test/jalview/datamodel/PAEContactMatrixTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.*;
   4
   5 import org.testng.Assert;
   6 import org.testng.annotations.BeforeClass;
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 import jalview.gui.JvOptionPane;
  10 import jalview.util.MapList;
  11 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
  12 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  13
  14 public class PAEContactMatrixTest
  15 {
  16   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  17   public void setUpJvOptionPane()
  18   {
  19     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  20     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  21   }
  22
  23   static float[][] PAEdata = {
  24       {1.0f,2.0f,3.0f,4.0f,5.0f},
  25       {2.0f,1.0f,2.0f,3.0f,4.0f},
  26       {3.0f,2.0f,1.0f,2.0f,3.0f},
  27       {4.0f,3.0f,2.0f,1.0f,2.0f},
  28       {5.0f,4.0f,3.0f,2.0f,1.0f}};
  29
  30   /**
  31    * test associations for a PAE matrix
  32    */
  33   @Test(groups = { "Functional" })
  34   public void testSeqAssociatedPAEMatrix()
  35   {
  36     Sequence seq = new Sequence("Seq","ASDQE");
  37     AlignmentAnnotation aa = seq.addContactList(new PAEContactMatrix(seq, PAEdata));
  38     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 0));
  39     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 0).getContactAt(0),1.0);
  40     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 1));
  41     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 1).getContactAt(1),1.0);
  42     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 2));
  43     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 2).getContactAt(2),1.0);
  44     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 3));
  45     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 3).getContactAt(3),1.0);
  46     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 4));
  47     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 4).getContactAt(4),1.0);
  48
  49     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()-1));
  50     assertNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()));
  51
  52     ContactListI cm = seq.getContactListFor(aa, seq.getStart());
  53     assertEquals(cm.getContactAt(seq.getStart()),1d);
  54     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0,0,4);
  55
  56     // Now associated with sequence not starting at 1
  57     seq = new Sequence("Seq/5-9","ASDQE");
  58     ContactMatrixI paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
  59     aa = seq.addContactList(paematrix);
  60     cm = seq.getContactListFor(aa, 0);
  61     assertEquals(cm.getContactAt(0),1d);
  62     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0, 0, 4);
  63
  64     // remap - test the MappableContactMatrix.liftOver method
  65     SequenceI newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
  66     Mapping sqmap = new Mapping(seq, new MapList(new int[] {5,8,10,10},new int[] { 5,9}, 1, 1));
  67     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
  68
  69     MappableContactMatrixI remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
  70     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
  71
  72     AlignmentAnnotation newaa = newseq.addContactList(remapped);
  73     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(1)));
  74     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(4)));
  75     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(5)));
  76     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(6)));
  77     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(7)));
  78     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(8)));
  79     // no mapping for position 9
  80     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(9)));
  81     // last column
  82     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(10)));
  83
  84     // remap2 - test with original matrix map from 1-5 remapped to 5-9
  85
  86     seq = new Sequence("Seq/1-5","ASDQE");
  87     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
  88     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
  89     aa = seq.addContactList(paematrix);
  90
  91     newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
  92     sqmap = new Mapping(seq, new MapList(new int[] {5,9},new int[] { 1,5}, 1, 1));
  93
  94     remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
  95     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
  96
  97
  98     newaa = newseq.addContactList(remapped);
  99     verify_mapping(newseq, newaa);
 100
 101     // remap3 - remap2 but mapping sense in liftover is reversed
 102
 103     seq = new Sequence("Seq/1-5","ASDQE");
 104     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 105     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 106     aa = seq.addContactList(paematrix);
 107
 108     newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
 109     sqmap = new Mapping(newseq, new MapList(new int[] { 1,5},new int[] {5,9},1, 1));
 110
 111     remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 112     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 113
 114
 115     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 116     verify_mapping(newseq, newaa);
 117
 118   }
 119   /**
 120    * checks that the PAE matrix is located at positions 1-9 in newseq, and columns are not truncated.
 121    * @param newseq
 122    * @param newaa
 123    */
 124   private void verify_mapping(SequenceI newseq, AlignmentAnnotation newaa)
 125   {
 126   assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(1)));
 127     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(4)));
 128     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(5)));
 129     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(6)));
 130     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(7)));
 131     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(8)));
 132     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(9)));
 133     // last column should be null this time
 134     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(10)));
 135
 136     verifyPAEmatrix(newseq, newaa, 4, 4, 8);
 137
 138
 139   }
 140
 141   private void verifyPAEmatrix(SequenceI seq, AlignmentAnnotation aa, int topl, int rowl, int rowr)
 142   {
 143     for (int f=rowl;f<=rowr;f++) {
 144       ContactListI clist = seq.getContactListFor(aa, f);
 145       assertNotNull(clist,"No ContactListI for position "+(f));
 146       assertEquals(clist.getContactAt(0), (double) f-topl+1,"for column "+f+" relative to "+topl);
 147       assertEquals(clist.getContactAt(f-topl),1d, "for column and row "+f+" relative to "+topl);
 148     }
 149   }
 150
 151 }