappingType.PeptideToCds.getToRatio());
  76   }
  77 }