test/jalview/datamodel/PAEContactMatrixTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.*;
   4
   5 import org.testng.Assert;
   6 import org.testng.annotations.BeforeClass;
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  10 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
  11 import jalview.gui.JvOptionPane;
  12 import jalview.util.MapList;
  13 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
  14 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  15
  16 public class PAEContactMatrixTest
  17 {
  18   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  19   public void setUpJvOptionPane()
  20   {
  21     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  22     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  23   }
  24
  25   static float[][] PAEdata = {
  26       {1.0f,2.0f,3.0f,4.0f,5.0f},
  27       {2.0f,1.0f,2.0f,3.0f,4.0f},
  28       {3.0f,2.0f,1.0f,2.0f,3.0f},
  29       {4.0f,3.0f,2.0f,1.0f,2.0f},
  30       {5.0f,4.0f,3.0f,2.0f,1.0f}};
  31
  32   /**
  33    * test associations for a PAE matrix
  34    */
  35   @Test(groups = { "Functional" })
  36   public void testSeqAssociatedPAEMatrix()
  37   {
  38     Sequence seq = new Sequence("Seq","ASDQE");
  39     AlignmentAnnotation aa = seq.addContactList(new PAEContactMatrix(seq, PAEdata));
  40     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 0));
  41     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 0).getContactAt(0),1.0);
  42     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 1));
  43     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 1).getContactAt(1),1.0);
  44     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 2));
  45     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 2).getContactAt(2),1.0);
  46     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 3));
  47     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 3).getContactAt(3),1.0);
  48     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 4));
  49     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 4).getContactAt(4),1.0);
  50
  51     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()-1));
  52     assertNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()));
  53
  54     ContactListI cm = seq.getContactListFor(aa, seq.getStart());
  55     assertEquals(cm.getContactAt(seq.getStart()),1d);
  56     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0,0,4);
  57
  58     // Now associated with sequence not starting at 1
  59     seq = new Sequence("Seq/5-9","ASDQE");
  60     ContactMatrixI paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
  61     aa = seq.addContactList(paematrix);
  62     cm = seq.getContactListFor(aa, 0);
  63     assertEquals(cm.getContactAt(0),1d);
  64     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0, 0, 4);
  65
  66     // remap - test the MappableContactMatrix.liftOver method
  67     SequenceI newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
  68     Mapping sqmap = new Mapping(seq, new MapList(new int[] {5,8,10,10},new int[] { 5,9}, 1, 1));
  69     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
  70
  71     MappableContactMatrixI remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
  72     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
  73
  74     AlignmentAnnotation newaa = newseq.addContactList(remapped);
  75     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(1)));
  76     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(4)));
  77     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(5)));
  78     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(6)));
  79     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(7)));
  80     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(8)));
  81     // no mapping for position 9
  82     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(9)));
  83     // last column
  84     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(10)));
  85
  86     // verify MappedPositions includes discontinuity
  87     int[] mappedCl = newseq.getContactListFor(newaa, 5).getMappedPositionsFor(0, 4);
  88     assertEquals(4,mappedCl.length,"getMappedPositionsFor doesn't support discontinuous mappings to contactList");
  89
  90     // make it harder.
  91
  92     SequenceI alseq = newseq.getSubSequence(6, 10);
  93     alseq.insertCharAt(2, 2, '-');
  94     AlignmentI alForSeq=new Alignment(new SequenceI[] { alseq });
  95     newaa = AlignmentUtils.addReferenceAnnotationTo(alForSeq, alseq, newaa, null);
  96     ContactListI alcl = alForSeq.getContactListFor(newaa, 1);
  97     assertNotNull(alcl);
  98     mappedCl = alcl.getMappedPositionsFor(0, 4);
  99     assertNotNull(mappedCl);
 100     assertEquals(4,mappedCl.length,"getMappedPositionsFor doesn't support discontinuous mappings to contactList");
 101
 102     // remap2 - test with original matrix map from 1-5 remapped to 5-9
 103
 104     seq = new Sequence("Seq/1-5","ASDQE");
 105     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 106     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 107     aa = seq.addContactList(paematrix);
 108
 109     newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
 110     sqmap = new Mapping(seq, new MapList(new int[] {5,9},new int[] { 1,5}, 1, 1));
 111
 112     remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 113     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 114
 115
 116     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 117     verify_mapping(newseq, newaa);
 118
 119     // remap3 - remap2 but mapping sense in liftover is reversed
 120
 121     seq = new Sequence("Seq/1-5","ASDQE");
 122     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 123     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 124     aa = seq.addContactList(paematrix);
 125
 126     newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
 127     sqmap = new Mapping(newseq, new MapList(new int[] { 1,5},new int[] {5,9},1, 1));
 128
 129     remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 130     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 131
 132
 133     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 134     verify_mapping(newseq, newaa);
 135   }
 136   /**
 137    * checks that the PAE matrix is located at positions 1-9 in newseq, and columns are not truncated.
 138    * @param newseq
 139    * @param newaa
 140    */
 141   private void verify_mapping(SequenceI newseq, AlignmentAnnotation newaa)
 142   {
 143   assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(1)));
 144     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(4)));
 145     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(5)));
 146     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(6)));
 147     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(7)));
 148     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(8)));
 149     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(9)));
 150     // last column should be null this time
 151     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(10)));
 152
 153     verifyPAEmatrix(newseq, newaa, 4, 4, 8);
 154   }
 155
 156   private void verifyPAEmatrix(SequenceI seq, AlignmentAnnotation aa, int topl, int rowl, int rowr)
 157   {
 158     int[] mappedCl;
 159     for (int f=rowl;f<=rowr;f++) {
 160       ContactListI clist = seq.getContactListFor(aa, f);
 161       assertNotNull(clist,"No ContactListI for position "+(f));
 162       assertEquals(clist.getContactAt(0), (double) f-topl+1,"for column "+f+" relative to "+topl);
 163       mappedCl = clist.getMappedPositionsFor(0, 0);
 164       assertNotNull(mappedCl);
 165       assertEquals(mappedCl[0],mappedCl[1]);
 166       assertEquals(mappedCl[0],seq.findIndex(seq.getStart()+topl));
 167       assertEquals(clist.getContactAt(f-topl),1d, "for column and row "+f+" relative to "+topl);
 168     }
 169   }
 170
 171 }